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[AMBER] 关于AMBER动力学蛋白质准备过程中Histidine 的质子化预测及...

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发表于 2013-1-2 19:59:31 | 显示全部楼层 |阅读模式

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AMBER中Histidine 残基不以HIS来表示,而要根据其质子化状态来手动修改HIS为HIE,HID,HIP
所谓的质子化状态,其实是HIS上N上的H的位置不同
HID: Histidine with hydrogen on the delta nitrogen
HID.GIF
HIE: Histidine with hydrogen on the epsilon nitrogen
HIE.GIF
HIP: Histidine with hydrogens on both nitrogens; this is positively charged.
HIP.GIF
在PDB数据库中的pdb文件默认的均为his标记,因此需要通过H++网站计算可能的质子化状态
http://biophysics.cs.vt.edu/index.php
未命名.jpg
根据需要设置PH等,然后提交即可。支持pdb格式
得到的结果里面还是his标记的,需要用软件打开查看每一个his的N上的H在什么位置,然后对照前面三个图,在文本编辑器中修改pdb文件的残基名字标记


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参与人数 1金币 +10 收起 理由
大工-阿里巴巴 + 10 谢谢墨兄分享经验~HIS的质子化状态确定确实.

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 楼主| 发表于 2014-9-26 09:13:13 | 显示全部楼层
xpyp 发表于 2014-9-26 02:50
tleap可以读入 .pqr文件吗?

不知道,没有用过。你查下amber说明书,里面应该有支持的格式
发表于 2021-6-4 09:58:37 | 显示全部楼层
HIP中他们的双键是哪种双键呢,如何用软件修改成HIP,并且优化后不变成HIE
发表于 2014-9-26 02:50:00 | 显示全部楼层
tleap可以读入 .pqr文件吗?
发表于 2013-1-2 21:30:26 | 显示全部楼层
Another easy way:
pdb2pqr --ff=amber --ffout=amber  --with-ph=7.4 your_protein.pdb your_protein.pqr

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参与人数 1金币 +5 收起 理由
大工-阿里巴巴 + 5 pdb2pqr确实也是个好用的工具啊~哈哈~谢谢.

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发表于 2013-1-4 11:19:19 | 显示全部楼层
请问HIE和HID会对结果产生什么不同的影响呢?
发表于 2013-1-4 11:23:50 | 显示全部楼层
发表于 2013-1-4 12:34:28 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2013-1-4 11:23
如果你的活性位点有HIS,就得考虑是否会影响形成氢键啊~哈哈

可是HIE和HID两种形式都是只有一个H,只是所在的N原子位置不一样
 楼主| 发表于 2013-1-5 09:33:22 | 显示全部楼层
雨枫 发表于 2013-1-4 12:34
可是HIE和HID两种形式都是只有一个H,只是所在的N原子位置不一样

三种情况下,H原子位置不同,那么与小分子成氢键的能量和角度也会不同的
发表于 2013-1-5 12:49:07 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2013-1-5 09:33
三种情况下,H原子位置不同,那么与小分子成氢键的能量和角度也会不同的 ...

哦,知道了。谢谢哦
 楼主| 发表于 2013-1-14 12:29:24 | 显示全部楼层
qian430 发表于 2013-1-14 10:35
在分子动力学过程中我们一般都是保持体系中性的环境,在这种情况下如果从数据库中下载下来的蛋白中有HIS残 ...

动力学要求体系中性的意思是:电荷为0,而不是ph为中性。是否处理的话根据你的需要吧,看蛋白的试验PH范围
发表于 2013-3-7 09:19:15 | 显示全部楼层
弱弱的问一下,如果让amber自动加氢是不是都加成HIE了?
 楼主| 发表于 2013-3-8 09:45:31 | 显示全部楼层
小草 发表于 2013-3-7 09:19
弱弱的问一下,如果让amber自动加氢是不是都加成HIE了?

是的,自动加H都加成一样的
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