关于AMBER动力学蛋白质准备过程中Histidine 的质子化预测及...

墨竹晓风 · 发表于 2013-1-2 19:59:31

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AMBER中Histidine 残基不以HIS来表示，而要根据其质子化状态来手动修改HIS为HIE,HID,HIP
所谓的质子化状态，其实是HIS上N上的H的位置不同
HID: Histidine with hydrogen on the delta nitrogen

HIE: Histidine with hydrogen on the epsilon nitrogen

HIP: Histidine with hydrogens on both nitrogens; this is positively charged.

在PDB数据库中的pdb文件默认的均为his标记，因此需要通过H++网站计算可能的质子化状态
http://biophysics.cs.vt.edu/index.php
未命名.jpg

根据需要设置PH等，然后提交即可。支持pdb格式
得到的结果里面还是his标记的，需要用软件打开查看每一个his的N上的H在什么位置，然后对照前面三个图，在文本编辑器中修改pdb文件的残基名字标记

墨竹晓风 · 发表于 2014-9-26 09:13:13

xpyp 发表于 2014-9-26 02:50
tleap可以读入 .pqr文件吗？

不知道，没有用过。你查下amber说明书，里面应该有支持的格式

Kamala · 发表于 2021-6-4 09:58:37

HIP中他们的双键是哪种双键呢，如何用软件修改成HIP，并且优化后不变成HIE

xpyp · 发表于 2014-9-26 02:50:00

tleap可以读入 .pqr文件吗？

eming · 发表于 2013-1-2 21:30:26

Another easy way:
pdb2pqr --ff=amber --ffout=amber --with-ph=7.4 your_protein.pdb your_protein.pqr

雨枫 · 发表于 2013-1-4 11:19:19

请问HIE和HID会对结果产生什么不同的影响呢？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-1-4 11:23:50

雨枫发表于 2013-1-4 11:19

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请问HIE和HID会对结果产生什么不同的影响呢？

如果你的活性位点有HIS,就得考虑是否会影响形成氢键啊~哈哈

雨枫 · 发表于 2013-1-4 12:34:28

大工-阿里巴巴发表于 2013-1-4 11:23

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如果你的活性位点有HIS,就得考虑是否会影响形成氢键啊~哈哈

可是HIE和HID两种形式都是只有一个H，只是所在的N原子位置不一样

墨竹晓风 · 发表于 2013-1-5 09:33:22

雨枫发表于 2013-1-4 12:34

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可是HIE和HID两种形式都是只有一个H，只是所在的N原子位置不一样

三种情况下，H原子位置不同，那么与小分子成氢键的能量和角度也会不同的

雨枫 · 发表于 2013-1-5 12:49:07

墨竹晓风发表于 2013-1-5 09:33

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三种情况下，H原子位置不同，那么与小分子成氢键的能量和角度也会不同的 ...

哦，知道了。谢谢哦

墨竹晓风 · 发表于 2013-1-14 12:29:24

qian430 发表于 2013-1-14 10:35

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在分子动力学过程中我们一般都是保持体系中性的环境，在这种情况下如果从数据库中下载下来的蛋白中有HIS残 ...

动力学要求体系中性的意思是：电荷为0，而不是ph为中性。是否处理的话根据你的需要吧，看蛋白的试验PH范围

小草 · 发表于 2013-3-7 09:19:15

弱弱的问一下，如果让amber自动加氢是不是都加成HIE了？

墨竹晓风 · 发表于 2013-3-8 09:45:31

小草发表于 2013-3-7 09:19

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弱弱的问一下，如果让amber自动加氢是不是都加成HIE了？

是的，自动加H都加成一样的

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