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[原创] autodock虚拟筛选的简单脚本

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发表于 2013-12-20 14:09:43 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 John_Looking 于 2013-12-24 11:42 编辑

下面是我自己做的一个简单实现虚拟筛选的脚本,其中1.gpf是自己做的一个模板文件,就是正常做AD的那个gpf。剩下的python脚本都是调用ADT中的脚本,自己可以找找看。
[code=Bash width=600px]#! /bin/bash

for f in *.pdb;do
./prepare_ligand4.py -l $f -o $f.pdbqt
./prepare_gpf4.py -l $f.pdbqt -r receptor.pdbqt -o $f.gpf -i 1.gpf
autogrid4 -p $f.gpf -l $f.glg
./prepare_dpf4.py -l $f.pdbqt -r receptor.pdbqt -o $f.dpf
autodock4 -p  $f.dpf -l  $f.dlg
rm -rf *.map
rm -rf *.fld
rm -rf *.xyz
done[/code]

下面的是vina'官方给的需筛脚本,我觉得可以结合一下,应该可以实现并行运算,不知到行不行,没有试过,可以自己调试一下。echo就是把一行命令输入到一个job文件里面。
[code=Bash width=600px]#! /bin/bash

for f in ligand_*.pdbqt; do
    b=`basename $f .pdbqt`
    echo Processing ligand $b
    j=${b}.job
    d=`pwd`
    mkdir -p $b
    echo "#! /bin/bash" > $j
    echo "cd $d" > $j
    echo "vina --config conf.txt --cpu 1 --ligand $f --out ${b}/out.pdbqt --log ${b}/log.txt > ${b}/stdout 2> ${b}/stderr" >> $j
    chmod +x $j
    qsub -l cput=00:30:00 -l nodes=1:ppn=1 -l walltime=00:30:00 -l mem=512mb $j
done[/code]





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发表于 2013-12-21 11:02:37 | 显示全部楼层
点赞 现在觉得vina还挺好用的~
发表于 2013-12-23 09:32:26 | 显示全部楼层
能详细讲一下autodock虚拟筛选的用法吗
 楼主| 发表于 2013-12-24 12:01:23 | 显示全部楼层
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