Gromacs 4.6.2在ubuntu 12.04下的安装

大工-阿里巴巴

Gromacs的安装貌似是越来越简单了~哈哈
4.6.2是目前最新的版本，官方的数据称该版本的运算速度能比之前的4.5.5还要快30%-50%，因此，今天尝试了下在ubuntu12.04下的安装
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1.直接安装cmake（单机并行必需）：
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sudo apt-get install cmake
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2.下载gromacs-4.6.2.tar.gz（官网，不知道在哪的童鞋请google...）
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3.解压gromacs-4.6.2
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tar xfz gromacs-4.6.2.tar.gz
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打开文件夹

cd gromacs-4.6.2
新建一个叫build的子文件夹
mkdir build
打开这个子文件夹
cd build
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cmake编译
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cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON
make
sudo make install
自此安装结束，设置环境变量即可

ydianlove

大工-阿里巴巴 发表于 2014-9-23 09:31
文献里有什么力场的都有诶，我一般用charmm27做酶和底物的，限于计算资源，并没有比较过不同力场计算得到 ...

跪求阿里兄指点啊...
阿里兄，我也是大工的学生。现在研一，刚入手md simulation，遇到了一些问题，想向你请教一下。我现在是先用gromacs跑了轨迹，然后用g_mmpbsa计算结合自由能。但是，在计算energy_MM项时算得的结果在零附近，和别的文献对比明显不对；在计算极性溶剂化能时算到中途会停止在“parsing input file pvCFfuaA.in... NOsh: Deprecated use of ION keyword! Use key-value pairs”而且我以前计算过一次的时候就没有出现这个。
阿里兄，如果方便的话请不吝赐教哈！

大工-阿里巴巴

ydianlove 发表于 2014-9-22 10:04
阿里兄，请问下小分子药物与靶标蛋白对接后用gromacs进行MD模拟，一般用什么力场呀？ ...

文献里有什么力场的都有诶，我一般用charmm27做酶和底物的，限于计算资源，并没有比较过不同力场计算得到的结果的差异性

sxlwl

我在centos下安装运行到cmake ..-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON,以及随后的make，然后它要联网下载fftw，因为没有联网，所以就不成功，为什么呢亲？而且我是已经安装了fftw-3.3.4的

xufund

楼主真不错啊。谢谢分享

wangyuan1943

照着此步骤安装，没有任何问题，一步到位。感谢阿里兄。{:soso_e165:}{:soso_e165:}{:soso_e165:}

南华-ET

阿里兄我在安装时出现这样的错误
1.  CMake Error: The current CMakeCache.txt directory /home/clx504/下载/linux       download/gromacs-4.6.3/build/CMakeCache.txt is different than the directory /home/caojiangang/下载/gromacs-4.6.3/build where CMackeCache.txt was created. This may result in binaries being created in the wrong place. If you are not sure, reedit the CMakeCache.txt

2. CMake Error: The source "/home/clx504/下载/linux download/gromacs-4.6.3/CMakeLists.txt" does not match the source "/home/caojiangang/下载/gromacs-4.6.3/CMakeLists.txt" used to generate cache.  Re-run cmake with a different source directory
是cmake的路径的问题吗？

大工-阿里巴巴

南华-ET 发表于 2013-7-27 16:25

                               
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阿里兄我在安装时出现这样的错误
1.  CMake Error: The current CMakeCache.txt directory /home/clx504/下 ...

是不是之前有人安装过cmake在你的这个电脑里？然后就不知道哪个cmake的途径是对的了~你看看能不能把之前安过的cmake给删除掉？

临江仙

阿里师兄出帖，必是精华！顶起~~~
经过血与泪的教训，附一个建议：cmake版本不宜太低，不然无法顺利安装

临江仙

谢阿里师兄隆恩，哈哈

bunny爸爸

楼主，你好。我在安装gmx4.6.2的时候编译到cmake ..-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON时显示“contained unsupported character "="”.这个怎么破呢？

Ares

更简单的安装方法 直接在终端 sudo apt-get install gromacs  就好了现在是4.5.6版  嗯新手想问下这样安装好后和官网介绍的安装后会有什么不一样啊

大工-阿里巴巴

Ares 发表于 2014-6-30 10:27

                               
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更简单的安装方法 直接在终端 sudo apt-get install gromacs  就好了现在是4.5.6版  嗯新手想问下这样安装 ...

那应该是串行的，不是并行的啊~得装cmake才能单机并行啊