Amber12 Redhat6.2 Linux下安装问题

kuyon

操作系统：Linux Redhat 6.2

Amber版本：Amber 12

环境变量：# .bashrc

[code=Bash width=600px]# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
. /etc/bashrc
fi

AMBERHOME=/home/dkk/software/amber12/amber12
export AMBERHOME
export PATH=/home/dkk/software/amber12/amber12/binPATH

export MPI_DIR=/home/dkk/software/openmpi
export PATH=/home/dkk/software/openmpi/binPATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/dkk/software/openmpi/libLD_LIBRARY_PATH

export MKL_HOME=/opt/intel/composer_xe_2013.5.192/mkl
source /opt/intel/composer_xe_2013.5.192/bin/compilervars.sh intel64
# User specific aliases and functions
[/code]

安装方法：
1. 解压 Amber 12
2. cd Amber 12
3. ./patch_amber.py  --check-updates
   ./patch_amber.py  --update-tree
4. ./configure -mpi intel
5. make install

报错信息：当执行到第五步（make install）时就报错，报错信息如下

[code=Bash width=600px]mpicc -c -Dflex -ip -O3 -xHost -DBINTRAJ -DHASGZ -DHASBZ2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DBINTRAJ -DMPI -I/opt/intel/composer_xe_2013.5.192/mkl/include -I/home/dkk/software/amber12/amber12/include -o xminC.o xminC.c
gcc: language Host not recognized
gcc: language Host not recognized
gcc: xminC.c: linker input file unused because linking not done
mpicc -c -Dflex -ip -O3 -xHost -DBINTRAJ -DHASGZ -DHASBZ2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DBINTRAJ -DMPI -I/opt/intel/composer_xe_2013.5.192/mkl/include -I/home/dkk/software/amber12/amber12/include -o AmberNetcdf.o AmberNetcdf.c
gcc: language Host not recognized
gcc: language Host not recognized
gcc: AmberNetcdf.c: linker input file unused because linking not done
rm -f /home/dkk/software/amber12/amber12/lib/libsff_mpi.a
ar rv /home/dkk/software/amber12/amber12/lib/libsff_mpi.a binpos.o conjgrad.o lmodC.o memutil.o nblist.o newton.o nmode.o prm.o rand2.o sasad.o sff.o time.o xminC.o AmberNetcdf.o
ar: creating /home/dkk/software/amber12/amber12/lib/libsff_mpi.a
ar: binpos.o: No such file or directory
make[2]: *** [libsff_mpi] Error 1
make[2]: Leaving directory `/home/dkk/software/amber12/amber12/AmberTools/src/sff'
make[1]: *** [parallel] Error 2
make[1]: Leaving directory `/home/dkk/software/amber12/amber12/AmberTools/src'
make: *** [install] Error 2
[/code]

icc, ifort, mpi都装好了：
[dkk@localhost Desktop]$ which icc
/opt/intel/composer_xe_2013.5.192/bin/intel64/icc
[dkk@localhost Desktop]$ which ifort
/opt/intel/composer_xe_2013.5.192/bin/intel64/ifort
[dkk@localhost Desktop]$ which mpirun
/opt/intel/composer_xe_2013.5.192/mpirt/bin/intel64/mpirun
[dkk@localhost Desktop]$

串行版本Amber 12 安装成功，test 也都通过。

求高手指导！！！不胜感激！！！

weir

cygwin and mac 下并行都没问题，linux下有问题是很少见的

川大-灰太狼

从你的报错信息来看，提示你 gcc 有问题，但你使用的是intel编译器。
因此，说明你的openmpi软件不是用intel编译器编译的，而是gcc编译器编译的。
解决方法：
1、使用gcc直接编译amber12，因为你的openmpi是用gcc编译的。
2、用intel编译器重新编译openmpi，但在这之前需要删除原有的openmpi。

注意在删除 .bashrc 里面的openmpi 路径。然后source ~/.bashrc

which mpirun 后出现/usr/local/bin/mpirun 这样mpirun就正确了。

PS：有时候可能需要重启一下系统。

kuyon

川大-灰太狼 发表于 2013-8-28 15:05

                               
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从你的报错信息来看，提示你 gcc 有问题，但你使用的是intel编译器。
因此，说明你的openmpi软件不是用inte ...

刚刚安装好了：Installation of Amber12 (parallel) is complete at Wed Aug 28 18:14:41 CST 2013.

我用的还是intel的并行器，不过没有用openmpi用的是mpich2，安装的时候加上CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort 指令，但是make test的时候又报错了：

/opt/intel/composer_xe_2013.5.192/mpirt/bin/intel64/mpirun: line 96: /opt/intel/composer_xe_2013.5.192/mpirt/bin/intel64/mpivars.sh: No such file or directory
./Run.xfin: Program error
make[3]:  [xfin_test] Error 1
Running test to do simple minimization
(this tests the LCPO surface area)

kuyon

weir 发表于 2013-8-28 13:32

                               
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cygwin and mac 下并行都没问题，linux下有问题是很少见的

嗯， 主要还是并行软件没装好。

kuyon

weir 发表于 2013-8-28 13:32

                               
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cygwin and mac 下并行都没问题，linux下有问题是很少见的

嗯， 主要还是并行软件没装好。

kuyon

之前我用的是Amber 10，操作系统是Redhat 4.8，但后来因服务器装不上低版本的Rhat只能改装6.2版本的，但在6.2版本上装Amber 10会报语法错误，是gcc版本的问题。后来就用了Amber 12，直接用自带的gcc，gfortran安装老是报错（关于mkl的），最后用intel 的编译器安装成功了。不过目前test还有如上问题！在此记录下个人经历，希望对遇到相同问题的朋友有所帮助！

1460062688

我觉得centos 和ubuntu装起来会更顺手些，建议楼主换个系统