Linux系统Centos7下安装Pymol

川大-灰太狼

群里的朋友有问到如何在Centos7下安装pymol，这里参考Pymol Wiki里面的安装方法，总结出常用的两种，以便大家参考。

方法1：先安装EPEL源，然后从这个源中yum安装pymol，此安装最简便。Pymol Wiki里面写的是Centos6（32位）的安装方法，Centos7的就变化一下，如下。[mw_shl_code=bash,true]rpm -i http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/f ... ease-7-5.noarch.rpm
yum --enablerepo=epel install pymol[/mw_shl_code]

方法2：先安装软件需要的依赖包，然后下载pymol并安装。此方法是最可靠的安装方法，适用于Centos5，6，7以及以后的版本，Fedora也适用，Redhat企业版也适用。
（1）安装Pymol的依赖包
[mw_shl_code=bash,true]yum install subversion gcc gcc-c++ kernel-devel python-devel tkinter python-pmw glew-devel freeglut-devel libpng-devel freetype-devel libxml2-devel[/mw_shl_code]
（2）下载最新版的Pymol
[mw_shl_code=bash,true]svn co svn://svn.code.sf.net/p/pymol/code/trunk/pymol[/mw_shl_code]
（3）如果是Centos7系统，还需要手动安装Python的Pmw，此步骤自己解决，如果遗漏没有安装则Pymol只出来一个界面窗口，没有GUI的命令操作窗口。
（4）Pymol编译安装
pymol文件夹中建立一个bioms文本文件，把下面的命令拷贝到这个文件里面，保存。然后使用chmod 777 bioms让此文件变为可执行文件。
[mw_shl_code=bash,true]#!/bin/bash -e

prefix=/usr/local/pymol
modules=$prefix/modules

# enable c++11
export CPPFLAGS="-std=c++0x"

python setup.py build install \
    --home=$prefix \
    --install-lib=$modules \
    --install-scripts=$prefix[/mw_shl_code]
然后在终端输入  ./bioms  进行Pymol的编译和安装。

本贴参考的Pymol Wiki 安装方法:
http://www.pymolwiki.org/index.php/Linux_Install

greatzdl

补充一点，切勿直接到http://sourceforge.net/上下载，因为上边的版本bug可能比较多