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[Discovery Studio] Discovery Studio同源模建、分子动力学、分子对接和药效团教程

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发表于 2012-11-21 08:58:43 | 显示全部楼层 |阅读模式

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此教程为创腾09年暑期培训班教程,包含同源模建、分子动力学、分子对接、药效团和ADMET预测。



Discovery Studio _Part1-5_.pdf

4.47 MB, 下载次数: 6453

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 楼主| 发表于 2018-9-4 19:29:17 | 显示全部楼层
Lovecheng 发表于 2018-9-3 18:16
亲,我请教一些问题,最近在学习分子对接,我们的蛋白未知,采用同源模建建好模板,下一步的模板优化和分子 ...

商业分子对接软件LeadIT中的FlexX,GOLD,Glide都不错,免费的可以使用autodock。
模板优化,这个主要根据你的具体需求来定,如果模板已经有90%以上的序列一致性了,可以不用优化。
后期,用分子动力学跑跑看,能否稳定和平衡。
 楼主| 发表于 2015-6-14 23:27:55 | 显示全部楼层
有效提取 发表于 2015-6-14 10:32
谢谢楼主分享!  DS 打分是不是比autodock 更能使人信服些呐? 准备下决心自学了 ...

大家普遍认为DS的分子对接比较鸡肋,不是很好,有些情况还不如Autodock。商业对接软件用得较多且准确率高的是FlexX(leadIT中的对接模块),Glide(Schordinger中的对接模块),Gold等。
发表于 2019-7-3 10:17:22 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2018-9-4 19:29
商业分子对接软件LeadIT中的FlexX,GOLD,Glide都不错,免费的可以使用autodock。
模板优化,这个主要根 ...

请问有autodock安装包吗,官网打不开
发表于 2012-11-21 10:03:09 | 显示全部楼层
谢谢分享{:soso_e163:}
发表于 2012-12-26 15:29:04 | 显示全部楼层
谢谢,如果资源介绍还能够稍微详细一点点就好了。。。
发表于 2013-1-18 08:54:12 | 显示全部楼层
请问购买之后在哪下载啊
 楼主| 发表于 2013-1-18 09:04:16 | 显示全部楼层
直接点击就可以了哈!pdf格式的
发表于 2013-1-18 10:19:00 | 显示全部楼层
谢谢!!
发表于 2013-2-7 12:28:54 | 显示全部楼层
谢谢您的分享呀
发表于 2013-3-17 00:28:52 | 显示全部楼层
谢谢!正好需要!
发表于 2013-3-17 09:41:25 | 显示全部楼层
thank you for sharing!
发表于 2013-3-29 21:40:43 | 显示全部楼层
你好!我在用DS做同源模建的时候,做到align sequences to templates这步时,error,NCBI BLAST Failed,请问是怎么回事呀?
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