AMBER12拟合小分子resp电荷

墨竹晓风

在AMBER12中，经常会遇到resp电荷拟合出错的问题。现在提供一个可行的方法

1.在终端输入
[code=Bash width=600px]antechamber -i ??.mol2 -fi mol2 -o lig.gjf -fo gcrt -pf y -gm "%mem=1024MB" -gn "%nproc=1" -nc 1 -gk "#Opt HF/6-31g* Pop=MK IOp(6/50=1)"[/code]

简单说明如下：
%mem 计算使用内存； %nproc 计算使用cpu； -nc 小分子电荷数； -gk 计算参数   前三个都需要根据自己的体系改，最后一个没有特别需要，还是用我这个吧

生成Gaussian 计算文件，打开后如下
---------------------------------------------------------
--Link1--
%nproc=1
%chk=molecule
%mem=1024MB
# Opt HF/6-31g* Pop=MK IOp(6/50=1)

remark line goes here

1   1
    C  -38.9208000000       15.3014000000      -24.0302000000   
    N  -39.4587000000       15.9888000000      -25.0480000000     
    C  -38.8204000000       17.2099000000      -25.1653000000     

antechamber-ini.esp

antechamber.esp
---------------------------------------------------------------------------------------


2.得到lig.gjf文件，用Gaussian 09W计算完成后，在C:\Program Files\G09W\Scratch文件夹中找到antechamber.esp文件或者
antechamber-ini.esp （Windows系统）

3.终端输入，得到带电荷信息的mol2文件。然后，记得打开原小分子文件，复制原坐标到生成的lig.mol2文件中。ps :antechamber-ini.esp 或者antechamber.esp试试
[code=Bash width=600px]antechamber -i antechamber.esp -fi gesp -o lig.mol2 -fo mol2 -c resp -s 2[/code]

4.终端输入
[code=Bash width=600px]parmchk -i lig.mol2 -f mol2 -o lig.frcmod -a y[/code]
完成小分子所需要的参数文件

川大-灰太狼

呵呵 12的还没有用，先收藏起来 哈哈！

pesticide_ccnu

呵呵，这个有用，感谢！

威夫

请问拟合后，每当到复合物那阶段的时候就说没有该原子的参数，该怎么办？