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楼主: 临江仙

[YASARA] YASARA混合体系的分子动力学教程

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 楼主| 发表于 2014-1-3 18:53:46 | 显示全部楼层

雨枫姐,md_run.macro默认的是水相的参数,如果想一键MD,还需要自己另外修改正确,嘿嘿
 楼主| 发表于 2014-1-3 18:54:45 | 显示全部楼层
未央尊 发表于 2014-1-3 12:18
很不错,就是没有这个模块没法弄

,等你发paper了和你们老板申请下,嘿嘿
发表于 2014-1-5 10:30:40 | 显示全部楼层
临江仙 发表于 2014-1-3 18:53
雨枫姐,md_run.macro默认的是水相的参数,如果想一键MD,还需要自己另外修改正确,嘿嘿 ...

嗯,我也注意到你用的是非水相了。哈哈
发表于 2014-1-5 11:12:56 | 显示全部楼层
雨枫 发表于 2014-1-5 10:30
嗯,我也注意到你用的是非水相了。哈哈

呵呵 小珍,小仙用的是混合体系,有机溶剂里的MD。这个在Yasara里面是很容易的做,自动识别立场,非常人性化。
发表于 2014-1-6 14:55:07 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2014-1-5 11:12
呵呵 小珍,小仙用的是混合体系,有机溶剂里的MD。这个在Yasara里面是很容易的做,自动识别立场,非常人 ...

嗯,我在试着运行水相中的MD,更是人性化啊,哈哈
发表于 2014-1-6 15:28:21 | 显示全部楼层
雨枫 发表于 2014-1-6 14:55
嗯,我在试着运行水相中的MD,更是人性化啊,哈哈

呵呵 小珍,水相的直接就是一键MD,非常方便!不需要准备什么配体小分子力场,自动识别。
发表于 2014-12-9 00:06:59 | 显示全部楼层
下了,在学习中
发表于 2016-6-22 16:59:18 | 显示全部楼层
yasara除了图形界面没有文字界面进行批处理Md么?如果需要做的md多的话,难道要一个一个做前处理?
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