PDB文件格式说明

墨竹晓风

该文为转载，原文链接见：http://jerkwin.github.io/2015/06 ... %E8%AF%B4%E6%98%8E/

PDB(Protein Data Bank)文件用于描述蛋白质晶体结构数据, 有不同的版本, 全部详细说明请见http://www.wwpdb.org/documentation/file-format.对于分子模拟而言, 最需要关心的是记录着原子坐标的信息, 其详细说明见http://www.wwpdb.org/documentation/file-format-content/format33/sect9.html.
PDB文件里面的信息是有严格的格式的. 各行数据, 如标识, 原子名, 原子序号, 残基名称, 残基序号等, 不仅要按照严格的顺序书写, 而且各项所占的空符串长度, 及其所处的各行的位置都是严格规定的.
PDB文件中的必要记录一. 标题部分

• HEADER: 分子类, 公布日期, ID号
• OBSLTE: 注明此ID号已改为新号
• TITLE: 说明实验方法类型
• CAVEAT: 可能的错误提示
• COMPND: 化合物分子组成
• SOURCE: 化合物来源
• KEYWDS: 关键词
• EXPDTA: 测定结构所用的实验方法
• AUTHOR: 结构测定者
• REVDAT: 修订日期及相关内容
• SPRSDE: 已撤销或更改的相关记录
• JRNL: 发表坐标集的文献
• REMARKREMARK 1: 有关文献
  REMARK 2: 最大分辨率
  REMARK 3: 用到的程序和统计方法. 该记录用来记述结构优化的方法和相关统计数据.
  REMARK 4-999: 其他信息
  

二. 一级结构

• DBREF: 其他序列库的有关记录
• SEQADV: PDB与其他记录的出入
• SEQRES: 残基序列
• MODRES: 对标准残基的修饰
  

三. 杂因子

• HET: 非标准残基
• HETNAM: 非标准残基的名称
• HETSNY: 非标准残基的同义字
• FORMOL: 非标准残基的化学式
  

四. 二级结构

• HELIX: 螺旋
• SHEET: 折叠片
• TURN: 转角
  

五. 连接注释

• SSBOND: 二硫键
• LINK: 残基间化学键
• HYDBND: 氢键
• SLTBRG: 盐桥
• CISPEP: 顺式残基
  

六. 晶胞特征及坐标变换

• CRYST1: 晶胞参数(NMR除外).
  该记录用来记述晶胞结构参数(a, b, c, α, β, γ, 空间群)以及Z值(单位结构中的聚和链数).
• ORIGXn: 直角-PDB坐标
• SCALEn: 直角-分数结晶学坐标(n=1, 2, 3, NMR除外).
  该记录介绍数据中直角坐标向部分晶体学坐标的转换.
• MTRIXn: 非晶相对称
• TVECT: 转换因子
  

七. 坐标部分

• MODEL: 多亚基时示亚基号
  当一个PDB文件中包含多个结构时(例:NMR结构解析), 该记录出现在各个模型的第一行. MODEL记录行的第11-14列上记入模型序号. 序号从1开始顺序记入, 在11-14列中从右起写. 比如说有30个模型, 则第1至9号模型, 该行的7-13列空白, 在14列上记入1-9的数字; 第10-30号模型, 该行的7-12列空白, 13-14列上记入10-30的数字.
• ATOM: 标准基团的原子坐标
  该记录记述了标准氨基酸以及核酸的原子名, 残基名, 直角坐标, 占有率, 温度因子等信息.
• SIGATM: 标准差
• ANISOU: 温度因子
• SIGUIJ: 各种温度因素导致的标准差
• TER: 链末端
  该记录表示链的末端. 在每个聚合链的末端都必须有TER记录, 但是由于无序序列而造成的链的中断处不需要该记录.
• HETATM: 非标准基团原子坐标
  该记录记述了标准氨基酸以及核酸以外的化合物的原子名, 残基名, 直角坐标, 占有率, 温度因子等信息.
• ENDMDL: 亚基结束
  与MODEL记录成对出现, 记述在各模型的链末端的TER记录之后.
  

八. 连通性部分

• CONECT: 原子间的连通性有关记录
  

九. 簿记

• MASTER: 版权拥有者
• END: 文件结束
  该记录标志PDB文件的结束, 是必需的记录.
  

更多内容见原文。

墨竹晓风

另有超全版本，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/MMDB/docs/mmdb_help.html