DIY工作站的Amber12 MD测试结果

川大-灰太狼

DIY的工作站的主要配置如此贴 http://bioms.org/thread-999-1-1.html

主要硬件参数：
CPU E5-2670 （2.6GHz 8核心 16线程）
NVIDIA GTX TITAN （GK110 流处理器2688个，显存 DDR5 6G，双精度）

Linux系统：Centos6.5 64位
测试软件：Amber12
编译软件：GNU
NVIDIA显卡驱动型号：Linux 64-bit 331.20
CUDA驱动型号：CUDA 5.5
测试内容：Amber的 Benchmarks中的肌红蛋白MD。

Myoglobin = 304 atoms
&cntrl
  imin=0,irest=1,ntx=5,
  nstlim=10000,dt=0.002,ntb=0,
  ntf=2,ntc=2,tol=0.000001,
  ntpr=1000, ntwx=1000, ntwr=50000,
  cut=9999.0, rgbmax=15.0,
  igb=1,ntt=0,nscm=0,
/

结果：
2颗CPU（E5-2670 2.6GHz 8核心 16线程） 共计32线程，并行运算速度为：1.2ns /天
1块 GTX TITAN，GPU运行速度为：203ns/天

比amber自己对GTX TITAN的测试还稍微好点，估计是CUDA Toolkit用的5.5。

GPU计算速度

如果大家对NVIDIA的这款GTX TITAN GPU显卡感兴趣，看下帖：

xpyp

请问楼主测试的是单精度的吗？
测试过Amber 的双精度没？加速效果如何？

kangsgo

amber  GPU运算加这么多？

尐狐

赞扬灰大大成果。。。。。。。。。。。

川大-灰太狼

尐狐 发表于 2014-1-2 10:24

                               
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赞扬灰大大成果。。。。。。。。。。。

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碧海蓝天

据说关闭CPU多线程，amber速度会加快，不知道灰太狼有木有试过呢？

川大-灰太狼

碧海蓝天 发表于 2014-1-2 10:44

                               
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据说关闭CPU多线程，amber速度会加快，不知道灰太狼有木有试过呢？

关闭超线程还没有试过呢：）看来超线程 也未必好用呀。

syjohn

太郎同学如果把软件的安装列上就更完美了。
例如编译器的类型 具体的版本号
并行软件的名称 具体的版本号
这样跟别的教程可能就具有更加具体的可比性


哦  还有就是显卡的具体配置参数 呵呵

川大-灰太狼

syjohn 发表于 2014-1-3 09:01

                               
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太郎同学如果把软件的安装列上就更完美了。
例如编译器的类型 具体的版本号
并行软件的名称 具体的版本号

恩非常好的建议：我已经更新。

呵呵，软件的安装过程 准备单独列出来哈。

syjohn

川大-灰太狼 发表于 2014-1-3 09:05

                               
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恩非常好的建议：我已经更新。

呵呵，软件的安装过程 准备单独列出来哈。 ...

Myoglobin = 304 atoms 是不是residues

数据挖掘

挖比特贝的机器啊？多少钱？

川大-灰太狼

数据挖掘 发表于 2014-1-3 20:08

                               
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挖比特贝的机器啊？多少钱？

哈哈 你也想去挖挖比特币呀！只是电费都不够用呀。