最新Pymol永久免费使用-Win-Mac-Linux

川大-灰太狼

最新版Pymol2.3下载与安装

很多人现在发现Pymol新的版本已经下载不到安装版了，

还担心Pymol是商业软件不敢使用！


以下是Pymol官方网站对版权的描述。

Open-Source Philosophy

PyMOL is a commercial product, but we make most of its source code freely available under a permissive license. The open source project is maintained by Schrödinger and ultimately funded by everyone who purchases a PyMOL license.

Open source enables open science.
This was the vision of the original PyMOL author Warren L. DeLano.

从此描述来看，Pymol是一个开源项目，这是其创始人Warren Lyford DeLano先生一直坚持的。

你大可以放心的免费使用源码编译后的Pymol用于学术研究。





接下来我们将分享最新版的Pymol 2.3的安装教程，


该方法支持三大操作系统Windows、Linux、Mac，


这里我们以Windows10操作系统为例。

第一步：下载Anaconda

新手建议选择Python 3.6 Version

如果你电脑中还有需使用Pyhon 2.7的软件，建议选用Python 2.7 Version，后续设置环境变量。

https://www.anaconda.com/download/

第二步：安装Anaconda

建议新手在选项页面打钩。

（熟悉环境变量设置的朋友可以不用勾选，安装完后手动设置会更好。）

安装过程需要较长时间，请耐心等待。

第三步：下载Pymol

从附件中下载最新的Pymol 2.3 pymol-2.3.0a0-cp36-cp36m-win_amd64.whl (7.56 MB, 下载次数: 868, 售价: 10 金币)

2018-9-18 17:17 上传

点击文件名下载附件

（cp36对应的是Python3.6，amd64表示系统64位。）

如果系统是32位，请下载： pymol-2.3.0a0-cp36-cp36m-win32.whl (7.13 MB, 下载次数: 69, 售价: 10 金币)

2018-9-18 22:44 上传

点击文件名下载附件

（cp36对应的是Python3.6，win32表示系统32位。）

如果是新的Python3.7可从以下链接下载对应的.whl安装文件：

https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol

第四步：安装Pymol

首先在下载了pymol‑cp36‑win_amd64.whl的文件夹中，按住Shift键点击鼠标右键，点选“在此处打开Powershell窗口（S）”。

其次，在命令行输入“pip install pmw”。

然后在命令行输入“pip install pymol‑cp36‑win_amd64.whl”。

最后，进入Anaconda的安装目录，找到Anaconda3\Scripts文件夹，里面有pymol.exe执行文件，做一个快捷方式放桌面吧！

第五步：运行pymol显示一个例子

双击pymol.exe打开程序，可以看到最新的2.3版本正常运行了。

下面是一个例子，PDB ID：2RGU，可以看到新版的pymol在使用ray命令后，背景自动透明，且无水印！

保存为png格式，如下图。

wndmy

/rose水水 发表于 2018-10-8 17:31
好像找到原因了，我的是Python3.7的，所以版本不支持。

去 猫的仁 用户提供的网站https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol，找到字符中带cp37的whl文件进行安装即可

wndmy

非常非常非常感谢 灰太狼 和 猫的仁 提供的强大资源，翻了几个坑，安装上了。给后来人员几个tips：
1. 安装anaconda后，你装的是pythonX的anaconda，你就去 猫的仁 提供的网站找 cpX的whl去下载，然后按照 灰太狼的 步骤去安装
2. 在存在whl的 文件夹 文件夹 文件夹 上shift+右键，不是直接在whl上右键
3. 如果显示有问题，如结构变暗，去set里面找rendering的几个选项一个一个点点试试，总有一个管用。一般是OpenGL的shade造成的。

李明翔

好资料，非常感谢楼主

一卷书

MAc os 没办法装，有其他方法吗

xufund

请问MAC系统按这个方法安装的话，类似于pymol-2.3.0a0-cp36-cp36m-win_amd64.whl 的文件在哪里下载？

风羽向日葵

win7怎么安装？？？

又又

真棒！

川大-灰太狼

风羽向日葵 发表于 2018-9-18 21:49
win7怎么安装？？？

一样的过程，我只是拿win10举个例子。

xql1988224

果然是好东西

川大-灰太狼

xql1988224 发表于 2018-9-19 08:52
果然是好东西

安装上了吗？

zycz138

氢原子与重原子连接的单键的棍棒模型显示得特别细，如何调成和其它键一样粗细？

范进中枪

为何我点了购买没有反应？

范进中枪

求问点了购买附件，然后就没有然后了怎么办

川大-灰太狼

zycz138 发表于 2018-9-19 12:09
氢原子与重原子连接的单键的棍棒模型显示得特别细，如何调成和其它键一样粗细？ ...

其实，这样是为了后面的氢键显示好看。如果非要改成一样，请见图。