YASARA混合体系的分子动力学教程

临江仙

    YASARA作为模拟中的战斗机，其强大、简便、炫丽一如我们所看到的那样；而且，对于android系统的program也已经面向广大人民。MD作为其最主要最有特色的模块，值得我们去学习和了解；经狼哥提议，笔者闲暇之际，总结了下一些步骤，以教程的形式与大家分享。为了犒劳下自己，决定抖一下小手，求取金币！

kittycui

yasara除了图形界面没有文字界面进行批处理Md么？如果需要做的md多的话，难道要一个一个做前处理？

sangerjay

下了，在学习中

Angelina婷

不懂，参观一下。呵呵

临江仙

Angelina婷 发表于 2014-1-3 08:07

                               
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不懂，参观一下。呵呵

呵呵，你可以参看我之前写的可视化教程，毕竟view是免费的

大工-阿里巴巴

速度学习一下！哈哈

墨竹晓风

哇，小仙赞的。木有YASARA的人好心动啊！！！

未央尊

很不错，就是没有这个模块没法弄

雨枫

直接运行md_run之后好像程序把你要做的都做了吧，看下面的运行记录
>PlayMacro mcr\md_run.mcr - Executing macro md_run.mcr
Macro>ForceField AMBER03 - OK
Macro>Cutoff 7.86 - OK
Macro>Boundary periodic - OK
Macro>Longrange Coulomb - OK
Macro>SimSteps 1 - OK
Macro>RequireVersion 9.9.25 - OK
Macro>CorrectDrift On - OK
Macro>WarnIsError On - OK
Macro>Clear - OK

临江仙

大工-阿里巴巴 发表于 2014-1-3 08:16

                               
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速度学习一下！哈哈

:阿里师兄，有木有很清楚的感觉，哈哈

临江仙

墨竹晓风 发表于 2014-1-3 09:41

                               
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哇，小仙赞的。木有YASARA的人好心动啊！！！

哈哈，墨兄要不和YASARA请求一个试用期，嘿嘿

临江仙

雨枫 发表于 2014-1-3 12:57

                               
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直接运行md_run之后好像程序把你要做的都做了吧，看下面的运行记录
>PlayMacro mcr\md_run.mcr - Executing ...

雨枫姐，md_run.macro默认的是水相的参数，如果想一键MD，还需要自己另外修改正确，嘿嘿