LeDock虚拟高通量筛选使用方法

fireflying

最近有朋友问，LeDock是否支持高通量筛选。答案是肯定的，不过图形界面不支持这项功能，Linux或者Mac OSX系统下的命令行版本是可以的，而且操作起来极其简便。

在命令行版本下，把所有需要进行对接的小分子放到一个列表里面，譬如 （ls *.mol2 > ligands)，然后在对接的参数文件里面把ligands信息加进去就可以了。具体操作请参照http://lephar.com上的User guide。具有一定命令行使用经验的朋友，会发现这是十分简单的操作。

LeDock图形界面主要是方便初学者以及药物设计经验十分丰富的人员使用。LeDock图形界面方便初学者入门，经常做计算的还是要学会使用命令行操作软件。对于经验丰富的药物设计人员而言，做不做分子对接其实无所谓，基本大家看看小分子的2D结构也就知道怎么回事了。

川大-小王

川大-小王 发表于 2015-1-17 12:22
Ledock 对接初试，效果满意，先有两个问题 请教：（Linux下使用）
1  如何将分子进行分割成单一文件，貌似  ...

已可以解决第一个问题
lefrag -spli yourMol2.file

川大-小王

Ledock 对接初试，效果满意，先有两个问题 请教：（Linux下使用）
1  如何将分子进行分割成单一文件，貌似 不能讲所有分子放在一个文件里~
2  结果为 .dok 格式是否有脚本可以 转换为.sdf格式， 包含分子名， 聚类数， 打分，分子坐标
3 是否可以实现并行对接 （这个问题倒不重要， 可以同时多开几个窗口就可以了）
4 计算结果完成之后，为否终端木有提示， 我是top之后才知道计算完成了

懂脚本语言的 应该很容易解决， 可我一开始就木学习过，暂时也没时间学习，
望楼主可以指点~~~

药化神龙

请问赵老师：在win系统下能否用命令操作，非常感谢

fireflying

药化神龙 发表于 2015-4-18 22:53
请问赵老师：在win系统下能否用命令操作，非常感谢

很抱歉，暂且不支持。Win版本主要是针对没有计算基础的药化人员设计的，不建议用win版本进行大量的对接。

药化神龙

fireflying 发表于 2015-4-19 05:34
很抱歉，暂且不支持。Win版本主要是针对没有计算基础的药化人员设计的，不建议用win版本进行大量的对接。 ...

非常感谢老师，那我试试linux版本的

wuxunxun1990

版主，我想安装这个软件，进行对接，筛选化合物的受体，然后进行实验验证，但是目前对这个软件一头雾水，老师能否给一些帮助，谢谢

fireflying

wuxunxun1990 发表于 2015-4-24 19:56
版主，我想安装这个软件，进行对接，筛选化合物的受体，然后进行实验验证，但是目前对这个软件一头雾水，老 ...

软件下载地址http://lephar.com，下载页面。最好把tutorial也下载下来，自己动手测试一下。tutorial是基于图形界面的。

根据你的描述，你大概是要做inverse docking，就是根据已知化合物去找蛋白靶点。docking是可行的方法之一。

LeDock使用极其简单，保证两件事情（也是任何其它对接软件必须的）就可以了：
1. 化合物的文件格式为Mol2，Mol2文件不光是指文件格式，更重要的是里面的原子类型以及化学键的信息要有。Chem3D生成的Mol2格式是可以的，最好先经过一下MM2最小化。

2. 结合口袋的设置。具体可以参照一下本版的Pymol教程。结合口袋也就是你期望化合物与蛋白结合的位置，这个位置不要太小，但也不要太大。这个是所有对接软件能否成功的关键。

其它就没了。很简单的。你可以加入我们的QQ群：325901617