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[原创] autodock-Win版2014年最新中文版教程

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发表于 2014-1-3 10:40:57 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 未央尊 于 2014-1-9 11:11 编辑

因我是在原来版本的基础上添加了一些细节包括gpf,dpf文件处理等,建议大家两个版本的教程参考着看 ,原版的个人觉得还是很好的,原版本大家可以在论坛下载,因上传文件大小限制,就不上传原版本了,作为新人编的教程,望各位前辈多多指教,提前谢谢了{:soso_e113:}

此版本Autodock教程采用最新的Autodock软件包:
MGLTools1.5.6
Autodock 4.2
不需要安装cywin,直接安装MGLTools1.5.6。
安装MGLTools1.5.6之前需要安装Python2.5及以上版本。

Autodock分子对接2014中文版.pdf

1.41 MB, 下载次数: 3672

售价: 2 金币  [记录]

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参与人数 4金币 +36 收起 理由
易水寒 + 5 赞一个!
zdoubles + 2 很给力!
川大-灰太狼 + 20 很给力!Autodock的操作好贴!
墨竹晓风 + 9 赞一个!支持教程的更新和细化工作.

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本帖被以下淘专辑推荐:

发表于 2015-3-26 21:35:34 | 显示全部楼层
Python 2.5.2 (r252:60911, Feb 21 2008, 13:11:45) [MSC v.1310 32 bit (Intel)] on win32
Type "copyright", "credits" or "license()" for more information.

    ****************************************************************
    Personal firewall software may warn about the connection IDLE
    makes to its subprocess using this computer's internal loopback
    interface.  This connection is not visible on any external
    interface and no data is sent to or received from the Internet.
    ****************************************************************
   
IDLE 1.2.2      ==== No Subprocess ====
>>> Unable to assign HAD type to atom Mg
Unable to assign valence to atom FASLG:B: MG301:MG type = Mg
Unable to assign MAP type to atom Mg
Sorry, there are no Gasteiger parameters available for atom FASLG:B: MG301:MG
Unable to assign XYZ type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign XYZ type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign XYZ type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Exception in Tkinter callback
Traceback (most recent call last):
  File "F:\AutoDock Vina\mgltools\lib\lib-tk\Tkinter.py", line 1403, in __call__
    return self.func(*args)
  File "F:\AutoDock Vina\mgltools\lib\site-packages\Pmv\guiTools.py", line 350, in do_1
    self.kill(e.widget.get(e.widget.nearest(e.y)))
  File "F:\AutoDock Vina\mgltools\lib\site-packages\AutoDockTools\autostartCommands.py", line 144, in kill
    if self.manager.processCts[prog]>0:
KeyError: 'AutoDock'
这个是怎么回事呢  多谢
发表于 2015-4-2 10:32:33 | 显示全部楼层
新手求指教
IDLE 1.2.2      ==== No Subprocess ====
>>> ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "E:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "E:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autostartCommands.py", line 968, in doit
    self.vf.ADstart_manage.addProcess(ps)
  File "E:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autostartCommands.py", line 269, in addProcess
    if not self.kill.master.winfo_ismapped() and not self.kill.done:
  File "E:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\lib-tk\Tkinter.py", line 749, in winfo_ismapped
    self.tk.call('winfo', 'ismapped', self._w))
TclError: bad window path name ".190256192"
这是怎么回事呢?我用linux系统能做出来,win系统就出现这种结果,即使autodock4能运行,但分析的时候也会出现一大片错误
发表于 2015-9-18 17:15:57 | 显示全部楼层
新手一枚。请问在ADT中run autogrid时log filename 那一栏总是空着的,然后gpf文件那一栏是run autogrid后默认有的,但是browse之后还是找不到,明明上一步保存了gpf文件的,从文件夹里可以看到保存的这个文件就是不显示文件扩展名,想请教下到底是哪里出了问题o(╯□╰)o
ps:win7,软件按照帖子上的教程安装的
发表于 2014-1-3 10:53:45 | 显示全部楼层
支持下,能说明下改进或者更新的细节处就更好了。有利于其他人参考{:soso_e100:}
发表于 2014-1-3 11:33:58 | 显示全部楼层
强力支持!哈哈
发表于 2014-1-3 11:35:11 | 显示全部楼层
顶~~~~~~~~~~
发表于 2014-1-3 11:36:06 | 显示全部楼层
支持后续linux下的教程,如果有自己使用autodock做虚拟筛选的经验就更好了
发表于 2014-1-3 11:37:46 | 显示全部楼层
好东西,支持!~~~~~~~~~
 楼主| 发表于 2014-1-3 11:41:07 | 显示全部楼层

添加的细节在于,安装时关于盘的处理,还有运算autogrid   autodock  ,以及关于dpf和gpf的处理,还有在怎么设置不可扭转键的具体操作
发表于 2014-1-3 11:43:21 | 显示全部楼层
大爱。。。。我发誓我一定要把AUTODOCK学好,不然对不起论坛里和群里这个好朋友们的帮助。。。。
发表于 2014-1-3 12:40:32 | 显示全部楼层
能问一下autodock怎么在win7下安装吗??
发表于 2014-1-3 12:46:34 | 显示全部楼层
看帖前要先顶!{:soso_e179:}
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