利用pymol和gromacs的轨迹进行动态观察并制作动画的办法

大工-阿里巴巴

1. 载入轨迹对应的起始pdb文件，比如叫conf0.pdb  
load conf0.pdb, mov
2.载入轨迹本身，支持trr, xtc, trj
load_traj traj.trr, mov, start=1, stop=10001, interval=100 （数字可根据自己的情况调整）
这样就可以直接观察蛋白的动态变化啦
如果想保存成movie,直接save movie as XXX.mpg就好啦
简单的做了一个，传成附件了~
欢迎大家多讨论

winterhell

最近我的pymol用这种方式打不开了，纠结半天后发现必须定义一下文件格式才行，命令如下：
load xxx.top,mov,format=top      ###pymol要求载入轨迹前要先载入拓扑文件，除非后缀是top，后缀是prmtop的话除非定义一下格式，否则是不认的（不知是不是只有我有这个情况）
load_traj md.mdcrd,mov,format=trj     ###此处纠结半天，发现哪怕是trj后缀都得定义一下格式。
献丑了，希望能给遇到跟我同样问题的同学有帮助。

showerywong

请问为什么我输入命令PyMOL>load_traj md_0_1.xtc, mov ,start=0, stop=20000, interval=100  有这个错误呢，楼主，我想我是唯一一个没有测试成功的吧，ObjectMolecule: plugin 'xtc' cannot open file because the number of atoms in the object (3543) did not equal the number of atoms in the 'xtc' (65094) file.

大工-阿里巴巴

showerywong 发表于 2015-1-6 14:12
请问为什么我输入命令PyMOL>load_traj md_0_1.xtc, mov ,start=0, stop=20000, interval=100  有这个错误呢 ...

很明显的，你的pdb不含水分子，所以总的数目比XTC少了很多，正确的做法是不删除pdb中的水分子，这样的话原子数才是一样的

海洋

顶一下，豪哥的原创！！

海洋

顶一下，豪哥的原创！！

fenzimoni

pymol支持amber格式的轨迹文件吗？比如mdcrd或者crd？

大工-阿里巴巴

http://www.pymolwiki.org/index.php/Load_Traj
支持AMBER轨迹，注意事项请见此处说明

肉多求和谐

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jianchen7882

顶一下，现在也在尝试着做，呵呵

leos

阿里威武啊~~

冷风一夜

尝试了一下，的确可以，就是电脑太旧了，转换得很慢。

showerywong

楼主好，我想问一下~conf0.pdb是跑分子动力学时输入的那个pdb文件吗？还是动力学开始跑以后生成的第一个构象？