如何使用 AMBER parameter database 提供的参数

天理-小新 · 发表于 2013-11-1 11:17:51

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在该网页下http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber/，有一些分子的amber参数。例如，其中的NAD+ 下面的prep文件和 frcmod文件。当我下载后，得到nad.prep和nad.frcmod文件。将这两个文件调入tleap后，check的时候还是找不到参数，也不能生产prmtop文件和inpcrd文件，不知道怎么回事？请指教，谢谢！

天理-小新 · 发表于 2013-11-1 11:34:57

这个是基本操作：$ tleap -f leaprc.gaff

>loadamberparams nad.frcmod
>loadamberprep nad.prep
>list
NAD gaff

> check NAD

the information as follow :
could not find bond parameter for :CA- H4
......
could not find angle parameter: C- CA -CA
......

and then i use the command : saveamberparm NAD nad.prmtop nad.inpcrd

the information as follow:
could not find type : CA
could not fine type :H4
......
parameter file was not saved.

天理-小新 · 发表于 2013-11-2 17:09:13

本帖最后由天理-小新于 2013-11-2 17:14 编辑

问题自己摸索已经解决，谢谢大家！

tangshushu · 发表于 2016-11-12 15:28:13

天理-小新发表于 2013-11-2 17:09
问题自己摸索已经解决，谢谢大家！

求问怎么解决的。。。我现在也是总是用tleap时候，out文件里显示不能识别小分子，出现fatal

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