生物分子模拟工作站DIY

川大-灰太狼 · 发表于 2013-12-26 09:37:24

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根据个人对分子模拟软件的使用经验，列出了以下的个人攒机配置（有不妥之处欢迎大家拍砖呵呵）：

1、CPU
Intel Xeon E5-2670 2.6GHz
核心数量：八核心十六线程
睿频频率：3.3GHz
制作工艺：32纳米
插槽类型：LGA2011
CPU三级缓存容量：20MB
CPU工作功率：115W

Xeon E5-2670 工作频率为2.6GHz，无任务时以1.2GHz运行，满载时则是睿频3.3GHz运行。

Sandy Bridge-EP架构Xeon E5-2670的8核心处理器，L3三级缓存容量20MB，非常快速。

2、主板
超微X9DAI 双路工作站主板

3、内存
8G RECC 1600MHz 4条或者8条，因为主板和cpu支持4通道，8条更优。品牌三星（价格略高）、海力士（价格较低）等。

4、硬盘
希捷、西部数据7200转1T硬盘。也可以采用希捷、西部数据的混合式硬盘，由固态硬盘（SSD）和一般硬盘混合组成，价格较全固态硬盘低，性能比常规硬盘好。

5、机箱+电源

6、GPU计算卡
目前最具性价比的计算卡是NVIDIA GTX TITAN，也是GTX系列卡中唯一拥有双精度计算能力的。
计算能力在amber的CUDA加速计算测试结果中可与Tesla K20，K20X媲美，但价格只有他们的1/5或1/3。
http://ambermd.org/gpus/benchmarks.htm

川大-灰太狼 · 发表于 2014-9-22 09:48:46

xpyp 发表于 2014-9-22 01:22
请问，gtx580不能进行双精度计算吗？

很好的问题！普通版的GTX580是不能开双精度的，但也有特别版本，如512SP GTX480可以开双精度，类似这样的一些特别GTX580是可以开双精度的。GTX 580是属于费米构架，6 7 8系后面的属于开普勒构架，费米构架在有些方面性能还优于开普勒构架。
有人测试开了双精度的GTX 580 双 197.6GFLOPS （开双精度：单1577 双790.1）。
可参考：http://www.equn.com/forum/thread-39436-1-1.html

川大-灰太狼 · 发表于 2014-9-17 12:01:07

kangth 发表于 2014-9-16 23:34
现在出了TITAN BLACK 应该也能用吧，问一下 CPU的散热器是怎么选的啊，我看超微的cpu槽子是长方形的，有 ...

恩TITAN Black也不错！还有TITAN Z。CPU散热器要选铜管的，3-6铜管，铜的导热性好，加上铝片和风扇就是散热器了，和cpu的槽子无关和cpu的类型有关。

kangth · 发表于 2014-9-16 23:34:20

川大-灰太狼发表于 2014-5-26 10:17
呵呵，估计我是冬天在win下软件测试的满载温度，夏天估计会高得多。

现在出了TITAN BLACK 应该也能用吧，问一下 CPU的散热器是怎么选的啊，我看超微的cpu槽子是长方形的，有什么好的建议？谢谢。

xiaoliu · 发表于 2013-12-26 10:37:32

哈哈，支持一下

北京-构效 · 发表于 2013-12-26 17:03:40

现在感觉跑动力学 gpu是少不了的

xufund · 发表于 2013-12-27 07:56:10

非常有参考价值。谢谢

川大-灰太狼 · 发表于 2013-12-27 10:17:42

xufund 发表于 2013-12-27 07:56

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非常有参考价值。谢谢

如果是经费有限的朋友可以参考！也欢迎具体的配置与我讨论。

syjohn · 发表于 2013-12-31 10:17:28

目前正准备进行升级超微GPU桌面PC，现在主要的问题就是散热，希望跟太郎童靴共同探讨。

川大-灰太狼 · 发表于 2013-12-31 18:55:47

syjohn 发表于 2013-12-31 10:17

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目前正准备进行升级超微GPU桌面PC，现在主要的问题就是散热，希望跟太郎童靴共同探讨。 ...

你的是什么配置呢？
你担心哪方面的散热问题呢？

syjohn · 发表于 2014-1-3 09:04:26

川大-灰太狼发表于 2013-12-31 18:55

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你的是什么配置呢？
你担心哪方面的散热问题呢？

我的是i7顶配PC机，想装两块GPU卡，但是机箱太小，散热效果很不好，我试过装一块，算一段时间就自动终止了，可能是显卡太热了

川大-灰太狼 · 发表于 2014-1-3 11:02:41

syjohn 发表于 2014-1-3 09:04

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我的是i7顶配PC机，想装两块GPU卡，但是机箱太小，散热效果很不好，我试过装一块，算一段时间就自动终止 ...

你的是什么显卡？型号？散热这么不好。
还有你的电源功率多大？

Milestone · 发表于 2014-1-10 14:13:28

我有几个疑问，希望有经验的给解疑一下
第一：一般来说我们在集群交任务只会占有1GPU+1CPU，工程师貌似意思也不能使用Ncpu+1GPU，考虑到计算的效率，一般一台GPU节点就运行1个任务，这样是不是会造成CPU的浪费，比如现在版主16CPU+1GPU，交了一个任务，空15个CPU，就闲置了...
第二：能不能买那种多PCIE的服务器主板，插上6-8个GPU 计算速度会不会提升的非常非常多？

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