YASARA一键MD前蛋白预处理

临江仙

    1,导入蛋白结构：File>Load> PDB File
    2,加氢优化：Edit>Add>Hydrogens to : object & optimize
    3,检查并添加缺失原子：Edit>clean>all
    4,设置溶剂盒子：Simulations>Define simulation cell
    5,保存sce文件：File>Save as>*.sce
    6,进入一键MD
    补充一下阿里师兄的一键MD，若有不当之处，欢迎指出哈~~~

川大-灰太狼

2,加氢优化：Edit>Add>Hydrogens to : object & optimize
其实这步都已经包含在了 第3步里面，Edit>clean>all

你做了第3步，自动就加氢优化好了。

临江仙

川大-灰太狼 发表于 2013-11-26 15:39

                               
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2,加氢优化：Edit>Add>Hydrogens to : object & optimize
其实这步都已经包含在了 第3步里面，Edit>clean>a ...

狼哥威武~~~

quxd

在普通台式电脑，windows环境下，MD需要多少时间？