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[AMBER] AMBER12拟合小分子resp电荷

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发表于 2013-1-10 10:46:29 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 墨竹晓风 于 2014-4-21 18:23 编辑

在AMBER12中,经常会遇到resp电荷拟合出错的问题。现在提供一个可行的方法

1.在终端输入
[code=Bash width=600px]antechamber -i ??.mol2 -fi mol2 -o lig.gjf -fo gcrt -pf y -gm "%mem=1024MB" -gn "%nproc=1" -nc 1 -gk "#Opt HF/6-31g* Pop=MK IOp(6/50=1)"[/code]

简单说明如下:
%mem 计算使用内存; %nproc 计算使用cpu; -nc 小分子电荷数; -gk 计算参数   前三个都需要根据自己的体系改,最后一个没有特别需要,还是用我这个吧

生成Gaussian 计算文件,打开后如下
---------------------------------------------------------
--Link1--
%nproc=1
%chk=molecule
%mem=1024MB
# Opt HF/6-31g* Pop=MK IOp(6/50=1)

remark line goes here

1   1
    C  -38.9208000000       15.3014000000      -24.0302000000   
    N  -39.4587000000       15.9888000000      -25.0480000000     
    C  -38.8204000000       17.2099000000      -25.1653000000     

antechamber-ini.esp

antechamber.esp
---------------------------------------------------------------------------------------


2.得到lig.gjf文件,用Gaussian 09W计算完成后,在C:\Program Files\G09W\Scratch文件夹中找到antechamber.esp文件或者
antechamber-ini.esp (Windows系统)

3.终端输入,得到带电荷信息的mol2文件。然后,记得打开原小分子文件,复制原坐标到生成的lig.mol2文件中。ps :antechamber-ini.esp 或者antechamber.esp试试
[code=Bash width=600px]antechamber -i antechamber.esp -fi gesp -o lig.mol2 -fo mol2 -c resp -s 2[/code]

4.终端输入
[code=Bash width=600px]parmchk -i lig.mol2 -f mol2 -o lig.frcmod -a y[/code]
完成小分子所需要的参数文件

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发表于 2013-1-10 14:38:52 | 显示全部楼层
呵呵 12的还没有用,先收藏起来 哈哈!
发表于 2013-9-14 08:43:30 | 显示全部楼层
呵呵,这个有用,感谢!
发表于 2017-9-3 15:55:32 | 显示全部楼层
请问拟合后,每当到复合物那阶段的时候就说没有该原子的参数,该怎么办?
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