YASARA混合体系的分子动力学教程

临江仙

雨枫 发表于 2014-1-3 12:57

                               
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直接运行md_run之后好像程序把你要做的都做了吧，看下面的运行记录
>PlayMacro mcr\md_run.mcr - Executing ...

雨枫姐，md_run.macro默认的是水相的参数，如果想一键MD，还需要自己另外修改正确，嘿嘿

临江仙

未央尊 发表于 2014-1-3 12:18

                               
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很不错，就是没有这个模块没法弄

，等你发paper了和你们老板申请下，嘿嘿

雨枫

临江仙 发表于 2014-1-3 18:53

                               
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雨枫姐，md_run.macro默认的是水相的参数，如果想一键MD，还需要自己另外修改正确，嘿嘿 ...

嗯，我也注意到你用的是非水相了。哈哈

川大-灰太狼

雨枫 发表于 2014-1-5 10:30

                               
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嗯，我也注意到你用的是非水相了。哈哈

呵呵 小珍，小仙用的是混合体系，有机溶剂里的MD。这个在Yasara里面是很容易的做，自动识别立场，非常人性化。

雨枫

川大-灰太狼 发表于 2014-1-5 11:12

                               
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呵呵 小珍，小仙用的是混合体系，有机溶剂里的MD。这个在Yasara里面是很容易的做，自动识别立场，非常人 ...

嗯，我在试着运行水相中的MD，更是人性化啊，哈哈

川大-灰太狼

雨枫 发表于 2014-1-6 14:55

                               
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嗯，我在试着运行水相中的MD，更是人性化啊，哈哈

呵呵 小珍，水相的直接就是一键MD，非常方便！不需要准备什么配体小分子力场，自动识别。

sangerjay

下了，在学习中

kittycui

yasara除了图形界面没有文字界面进行批处理Md么？如果需要做的md多的话，难道要一个一个做前处理？