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[Pymol] Pymol 使用小技巧6-芳环质心距离的画法

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发表于 2013-9-5 23:35:43 | 显示全部楼层 |阅读模式

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Pymol 使用小技巧6-芳环质心距离的画法

主要使用pseudoatom命令,产生一个假设的原子。
以下是一个具体的例子。

第一步,pymol中导入蛋白1hpv。
命令行输入:fetch 1hpv

第二步,添加假设的原子。
命令行输入:pseudoatom tmp, b/53/cg+cz

ps: tmp为新的图层上的object(物体),b表示ChainB,53表示53号氨基酸,cg+cz表示phe53上的两种原子cg和cz。如下图
cg-cz.png

输入以上命令后,效果如下。出现一个白色的假设原子,这个原子在cg和cz原子连线的中间。
tmp.png

第三步,把这个原子和你想要的原子连线。这个很简单就不多说了!
你可以做出以下的图。
met.jpg
pai.jpg



 楼主| 发表于 2015-1-16 23:44:05 | 显示全部楼层
tianpingpei 发表于 2015-1-16 01:30
我想知道为啥我按照楼主那样操作,结果显示的是   
pseudoatom tmp, 183y-sb-f/53/cg+cz
                 ...

你的命令就写得有错误,但这个不是你的关键问题,和你交流后估计是你的pymol的问题。

如果链未知,也不是标准的pdb格式,链可以省略。

pseudoatom tmp, 53/cg+cz
发表于 2015-3-18 22:50:57 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2013-11-2 13:40
cg+cz表示phe53上的两种原子cg和cz,看上面的图。产生虚拟原子是在cg+cz两个原子连线的1/2处。如果是五元 ...

"cg" 和“cz”是通用?还是特指,就是换别的环时,比如说吡啶环,那怎么表示;就像qian430提的问题,那怎么手动调整到五元环中心呢?新手,望理解。谢谢!
发表于 2017-2-24 15:41:55 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2013-11-3 19:59
呵呵 不蠢,只是一时没有想到,其实就是个示意图,表示一下。

其实如果是三元环或者五元环,可以直接把三个原子或5个原子都加起来就可以直接得到质心了,不用手动调。如五元环HIS命令:pseudoatom tmp, a/158/NE2+CE1+ND1+CG+CD2
发表于 2013-9-6 08:42:28 | 显示全部楼层
very good, thank you for your sharing
发表于 2013-9-6 18:58:46 | 显示全部楼层
{:soso_e202:}谢谢,谢谢。
发表于 2013-9-9 20:16:52 | 显示全部楼层
不错有用
发表于 2013-11-1 10:54:32 | 显示全部楼层
太狼哥,我遇到一个问题,所以过来追加提问嘿嘿。你举的芳环的例子是苯环的,因为是对称的所以可以用cg+cz这个产生假原子。但是如果我想做的不是对称的芳香环,比如是his的侧链环和苯环的芳香距离的话。还能测吗,his的假原子咋产生呢?
 楼主| 发表于 2013-11-2 13:40:02 | 显示全部楼层

cg+cz表示phe53上的两种原子cg和cz,看上面的图。产生虚拟原子是在cg+cz两个原子连线的1/2处。如果是五元环,这个估计需要你手动调整下虚拟原子的,使之在五元环的中心,就行。
发表于 2013-11-2 16:52:05 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2013-11-2 13:40
cg+cz表示phe53上的两种原子cg和cz,看上面的图。产生虚拟原子是在cg+cz两个原子连线的1/2处。如果是五元 ...

哎呀,对哦,那个原子可以自由移动,犯蠢了,sorry
 楼主| 发表于 2013-11-3 19:59:24 | 显示全部楼层
qian430 发表于 2013-11-2 16:52
哎呀,对哦,那个原子可以自由移动,犯蠢了,sorry

呵呵 不蠢,只是一时没有想到,其实就是个示意图,表示一下。
发表于 2014-7-12 22:21:46 | 显示全部楼层
可以直接在viewer中直接点击想选择的原子,出现如下图:这样就知道要假设的原子是哪个了。
(如第二步,添加假设的原子。命令行输入:pseudoatom tmp, b/53/cg+cz,其中命令中的b/53/cg+cz就是这样知道的)

无标题.png

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发表于 2015-1-16 01:30:22 | 显示全部楼层
我想知道为啥我按照楼主那样操作,结果显示的是   
pseudoatom tmp, 183y-sb-f/53/cg+cz
                  ^
SyntaxError: invalid syntax
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