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[原创] DIY工作站的Amber12 MD测试结果

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发表于 2014-1-2 10:13:41 | 显示全部楼层 |阅读模式

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DIY的工作站的主要配置如此贴 http://bioms.org/thread-999-1-1.html

主要硬件参数:
CPU E5-2670 (2.6GHz 8核心 16线程)
NVIDIA GTX TITAN (GK110 流处理器2688个,显存 DDR5 6G双精度

Linux系统:Centos6.5 64位
测试软件:Amber12
编译软件:GNU
NVIDIA显卡驱动型号:Linux 64-bit 331.20
CUDA驱动型号:CUDA 5.5
测试内容:Amber的 Benchmarks中的肌红蛋白MD。

Myoglobin = 304 atoms
&cntrl
  imin=0,irest=1,ntx=5,
  nstlim=10000,dt=0.002,ntb=0,
  ntf=2,ntc=2,tol=0.000001,
  ntpr=1000, ntwx=1000, ntwr=50000,
  cut=9999.0, rgbmax=15.0,
  igb=1,ntt=0,nscm=0,
/

结果:
2颗CPU(E5-2670 2.6GHz 8核心 16线程) 共计32线程,并行运算速度为:1.2ns /天
1块 GTX TITAN,GPU运行速度为:203ns/天

比amber自己对GTX TITAN的测试还稍微好点,估计是CUDA Toolkit用的5.5。

GPU计算速度

GPU计算速度



如果大家对NVIDIA的这款GTX TITAN GPU显卡感兴趣,看下帖:
发表于 2015-8-5 21:07:36 | 显示全部楼层
请问楼主测试的是单精度的吗?
测试过Amber 的双精度没?加速效果如何?
发表于 2015-10-11 12:17:52 | 显示全部楼层
amber  GPU运算加这么多?
发表于 2014-1-2 10:24:29 | 显示全部楼层
赞扬灰大大成果。。。。。。。。。。。
 楼主| 发表于 2014-1-2 10:28:01 | 显示全部楼层
发表于 2014-1-2 10:44:25 | 显示全部楼层
据说关闭CPU多线程,amber速度会加快,不知道灰太狼有木有试过呢?
 楼主| 发表于 2014-1-2 11:05:45 | 显示全部楼层
碧海蓝天 发表于 2014-1-2 10:44
据说关闭CPU多线程,amber速度会加快,不知道灰太狼有木有试过呢?

关闭超线程还没有试过呢:)看来超线程 也未必好用呀。
发表于 2014-1-3 09:01:45 | 显示全部楼层
本帖最后由 syjohn 于 2014-1-3 09:03 编辑

太郎同学如果把软件的安装列上就更完美了。
例如编译器的类型 具体的版本号
并行软件的名称 具体的版本号
这样跟别的教程可能就具有更加具体的可比性


哦  还有就是显卡的具体配置参数 呵呵
 楼主| 发表于 2014-1-3 09:05:06 | 显示全部楼层
syjohn 发表于 2014-1-3 09:01
太郎同学如果把软件的安装列上就更完美了。
例如编译器的类型 具体的版本号
并行软件的名称 具体的版本号

恩非常好的建议:我已经更新。

呵呵,软件的安装过程 准备单独列出来哈。
发表于 2014-1-3 10:41:04 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2014-1-3 09:05
恩非常好的建议:我已经更新。

呵呵,软件的安装过程 准备单独列出来哈。 ...

Myoglobin = 304 atoms 是不是residues
发表于 2014-1-3 20:08:58 | 显示全部楼层
挖比特贝的机器啊?多少钱?
 楼主| 发表于 2014-1-4 19:15:59 | 显示全部楼层
数据挖掘 发表于 2014-1-3 20:08
挖比特贝的机器啊?多少钱?

哈哈 你也想去挖挖比特币呀!只是电费都不够用呀。
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