分子对接免费软件新品--rDock 之双球定位

eming

rDOCK程序的一点简介
rDOCK分子对接程序始于1998年，去年开始开放源码，表现优秀，可以支持并行计算，支持水模型，支持药效团限制，对接准确，推荐使用。该文档介绍活性口袋定位。
双球定位.pdf(1.75MB)

                        

rDock双球定位

rDock（1998-）起源于RiboTargets（英国Vernalis公司）开发的RiboDock,主要是用于靶向RNA的小分子高通量筛选，尤其是针对细菌核糖体。2002年该程序重新编写，扩展应用到蛋白靶点。2006年，约克大学开始负责该程序的维护与发布，到了2012年，该程序就已经开源了。

   rDock结合遗传算法-蒙特卡罗/单形（GA-MC/MIN）搜索构象并优化。打分方程涵盖分子间，分子内（小分子以及结合位点），及外部约束（主要用于药效团约束）。受体并不完全柔性，仅考虑以OH和NH3+结尾的键。

双球定位法能够比较好的约束对接位点，该法能够较好地计算结合口袋的大小，过程如图。

（见文档）
                        

    尽管说是双球定位，然而，开始之前仍然需要一个更大的球来确定大概的位点（step1），受体部分的原子坐标部分将不会被计算格点（step2），大球排除非口袋表面的格点（step3/4），小球探测的口袋内的格点将会保留。这个策略已经被广泛得应用到口袋大小的计算。很多时候，大小球的半径决定着你对接的好坏，可以用MSMS来看看大小球探针决定的蛋白表面：

（见文档）
                        

    小球采用1.5Å一般都能满足填充所有的口大，随着探针半径增加，当采用3.0-4.0Å的时候，这些球只能波及蛋白的浅口袋，当6.0Å的时候，探针只能触及蛋白最表面。所以，大球的半径能决定分子对接的口袋，选择的时候尤其重要。

  该程序采用的受体格式为一般的mol2格式，而配体采用sd(MDL MOL)格式，便于高通量筛选。

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RBT_PARAMETER_FILE_V1.00
TITLE test
#参数头定义，RBT_PARAMETER_FILE_V1.00顶格写，说明参数文件的版本；TITLE顶格，空格加名字，
RECEPTOR_FILE receptor1.mol2
RECEPTOR_FLEX 3.0
#受体文件，以及柔性设置
################################################################
# CAVITY DEFINITION: TWO SPHERES METHOD
################################################################
SECTION MAPPER
    SITE_MAPPER RbtSphereSiteMapper
    CENTER (15,55,13)
    RADIUS 13.0
    SMALL_SPHERE 1.5
    LARGE_SPHERE 3.2
    MAX_CAVITIES 1
END_SECTION
#rDock有很多的section，SECTION顶格，空格加任务名称，然后是参数的设置。
#################################
#CAVITY RESTRAINT PENALTY
#################################
SECTION CAVITY
    SCORING_FUNCTION RbtCavityGridSF
    WEIGHT 1.0
END_SECTION

######双球定位参数举例############

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官方教程
Firstof all, please go to sourceforgedownload page todownload a compressed file with the necessary data.

Afterdownloading the file ASTEX_rDock_TestSet.tar.gz,uncompress the file with the following command, which will create afolder called ASTEX_rDock_TestSet:

tar -xvzf ASTEX_rDock_TestSet.tar.gz
cd ASTEX_rDock_TestSet/

Hereyou will have the instructions for one of the systems (1sj0), to runwith the rest of the systems, just change the pdb code with the onedesired.
Then, make sure that the necessary environmentalvariables for running rDock are well defined and run the followingcommands for entering to the folder and running rDock with the samesettings that we have used:

cd 1sj0/
#first create the cavity using rbcavity
rbcavity -r 1sj0_rdock.prm -was > 1sj0_cavity.log
#then use rbdock to run docking
rbdock -r 1sj0_rdock.prm -p dock.prm -n 100 -i 1sj0_ligand.sd -o 1sj0_docking_out > 1sj0_docking_out.log
#sdsort for sorting the results according to their score
sdsort -n -f'SCORE' 1sj0_docking_out.sd > 1sj0_docking_out_sorted.sd
#calculate rmsd from the output comparing with the crystal structure of the ligand
sdrmsd 1sj0_ligand.sd 1sj0_docking_out_sorted.sd

rmsd 0.46

川大-灰太狼

eming 发表于 2013-12-23 23:14

                               
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官方教程
Firstof all, please go to sourceforgedownload page todownload a compressed file with the ne ...

飞天兄，我看了你的帖子，说实话 这个rDock的确效果不错！我首先支持，这个分子尾部柔性较大，但能重现得如此好，非常不错！真值得我去看看他的设计理念，也推荐大家学习和使用。

xufund

谢谢分享。不知上手是否容易

钟海洋

最近想要尝试使用一下这个rDOCK，可是在编译的时候会出现错误，请问楼上的各位有没有遇到过类似的问题？