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[生物医药] 核酸适配体单链DNA的G-四联体与GTX1/4的分子识别机制研究

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发表于 2018-5-15 14:55:24 | 显示全部楼层 |阅读模式

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核酸适配体G-四联体与GTX1/4的分子识别

——分子模拟研究单链DNA核酸适配体与小分子相互作用



【分迪科技提供药物设计服务与平台】

期待与您合作!

sales@moldesinger.com


合作单位:第二军医大学

合作成果

  • Study of the binding mechanism between aptamer GO18-T-d and gonyautoxin 1/4 by molecular simulation. Physical Chemistry Chemical Physics, 2016, 18(34):23458-23461. (2016 IF = 4.123)


       我们根据客户需求,为客户设计了合理的计算方案,采用分子对接和分子动力学模拟方法深入透彻地研究了膝沟藻毒素(Gonyautoxin, GTX)1/4与核酸适配子GO18-T-d中的G-四联体诱导识别的过程。结果发现,GTX1/4主要通过氢键以及π-π相互作用稳定结合在G-四联体结构顶部的凹槽中。G-四联体与小分子之间诱导识别的机制研究为后续分子检测和诊断奠定了基础。


本文章由于立题新颖,阐释合理,被邀请作为当期PCCP的封底文章,分迪科技为其设计了极具中国风的封底图片,见图1。



                               
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图1 受PCCP杂志邀请为客户制作的中国风-中国狮子-封底图片



                               
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图2 GTX1/4与GO18-T-d的分子对接结果



                               
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图3 GTX1/4与GO18-T-d复合物在分子动力学模拟过程中的构象变化(A: 0 ns;B: 5 ns;C: 10 ns;D: 15 ns)



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