最新Pymol永久免费使用-Win-Mac-Linux

川大-灰太狼

最新版Pymol2.3下载与安装

很多人现在发现Pymol新的版本已经下载不到安装版了，

还担心Pymol是商业软件不敢使用！


以下是Pymol官方网站对版权的描述。

Open-Source Philosophy

PyMOL is a commercial product, but we make most of its source code freely available under a permissive license. The open source project is maintained by Schrödinger and ultimately funded by everyone who purchases a PyMOL license.

Open source enables open science.
This was the vision of the original PyMOL author Warren L. DeLano.

从此描述来看，Pymol是一个开源项目，这是其创始人Warren Lyford DeLano先生一直坚持的。

你大可以放心的免费使用源码编译后的Pymol用于学术研究。





接下来我们将分享最新版的Pymol 2.3的安装教程，


该方法支持三大操作系统Windows、Linux、Mac，


这里我们以Windows10操作系统为例。

第一步：下载Anaconda

新手建议选择Python 3.6 Version

如果你电脑中还有需使用Pyhon 2.7的软件，建议选用Python 2.7 Version，后续设置环境变量。

https://www.anaconda.com/download/

第二步：安装Anaconda

建议新手在选项页面打钩。

（熟悉环境变量设置的朋友可以不用勾选，安装完后手动设置会更好。）

安装过程需要较长时间，请耐心等待。

第三步：下载Pymol

从附件中下载最新的Pymol 2.3 pymol-2.3.0a0-cp36-cp36m-win_amd64.whl (7.56 MB, 下载次数: 868, 售价: 10 金币)

2018-9-18 17:17 上传

点击文件名下载附件

（cp36对应的是Python3.6，amd64表示系统64位。）

如果系统是32位，请下载： pymol-2.3.0a0-cp36-cp36m-win32.whl (7.13 MB, 下载次数: 69, 售价: 10 金币)

2018-9-18 22:44 上传

点击文件名下载附件

（cp36对应的是Python3.6，win32表示系统32位。）

如果是新的Python3.7可从以下链接下载对应的.whl安装文件：

https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol

第四步：安装Pymol

首先在下载了pymol‑cp36‑win_amd64.whl的文件夹中，按住Shift键点击鼠标右键，点选“在此处打开Powershell窗口（S）”。

其次，在命令行输入“pip install pmw”。

然后在命令行输入“pip install pymol‑cp36‑win_amd64.whl”。

最后，进入Anaconda的安装目录，找到Anaconda3\Scripts文件夹，里面有pymol.exe执行文件，做一个快捷方式放桌面吧！

第五步：运行pymol显示一个例子

双击pymol.exe打开程序，可以看到最新的2.3版本正常运行了。

下面是一个例子，PDB ID：2RGU，可以看到新版的pymol在使用ray命令后，背景自动透明，且无水印！

保存为png格式，如下图。

川大-灰太狼

风羽向日葵 发表于 2018-9-18 21:49
win7怎么安装？？？

一样的过程，我只是拿win10举个例子。

川大-灰太狼

xql1988224 发表于 2018-9-19 08:52
果然是好东西

安装上了吗？

川大-灰太狼

zycz138 发表于 2018-9-19 12:09
氢原子与重原子连接的单键的棍棒模型显示得特别细，如何调成和其它键一样粗细？ ...

其实，这样是为了后面的氢键显示好看。如果非要改成一样，请见图。

川大-灰太狼

范进中枪 发表于 2018-9-19 13:31
求问点了购买附件，然后就没有然后了怎么办

点击购买后等待一下，应该可以下载的。

川大-灰太狼

范进中枪 发表于 2018-9-19 14:15
等了一中午。。。然后谷歌和IE都试过了，仍然不行，我好尴尬啊

给我私信吧，我发你。

川大-灰太狼

leeyu 发表于 2018-9-22 11:43
win7按照教程装好后，没有下方的蛋白图，而且导进.pdb无法显示，请问应该如何处理或者设置呢？ ...

可以发个图看看吗？

川大-灰太狼

xufund 发表于 2018-9-27 09:12
请问MAC系统按这个方法安装的话，类似于pymol-2.3.0a0-cp36-cp36m-win_amd64.whl 的文件在哪里下载？
...

这个需要在Mac系统下把pymol的源文件用python编译好，然后生成.whl格式发布出来，可惜我没有mac系统。

川大-灰太狼

xufund 发表于 2018-9-27 09:12
请问MAC系统按这个方法安装的话，类似于pymol-2.3.0a0-cp36-cp36m-win_amd64.whl 的文件在哪里下载？
...

当然还有一种方法，就是在mac下安装好了conda（其实就是一个python和计算库环境），然后打开conda的终端，直接编译pymol源文件，一样的。

川大-灰太狼

shabeir 发表于 2018-11-16 15:49
我在win7上装好后，打开的界面是附件中的这样，图形窗口是没有显示的。怎么回事呢？
...

看样子可能是你的显卡驱动问题，OpenGL开启错误。或许重新安装一下不同的驱动或者最新的驱动可以解决问题。