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[Pymol] pymol答疑帖

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发表于 2017-2-20 11:49:52 | 显示全部楼层
本帖最后由 自行组装 于 2017-2-20 11:54 编辑

您好,我想问一下pymol怎么画出双键或共轭结构?我画苯环的时候想在环内加上虚线的圆圈或三个共轭双键。
C:\as.png
就像下面的图:
看上去很简单的样子,但我就是找不到方法。。谢谢抽空帮忙!





as.png
发表于 2017-2-22 20:52:06 | 显示全部楼层
自行组装 发表于 2017-2-20 11:49
您好,我想问一下pymol怎么画出双键或共轭结构?我画苯环的时候想在环内加上虚线的圆圈或三个共轭双键。

...

已经解决了,用show valence。
发表于 2017-8-17 17:09:11 | 显示全部楼层
河外生命 发表于 2016-4-18 20:00
请教楼主:PyMOL里怎样设置输出图片的分辨率?默认的png分辨率太低了。这样即使用photoshop改成300像素/厘 ...

输出时,输入命令ray 2400,再保存
发表于 2017-10-23 15:24:00 | 显示全部楼层
请教楼主,pymol里通过find可以找到配体与受体极性的互作,如果是非极性的互作,比如pi-pi堆积等,怎样显示出来?谢谢指教!!
发表于 2017-11-10 19:13:23 | 显示全部楼层
用分子对接软件pymol处理的对接图中发现有两个氧原子之间的键形成,也有氧原子与氮原子之间的键形成,不知道叫什么?师兄有知道的吗?
发表于 2017-11-21 19:26:59 | 显示全部楼层
今天安装了Pymol,打开软件之后出现WARNING: glDrawBuffer caused GL error,你怎么解决的?谢谢!
发表于 2018-4-20 20:48:07 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2013-12-26 19:10
核酸的应该是一样的啊!~你可以传个核酸的pdb或者mol2,然后给一个参考图,我可以帮你试试看 ...

您好,请问能详细说一下怎样利用pymol做出核酸好看的图片吗?跪求
发表于 2018-5-14 15:51:24 | 显示全部楼层
请教一下,网页版的pymol显示的图保存成pse格式后,为什么用1.7版的pymol软件打不开。以前老版本的也打不开
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