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[Pymol] Linux系统Centos7下安装Pymol

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发表于 2015-5-10 13:08:41 | 显示全部楼层 |阅读模式

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群里的朋友有问到如何在Centos7下安装pymol,这里参考Pymol Wiki里面的安装方法,总结出常用的两种,以便大家参考。

方法1:先安装EPEL源,然后从这个源中yum安装pymol,此安装最简便。Pymol Wiki里面写的是Centos6(32位)的安装方法,Centos7的就变化一下,如下。
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
rpm -i [url]http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/fedora/epel/7/x86_64/e/epel-release-7-5.noarch.rpm[/url]
yum --enablerepo=epel install pymol


方法2:先安装软件需要的依赖包,然后下载pymol并安装。此方法是最可靠的安装方法,适用于Centos5,6,7以及以后的版本,Fedora也适用,Redhat企业版也适用。
(1)安装Pymol的依赖包
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
yum install subversion gcc gcc-c++ kernel-devel python-devel tkinter python-pmw glew-devel freeglut-devel libpng-devel freetype-devel libxml2-devel

(2)下载最新版的Pymol
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
svn co svn://svn.code.sf.net/p/pymol/code/trunk/pymol

(3)如果是Centos7系统,还需要手动安装Python的Pmw,此步骤自己解决,如果遗漏没有安装则Pymol只出来一个界面窗口,没有GUI的命令操作窗口。
(4)Pymol编译安装
pymol文件夹中建立一个bioms文本文件,把下面的命令拷贝到这个文件里面,保存。然后使用chmod 777 bioms让此文件变为可执行文件。
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
#!/bin/bash -e

prefix=/usr/local/pymol
modules=$prefix/modules

# enable c++11
export CPPFLAGS="-std=c++0x"

python setup.py build install \
    --home=$prefix \
    --install-lib=$modules \
    --install-scripts=$prefix

然后在终端输入  ./bioms  进行Pymol的编译和安装。

本贴参考的Pymol Wiki 安装方法:
http://www.pymolwiki.org/index.php/Linux_Install


发表于 2015-9-1 13:59:02 | 显示全部楼层
补充一点,切勿直接到http://sourceforge.net/上下载,因为上边的版本bug可能比较多
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