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[AMBER] 环糊精与某药物的分子动力学模拟

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发表于 2013-10-28 21:29:32 | 显示全部楼层 |阅读模式

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大家好,本人最近才开始学习分子模拟,想问下,要做环糊精与药物的动力学模拟的话  准备文件是什么格式啊,是跟蛋白与药物的模拟一样,pdb格式吗?
求高手指导!!!谢谢!!对于初学者有什么建议,也请各位多多指教!!
发表于 2013-10-29 05:16:13 | 显示全部楼层
我没有做过环糊精的md,但是我想pdb格式应该是没有问题的
发表于 2013-10-29 08:49:17 | 显示全部楼层
环糊精的分子动力学有很多中文论文里面都有,你可以查阅!准备最后都肯定要用pdb结构,环糊精pdb的结构可以从蛋白-环糊精晶体结构的pdb中提取。
发表于 2013-10-29 09:52:49 | 显示全部楼层
准备文件pdb即可。不同的动力学软件需要的输入文件不同,但是都可以通过pdb文件获得。在教程最前面应该会有说明。软件推荐Amber,Gromacs,NAMD。第一个价格3000rmb以内,后两者是免费的
 楼主| 发表于 2013-10-29 14:20:14 | 显示全部楼层
 楼主| 发表于 2013-10-29 14:20:42 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2013-10-29 08:49
环糊精的分子动力学有很多中文论文里面都有,你可以查阅!准备最后都肯定要用pdb结构,环糊精pdb的结构可以 ...

恩,好的,谢谢
 楼主| 发表于 2013-10-29 14:21:11 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2013-10-29 09:52
准备文件pdb即可。不同的动力学软件需要的输入文件不同,但是都可以通过pdb文件获得。在教程最前面应该会有 ...

好的,谢谢
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