pymol答疑帖

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-12-26 19:10:23

芶佑指╮卟弃发表于 2013-12-26 15:11

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我想问一下大家用Pymol做过核酸方面的没有，弱弱的问一下，想用Pymol做出核酸好看的图片，有什么技巧吗，貌 ...

核酸的应该是一样的啊！~你可以传个核酸的pdb或者mol2，然后给一个参考图，我可以帮你试试看

芶佑指╮卟弃 · 发表于 2013-12-27 10:02:14

大工-阿里巴巴发表于 2013-12-26 19:10

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核酸的应该是一样的啊！~你可以传个核酸的pdb或者mol2，然后给一个参考图，我可以帮你试试看 ...

欧了，师兄，我QQ传给你核酸的pdb吧，灰常感谢

fenzimoni · 发表于 2014-1-14 23:05:26

请问一下pymol里面的颜色条带怎么标记出来,我现在按照b-factor进行着色,但旁边的颜色条带不知道怎么标记出来？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-1-15 08:09:30

fenzimoni 发表于 2014-1-14 23:05

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请问一下pymol里面的颜色条带怎么标记出来,我现在按照b-factor进行着色,但旁边的颜色条带不知道怎么标记出 ...

这个问题看不懂。。。。上群里传个示意图给我看看

fenzimoni · 发表于 2014-1-15 10:06:33

阿里兄，看见了吗？最下面的颜色条带如何在pymol里面显示出来？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-1-15 11:05:38

fenzimoni 发表于 2014-1-15 10:06

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阿里兄，看见了吗？最下面的颜色条带如何在pymol里面显示出来？

fenzimoni · 发表于 2014-1-15 15:26:23

大工-阿里巴巴发表于 2014-1-15 11:05

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http://www.pymolwiki.org/index.php/Advanced_Coloring#Creating_a_Color_bar
可参见这里~

这个我没怎么看懂，但是我找到了一个生成spectrumbar的脚本，但是在pymol里面运行后什么都没得到啊，运行时也没报错啊。麻烦阿里兄帮我看一下。http://www.pymolwiki.org/index.php/Spectrumbar

攀附云端 · 发表于 2014-2-20 19:43:49

师兄，我想问下，怎么删除蛋白中的配体，我怎么delete不了，删了还在啊

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-2-20 21:52:19

攀附云端发表于 2014-2-20 19:43

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师兄，我想问下，怎么删除蛋白中的配体，我怎么delete不了，删了还在啊

sequence里选择配体，右键remove atom即可

songsong · 发表于 2014-5-17 00:43:38

向各位请教一下，俺用 label－residue name 标记两个残基的名字，为什么不能实时的看见结果，要在 ray 之后才显示效果，需要调整哪个设置吗？谢谢了！

win7+python 2.7+pymol 1.7.1.0

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