蛋白质二级结构预测（或检测）（热烈邀请大家补充）

西大-song · 发表于 2013-5-5 16:08:51

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本帖最后由西大-song 于 2013-5-5 18:05 编辑

二级结构的预测也是蛋白质结构分析重要的一步，小新上午在群里问道这个事情了，所以就想整理总结一下目前自己手头的一些二级结构预测的服务器跟大家分享，也希望大家能分享下自己常用的二级结构预测的服务器，大家能够有更多的选择。我就先献丑了。{:soso__3419049825043533360_4:}每个服务器的预测图附在最后。

GOR/SOPMA

http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_gor4.html

特点：简单快速，秒出

CFSSP

http://www.biogem.org/tool/chou-fasman/
特点：简单快速，秒出

Proter

http://distill.ucd.ie/porter/
特点：运算时间5min左右，结果发到邮箱，结果很简单

Jpred

http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/
特点：服务器会和几百条的序列进行比对，然后得出结果，运算时间较长10min左右。结果比较详细，我只截了二级结构的图，结果中有三种方法（HMM，PSSM和NET）得出的不同结果。

Swissmodel的tool中也有二级结构预测。
http://swissmodel.expasy.org/workspace/index.php?func=tools_sequencescan1&userid

2Struc

http://2struc.cryst.bbk.ac.uk/twostruc
提交PDB文件，秒出结果，可同时比较多种检测方法。

PSIPRED

http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/
此服务器功能很多，二级结构预测只是一个小内容，结果较慢一般15-30min。

PDBsum
最后隆重推荐PDBsum，这个只能对PDB文件进行检测，不能提交氨基酸序列进行预测。这个服务器是兔哥和阿里推荐的，图很漂亮，个人非常喜欢。

http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum/Generate.html

提交PDB格式，检测结果除了有二级结构的图，还有拉式图等等。系统会往邮箱发一个链接，可以查看结果。速度看PDB文件大小从10min-30min不等。二级结构图可以右键以gif格式保存，漂亮美观。二级结构可以以Topology和平面图两种形式来表示。

我手里目前就知道这么多了，欢迎大家来补充更多的。