Pymol 使用小技巧6-芳环质心距离的画法

川大-灰太狼 · 发表于 2013-9-5 23:35:43

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Pymol 使用小技巧6-芳环质心距离的画法

主要使用pseudoatom命令，产生一个假设的原子。
以下是一个具体的例子。

第一步，pymol中导入蛋白1hpv。
命令行输入：fetch 1hpv

第二步，添加假设的原子。
命令行输入：pseudoatom tmp, b/53/cg+cz

ps: tmp为新的图层上的object（物体），b表示ChainB，53表示53号氨基酸，cg+cz表示phe53上的两种原子cg和cz。如下图

输入以上命令后，效果如下。出现一个白色的假设原子，这个原子在cg和cz原子连线的中间。

第三步，把这个原子和你想要的原子连线。这个很简单就不多说了！
你可以做出以下的图。

川大-灰太狼 · 发表于 2015-1-16 23:44:05

tianpingpei 发表于 2015-1-16 01:30
我想知道为啥我按照楼主那样操作，结果显示的是
pseudoatom tmp, 183y-sb-f/53/cg+cz
...

你的命令就写得有错误，但这个不是你的关键问题，和你交流后估计是你的pymol的问题。

如果链未知，也不是标准的pdb格式，链可以省略。

pseudoatom tmp, 53/cg+cz

C15056981927 · 发表于 2015-3-18 22:50:57

川大-灰太狼发表于 2013-11-2 13:40
cg+cz表示phe53上的两种原子cg和cz，看上面的图。产生虚拟原子是在cg+cz两个原子连线的1/2处。如果是五元 ...

"cg" 和“cz”是通用？还是特指，就是换别的环时，比如说吡啶环，那怎么表示；就像qian430提的问题，那怎么手动调整到五元环中心呢？新手，望理解。谢谢！

Hebe · 发表于 2017-2-24 15:41:55

川大-灰太狼发表于 2013-11-3 19:59
呵呵不蠢，只是一时没有想到，其实就是个示意图，表示一下。

其实如果是三元环或者五元环，可以直接把三个原子或5个原子都加起来就可以直接得到质心了，不用手动调。如五元环HIS命令：pseudoatom tmp, a/158/NE2+CE1+ND1+CG+CD2

benchenjz · 发表于 2013-9-6 08:42:28

very good, thank you for your sharing

阿白(redstone) · 发表于 2013-9-9 20:16:52

不错有用

川大-灰太狼 · 发表于 2013-11-2 13:40:02

qian430 发表于 2013-11-1 10:54

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太狼哥，我遇到一个问题，所以过来追加提问嘿嘿。你举的芳环的例子是苯环的，因为是对称的所以可以用cg+cz ...

cg+cz表示phe53上的两种原子cg和cz，看上面的图。产生虚拟原子是在cg+cz两个原子连线的1/2处。如果是五元环，这个估计需要你手动调整下虚拟原子的，使之在五元环的中心，就行。

川大-灰太狼 · 发表于 2013-11-3 19:59:24

qian430 发表于 2013-11-2 16:52

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哎呀，对哦，那个原子可以自由移动，犯蠢了，sorry

呵呵不蠢，只是一时没有想到，其实就是个示意图，表示一下。

lipton2001 · 发表于 2014-7-12 22:21:46

可以直接在viewer中直接点击想选择的原子，出现如下图：这样就知道要假设的原子是哪个了。

（如第二步，添加假设的原子。命令行输入：pseudoatom tmp, b/53/cg+cz，其中命令中的b/53/cg+cz就是这样知道的）

tianpingpei · 发表于 2015-1-16 01:30:22

我想知道为啥我按照楼主那样操作，结果显示的是
pseudoatom tmp, 183y-sb-f/53/cg+cz
^
SyntaxError: invalid syntax

tianpingpei · 发表于 2015-1-17 00:24:23

谢谢的热心和细心解答，我的pymol确实有问题，灰太狼帮我传的pymol成功解决问题。非常感谢。

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