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[原创] pymol答疑帖

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发表于 2013-10-22 21:09:44 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖旨在帮助pymol初学者找到特定目标的作图方式,顺便提高下自身对pymol的掌握,欢迎大家提问,我会尽力回答,同时肯定有很多俺不会的,也希望别的高手能帮帮这些初学者~哈哈
提问形式:
1. 如果改变N原子的颜色?
回答形式:
1.可以采用color yellow, (name N*)执行
欢迎大家提问啊!
2013/11/1更新:pymol生成背景透明的图片方法
set ray_opaque_background, off
随后输出PNG图片,即为背景透明(非白色)的结果啦!
发表于 2015-11-12 22:00:33 | 显示全部楼层
栀子花开 发表于 2015-8-31 22:13
楼主,请问怎么能只显示配体的电子密度?我把所有分子的电子密度都显示了。还有怎么用一个字母标记氨基酸? ...

用一个字母标记氨基酸残基(参照http://blog.sina.com.cn/s/blog_65794d260100oimd.html):
在$HOME/文件夹下编辑文件 .pymolrc ,在其中加入:
# start $HOME/.pymolrc modification
single ={'VAL':'V', 'ILE':'I', 'LEU':'L', 'GLU':'E', 'GLN':'Q', \
'ASP':'D', 'ASN':'N', 'HIS':'H', 'TRP':'W', 'PHE':'F', 'TYR':'Y', \
'ARG':'R', 'LYS':'K', 'SER':'S', 'THR':'T', 'MET':'M', 'ALA':'A', \
'GLY':'G', 'PRO':'P', 'CYS':'C'}
# end modification

使用时,已object1为例,用命令:
PyMOL>label object1 and n. CB,("%s%s") % (single[resn],resi)
发表于 2015-6-3 16:59:57 | 显示全部楼层
楼主,您好,我在使用APBStool的时候总是出现以下错误:这是什么原因,恳请大神明灯
Error: 2
<class '_tkinter.TclError'> Exception in Tk callback
  Function: <function <lambda> at 0x7fc98fe77b90> (type: <type 'function'>)
  Args: ()
Traceback (innermost last):
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Pmw/Pmw_1_3/lib/PmwBase.py", line 1747, in __call__
    return apply(self.func, args)
  File "/home/lijingyan/.pymol/startup/apbsplugin.py", line 311, in <lambda>
    command = lambda s=self: APBSTools2(s))
  File "/home/lijingyan/.pymol/startup/apbsplugin.py", line 676, in __init__
    group.pack(fill='both',expand=1, padx=4, pady=5)
  File "<string>", line 1, in pack
    None
  File "/usr/lib/python2.7/lib-tk/Tkinter.py", line 1890, in pack_configure
    + self._options(cnf, kw))
<class '_tkinter.TclError'>: cannot use geometry manager pack inside .140503615398616.140503615401640.140503615420968.140503615880296 which already has slaves managed by grid
发表于 2013-10-22 23:59:49 | 显示全部楼层
我提的这个问题可能不太明智。我是想问,如何用命令方式打开桌面问pdb文件,之前见过load什么的命令,没有成功。不知道楼主会不会。。。之所以说不明智的问题,其实用鼠标点的话可能还快点哈。。。呵呵,有时间的话回复下,没时间的话,忽略也行。
发表于 2013-10-23 03:13:29 | 显示全部楼层

pymol 打开桌面或者当前文件夹下的pdb文件,可以直接在linux系统命令栏输入 pymol /your-path/protein.pdb. 这样既可以启动pymol程序同时可以打开分子pdb文件。 如果pymol已经运行,在pymol窗口下的命令栏中输入load  /your-path/protein.pdb

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大工-阿里巴巴 + 3 很给力!

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 楼主| 发表于 2013-10-23 09:35:05 | 显示全部楼层
leecheng1990 发表于 2013-10-22 23:59
我提的这个问题可能不太明智。我是想问,如何用命令方式打开桌面问pdb文件,之前见过load什么的命令,没有 ...

这可能是你没有导入到对应结构的途径里,比如你的蛋白AA.pdb在C:/desktop下,你可以先打开pymol,然后在命令行处输入cd c:/desktop, 然后再输入load AA.pdb即可
发表于 2013-10-23 17:09:40 | 显示全部楼层
也可以用fetch,就不用考虑路径了

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参与人数 1金币 +3 收起 理由
大工-阿里巴巴 + 3 小草妹妹好久没出现了~有空常来逛逛啊!啊.

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发表于 2013-11-2 17:59:00 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2013-10-23 09:35
这可能是你没有导入到对应结构的途径里,比如你的蛋白AA.pdb在C:/desktop下,你可以先打开pymol,然后在命 ...

非常感想额
发表于 2013-12-19 13:58:19 | 显示全部楼层
阿里师兄,请教一个问题哈
如何在pymol中手动创建配体与氨基酸之间的氢键?

点评

这个估计得measure distance然后hide label  发表于 2013-12-19 18:04
发表于 2013-12-20 08:38:24 | 显示全部楼层
临江仙 发表于 2013-12-19 13:58
阿里师兄,请教一个问题哈
如何在pymol中手动创建配体与氨基酸之间的氢键? ...

飞天兄 正解!
发表于 2013-12-20 09:14:29 | 显示全部楼层
本帖最后由 临江仙 于 2013-12-20 09:17 编辑

飞天师兄威武!
发表于 2013-12-26 15:11:08 | 显示全部楼层
我想问一下大家用Pymol做过核酸方面的没有,弱弱的问一下,想用Pymol做出核酸好看的图片,有什么技巧吗,貌似有些只能用于蛋白,对核酸结构不适应啊。灰常感谢
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