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[Pymol] pymol答疑帖

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发表于 2013-12-26 15:11:08 | 显示全部楼层
我想问一下大家用Pymol做过核酸方面的没有,弱弱的问一下,想用Pymol做出核酸好看的图片,有什么技巧吗,貌似有些只能用于蛋白,对核酸结构不适应啊。灰常感谢
 楼主| 发表于 2013-12-26 19:10:23 | 显示全部楼层

核酸的应该是一样的啊!~你可以传个核酸的pdb或者mol2,然后给一个参考图,我可以帮你试试看
发表于 2013-12-27 10:02:14 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2013-12-26 19:10
核酸的应该是一样的啊!~你可以传个核酸的pdb或者mol2,然后给一个参考图,我可以帮你试试看 ...

欧了,师兄,我QQ传给你核酸的pdb吧,灰常感谢
发表于 2014-1-14 23:05:26 | 显示全部楼层
请问一下pymol里面的颜色条带怎么标记出来,我现在按照b-factor进行着色,但旁边的颜色条带不知道怎么标记出来?
 楼主| 发表于 2014-1-15 08:09:30 | 显示全部楼层
fenzimoni 发表于 2014-1-14 23:05
请问一下pymol里面的颜色条带怎么标记出来,我现在按照b-factor进行着色,但旁边的颜色条带不知道怎么标记出 ...

这个问题看不懂。。。。上群里传个示意图给我看看
发表于 2014-1-15 10:06:33 | 显示全部楼层
阿里兄,看见了吗?最下面的颜色条带如何在pymol里面显示出来?
QQ截图20140115100428.png
 楼主| 发表于 2014-1-15 11:05:38 | 显示全部楼层
fenzimoni 发表于 2014-1-15 10:06
阿里兄,看见了吗?最下面的颜色条带如何在pymol里面显示出来?

http://www.pymolwiki.org/index.p ... reating_a_Color_bar
可参见这里~
发表于 2014-1-15 15:26:23 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2014-1-15 11:05
http://www.pymolwiki.org/index.php/Advanced_Coloring#Creating_a_Color_bar
可参见这里~

这个我没怎么看懂,但是我找到了一个生成spectrumbar的脚本,但是在pymol里面运行后什么都没得到啊,运行时也没报错啊。麻烦阿里兄帮我看一下。http://www.pymolwiki.org/index.php/Spectrumbar
发表于 2014-2-20 19:43:49 | 显示全部楼层
师兄,我想问下,怎么删除蛋白中的配体,我怎么delete不了,删了还在啊
 楼主| 发表于 2014-2-20 21:52:19 | 显示全部楼层
攀附云端 发表于 2014-2-20 19:43
师兄,我想问下,怎么删除蛋白中的配体,我怎么delete不了,删了还在啊

sequence里选择配体,右键remove atom即可
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