pymol答疑帖

Ryan

bxj 发表于 2015-5-22 11:01
请问如何实现 surface 的透明化？ 就像cartoon 的透明一样 set cartoon_transparency=0.5,obj01 这种指令？ ...

show surface
set transparency, 0.5

tracyyan

楼主，您好，我在使用APBStool的时候总是出现以下错误：这是什么原因，恳请大神明灯
Error: 2
<class '_tkinter.TclError'> Exception in Tk callback
  Function: <function <lambda> at 0x7fc98fe77b90> (type: <type 'function'>)
  Args: ()
Traceback (innermost last):
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Pmw/Pmw_1_3/lib/PmwBase.py", line 1747, in __call__
    return apply(self.func, args)
  File "/home/lijingyan/.pymol/startup/apbsplugin.py", line 311, in <lambda>
    command = lambda s=self: APBSTools2(s))
  File "/home/lijingyan/.pymol/startup/apbsplugin.py", line 676, in __init__
    group.pack(fill='both',expand=1, padx=4, pady=5)
  File "<string>", line 1, in pack
    None
  File "/usr/lib/python2.7/lib-tk/Tkinter.py", line 1890, in pack_configure
    + self._options(cnf, kw))
<class '_tkinter.TclError'>: cannot use geometry manager pack inside .140503615398616.140503615401640.140503615420968.140503615880296 which already has slaves managed by grid

栀子花开

楼主，请问怎么能只显示配体的电子密度？我把所有分子的电子密度都显示了。还有怎么用一个字母标记氨基酸？

wx_Yudv4Zff

请教一个问题，在用pymol来同时显示电子密度图和模型的时候，有什么命令可以使电子密度图只显示在包裹模型的那一部分？要设置半径carve可以实现吗？

逍遥的猫科动物

栀子花开 发表于 2015-8-31 22:13
楼主，请问怎么能只显示配体的电子密度？我把所有分子的电子密度都显示了。还有怎么用一个字母标记氨基酸？ ...

用一个字母标记氨基酸残基（参照http://blog.sina.com.cn/s/blog_65794d260100oimd.html）：
在$HOME/文件夹下编辑文件 .pymolrc ，在其中加入：
# start $HOME/.pymolrc modification
single ={'VAL':'V', 'ILE':'I', 'LEU':'L', 'GLU':'E', 'GLN':'Q', \
'ASP':'D', 'ASN':'N', 'HIS':'H', 'TRP':'W', 'PHE':'F', 'TYR':'Y', \
'ARG':'R', 'LYS':'K', 'SER':'S', 'THR':'T', 'MET':'M', 'ALA':'A', \
'GLY':'G', 'PRO':'P', 'CYS':'C'}
# end modification

使用时，已object1为例，用命令：
PyMOL>label object1 and n. CB，("%s%s") % (single[resn],resi)

shwfzmnltmlc

请教各位亲，我用pymol找两个原子间的距离时，  Wizard------Meassurement  选中两个原子，  不能显示距离的数值（见图中红圈内），是什么个问题啊？这也太奇葩了吧
还有角度的数值也不能显示，谢谢各位亲了，谁遇到过这种问题吗？C:\Users\Administrator\Desktop

分子模拟学习

请问有没有知道如何修改表面电势图的显示颜色来表示亲疏水性或者能量高低

河外生命

请教楼主：PyMOL里怎样设置输出图片的分辨率？默认的png分辨率太低了。这样即使用photoshop改成300像素/厘米，但由于原始分辨率过低，投稿时生成的图片仍然模糊。请问是否有输出TIFF格式图片的命令，还有分辨率能设到300dpi吗？谢谢指教！

17110209

请问大神，我是利用Autodock对节后的结果生成的配体文件，在Pymol里打开的，然后又导入了受体分子，我是想在pymol里得到像对接结果那样的氢键连接效果，但是这种先后打开的两个分子间的氢键只能用“find-polor-to any toms”实现，结果这个配体上的残基与受体的一个分子的氢键是显示了出来，但是同时还有跟配体中其它残基间的氢键也显示了出来，如图，怎么去除与自身的氢键只留下与受体间的氢键呢（只留下红圈里这一个）？谢谢大神

17110209

临江仙 发表于 2013-12-19 13:58
阿里师兄，请教一个问题哈
如何在pymol中手动创建配体与氨基酸之间的氢键？ ...

请问您这个问题解决了吗？