利用pymol和gromacs的轨迹进行动态观察并制作动画的办法

大工-阿里巴巴

showerywong 发表于 2015-1-5 21:23
楼主好，我想问一下~conf0.pdb是跑分子动力学时输入的那个pdb文件吗？还是动力学开始跑以后生成的第一个构 ...

动力学开始跑以后生成的第一个构象

showerywong

谢谢楼主

showerywong

请问为什么我输入命令PyMOL>load_traj md_0_1.xtc, mov ,start=0, stop=20000, interval=100  有这个错误呢，楼主，我想我是唯一一个没有测试成功的吧，ObjectMolecule: plugin 'xtc' cannot open file because the number of atoms in the object (3543) did not equal the number of atoms in the 'xtc' (65094) file.

大工-阿里巴巴

showerywong 发表于 2015-1-6 14:12
请问为什么我输入命令PyMOL>load_traj md_0_1.xtc, mov ,start=0, stop=20000, interval=100  有这个错误呢 ...

很明显的，你的pdb不含水分子，所以总的数目比XTC少了很多，正确的做法是不删除pdb中的水分子，这样的话原子数才是一样的

showerywong

谢谢楼主！

winterhell

最近我的pymol用这种方式打不开了，纠结半天后发现必须定义一下文件格式才行，命令如下：
load xxx.top,mov,format=top      ###pymol要求载入轨迹前要先载入拓扑文件，除非后缀是top，后缀是prmtop的话除非定义一下格式，否则是不认的（不知是不是只有我有这个情况）
load_traj md.mdcrd,mov,format=trj     ###此处纠结半天，发现哪怕是trj后缀都得定义一下格式。
献丑了，希望能给遇到跟我同样问题的同学有帮助。