生物分子模拟论坛

 找回密码
 立即注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

查看: 1409|回复: 2

YASARA一键MD前蛋白预处理

[复制链接]
发表于 2013-11-26 14:47:58 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
    1,导入蛋白结构:File>Load> PDB File
    2,加氢优化:Edit>Add>Hydrogens to : object & optimize
    3,检查并添加缺失原子:Edit>clean>all
    4,设置溶剂盒子:Simulations>Define simulation cell
    5,保存sce文件:File>Save as>*.sce
    6,进入一键MD
    补充一下阿里师兄的一键MD,若有不当之处,欢迎指出哈~~~

评分

参与人数 1金币 +10 收起 理由
川大-灰太狼 + 10 赞一个!嘿嘿 鼓励下原创。

查看全部评分

发表于 2013-11-26 15:39:47 | 显示全部楼层
2,加氢优化:Edit>Add>Hydrogens to : object & optimize
其实这步都已经包含在了 第3步里面,Edit>clean>all

你做了第3步,自动就加氢优化好了。
 楼主| 发表于 2013-11-26 22:36:34 | 显示全部楼层
您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3

GMT+8, 2017-9-23 17:13 , Processed in 0.291394 second(s), 33 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表