Vina分子对接遇到的问题

开心果

对于分子对接我是菜鸟级的 所以有许多不明白的问题   在这里希望了解的给一下解答 实在是很困惑   我做docking时是用vina做的 老师给了我一个配体和受体让我做下对接  需要我的结果中有三个残基与配体相互作用 但是我做了许多次对接，盒子从20到60都没有找到合适的对接结果      我是用ADT找到盒子的中心坐标， 是以受体中心位置为中心的 （因为要是以配体不在受体内部，要是以配体中心为中心盒子就不在受体上   所以我只以受体为中心了 ），然后呢 盒子的大小我就一点一点的从20梯度的设置到了60 结果没有找到  
后来我觉得我的盒子中心坐标设置的还是有问题  选了老师给的三个已知残基中的一个残基中的一个原子坐标为盒子的中心（我不知道这样做是否合理，需要您给一点见解） 结果还是找不到理想的对接结果  ，真是好困惑 希望给出建议  


我主要不理解的是  1  如何用ADT确定盒子的中心坐标才能做出与已知残基相互作用的对接结果
                              2 ADT  grid 中的grid box中grid spacing  默认值是0.375埃  但是我做docking是用vina做的 所以没有保存ADT中的盒子设置 只是借鉴一下它的盒子中心坐标然后在vina中copy它的中心坐标 ，但是在vina中我的盒子大小我总是掌握不好  也不知道在vina中我的盒子grid spacing是多少 ，vina中grid spacing有默认值吗


      实在是很乱 可能大家读了我的问题都读懵了 因为实在是很困惑  也不知道怎么问了 实在是菜鸟希望谅解  能解答多少尽量给我以帮助啊 谢谢了

/rose水水

  1  盒子大小基本能囊括整个活性中心就可以，当然你也可以包括整个蛋白质。所以中心坐标可以设定为活性中心，我经常的做法就是把中心坐标设定为已知的抑制剂的位点坐标。当然你用活性残基之一也应该问题不大。

  2 ADT  grid 中的grid box中grid spacing  默认值是0.375埃 而vina的grid spacing 设定值为1，这个是软件编写时所设定好的，没有什么争议。 所以你可以把ADT中的grid spacing调成1，然后在设定盒子大小。像以上说的盒子大小囊括整个活性中心。

开心果

/rose水水 发表于 2013-11-6 16:20

                               
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1  盒子大小基本能囊括整个活性中心就可以，当然你也可以包括整个蛋白质。所以中心坐标可以设定为活性中 ...

  真的是非常感谢!