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[Pymol] pymol使用小技巧8-选取配体周围氨基酸

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发表于 2013-10-23 11:19:19 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我们常常遇到想要选取配体周围几埃范围内的氨基酸,这样更有利于我们分析配体和周围氨基酸的作用。
首先我们可以通过命令
[code=Python width=600px]select ligand,resn x[/code]
PS: x为配体名字

[code=Python width=600px]color red, ligand[/code]
[code=Python width=600px]select 5A, byres ligand around 5[/code]
PS: 配体5埃范围内的残基
[code=Python width=600px]show sticks, 5A
color yellow, 5A[/code]

效果图1

 效果图1

效果图2

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发表于 2014-12-29 20:20:33 | 显示全部楼层
大兵先生 发表于 2014-12-29 14:53
能写的详细点,或者举个例子吗,上面写的不太懂

给你举我说的命令的例子吧,你去pdb下载蛋白质文件4DXD,用pymol打开。4DXD这个蛋白质有两个配体,一个叫9PC,一个时GDP。你在命令行里输入 create pocket, byres 4DXD within 5 of 9PC, 这个时候pymol能够帮你选择与9PC距离为5 A的所有残基并显示出来,名字叫pocket。
发表于 2013-10-26 09:38:07 | 显示全部楼层
{:soso_e179:}赞一个
发表于 2013-10-26 10:08:27 | 显示全部楼层
补充:对于选择几埃范围内的原子
还有另外一种
PyMOL> select 5A, s1 expand 5
但两者是有区别的
1.对于around用法:Selects atoms with centers within X Angstroms of the center of any atom in s1
2.对于expend用法:Expands s1 by all atoms within X Angstroms of the center of any atom in s1
发表于 2014-12-26 18:58:03 | 显示全部楼层
one command: create pocket, byres  *.pdb within 5 of Lig
发表于 2014-12-27 20:26:12 | 显示全部楼层
我是這麼幹的,sele pocket, r. ligand-name a. 5
发表于 2014-12-29 14:53:15 | 显示全部楼层
能写的详细点,或者举个例子吗,上面写的不太懂
发表于 2014-12-30 08:52:10 | 显示全部楼层
lrf1980 发表于 2014-12-29 20:20
给你举我说的命令的例子吧,你去pdb下载蛋白质文件4DXD,用pymol打开。4DXD这个蛋白质有两个配体,一个叫 ...

懂了,谢谢啊
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