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[Ubuntu] Ubuntu下安装Gaussian 03

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发表于 2013-3-20 23:54:51 | 显示全部楼层 |阅读模式

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1.首先在超级用户中进行操作。即安装Ubuntu时所使用的用户。

准备好Gaussian 03的压缩包并解压,将其中的两个*.so的库文件(只记得其中一个是util.so,另一个忘了,貌似是叫lib***.so的)复制到/usr/lib和/usr/local/lib目录下面。注意要将其权限改为777,以使所有用户可用。不进行这一步操作的话,运行g03时也会有错误信息提示,到时自然知道将哪个库文件添加到系统中。

再将g03文件夹整个移至 /opt 目录下。

这一步的目的是使gaussian能够被其他用户调用,用处在后面会显现。

[code=Bash width=600px]tar zxvf gaussian03-Linux.tar.gz

cd g03

sudo cp util.so /usr/lib/util.so

sudo cp util.so /usr/local/lib/util.so

sudo cp libXXXX.so /usr/lib/libXXXX.so

sudo cp libXXXX.so /usr/local/lib/libXXX.so

cd ..

sudo mv g03 /opt/g03

cd /usr/lib

sudo chmod 777 util.so

sudo chmod 777 libXXXX.so

cd /usr/local/lib

sudo chmod 777 util.so

sudo chmod 777 libXXXX.so[/code]


2. 新建一个用户组,你可以命名为comp或其他名字,再新建一个用户名comp(或其他名字)。 这个用户组用以专门调用高斯软件。以后可以将需要与高斯联用的软件都用这个用户调用。高斯比较小器啊,你要是所有的用户都能用这个软件的话,他就不干了,会告诉你一个"world accessible"的错误。

以上过程可以在系统图形界面下在系统设置中操作。也可以使用命令,详细可以百度google,我没试过。。。


3. 将g03及其目录下所有文件及子目录的所有者更改为comp用户组中的comp:

[code=Bash width=600px]cd /opt

sudo chown -R comp:comp g03   #注:这个命令中,冒号之前是用户组,冒号之后是用户名。不加R参数的话,只会对文件夹的所有者进行变更,而文件夹中的文件和子文件夹的所有者并不变。[/code]


4. 来解决一个“著名”的问题。

有时运行高斯会出现这样的错误信息:

Erroneous write during file extend. write -1 instead of 4096

Probably out of disk space.

Write error in NtrExt1: Bad address

Segmentation fault

为解决这个问题,作如下操作:

[code=Bash width=600px]sudo su #使用超级用户

gedit /etc/rc.local[/code]

在其中添加如下内容:

[code=Bash width=600px]echo 0 > /proc/sys/kernel/randomize_va_space[/code]

保存并退出后,运行

[code=Bash width=600px]sh /etc/rc.local

exit  #退出超级用户[/code]

这时用 more /proc/sys/kernel/randomize_va_space 命令可以看到输出内容为0,说明修改成功。


5. 切换到comp用户下,完成最后的一些设置。包括对软件的设置和环增变量的设置。

[code=Bash width=600px]cd /opt/g03

chmod u+x g03 *.exe #为g03和所有的*.exe文件设置可执行权限。

cd ~

gedit .bashrc[/code]

向文本的最后添加如下字段:

[code=Bash width=600px]# Gaussian 03

export g03root=/opt

export GAUSS_EXEDIR=$g03root/

export GAUSS_SCRDIR=/media/7E4E4DCB4E4D7CC1/LinuxTemp

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATHg03root

export PATH=$PATHg03root

source $g03root/g03/bsd/g03.profile[/code]

注:非注释的第三行为设置scratch的目录,一般是在g03目录下新建一个scratch目录。我因为留给ubuntu的空间极小,只剩2G,就将这个scatch目录换成了原来的windows目录下的一个LinuxTemp文件夹。

网络上搜索到的结果都是将g03root设置为/opt/g03,但是我的情况下设置为/opt才行。各位视自己的系统的情况而定,可以根据调用g03时出现的目录错误提示修改这里的内容。


6. 调试。进行g03/tests/com目录下,有许多.com文件,都是gaussian的运行实例。

运行g03 test000.com test000.log,完成后查看test000.log文件查看输出,若一切正常,则说明gaussian可以正常使用,安装完成。


另外,我用ubuntu 11.04 和12.04分别测试了一下,发现11.04相对而言稳定一些

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发表于 2013-3-21 08:33:41 | 显示全部楼层
看着有点复杂,对于安装出问题的同志可以参考下这个安装方法,应该是比较好。谢谢
另外,对于很多软件在ubuntu11.04相对而言稳定一些,建议11.04
发表于 2013-11-27 22:01:14 | 显示全部楼层
很详细。谢谢分享
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