pymol使用小技巧8-选取配体周围氨基酸

枫叶苏

我们常常遇到想要选取配体周围几埃范围内的氨基酸，这样更有利于我们分析配体和周围氨基酸的作用。
首先我们可以通过命令
[code=Python width=600px]select ligand，resn x[/code]
PS： x为配体名字

[code=Python width=600px]color red， ligand[/code]
[code=Python width=600px]select 5A， byres ligand around 5[/code]
PS： 配体5埃范围内的残基
[code=Python width=600px]show sticks, 5A
color yellow, 5A[/code]

lrf1980

大兵先生 发表于 2014-12-29 14:53
能写的详细点，或者举个例子吗，上面写的不太懂

给你举我说的命令的例子吧，你去pdb下载蛋白质文件4DXD，用pymol打开。4DXD这个蛋白质有两个配体，一个叫9PC，一个时GDP。你在命令行里输入 create pocket, byres 4DXD within 5 of 9PC， 这个时候pymol能够帮你选择与9PC距离为5 A的所有残基并显示出来，名字叫pocket。

tanxijuan

{:soso_e179:}赞一个

海洋

补充：对于选择几埃范围内的原子
还有另外一种
PyMOL> select 5A, s1 expand 5
但两者是有区别的
1.对于around用法：Selects atoms with centers within X Angstroms of the center of any atom in s1
2.对于expend用法：Expands s1 by all atoms within X Angstroms of the center of any atom in s1

lrf1980

one command: create pocket, byres  *.pdb within 5 of Lig

laoman

我是這麼幹的，sele pocket, r. ligand-name a. 5

大兵先生

能写的详细点，或者举个例子吗，上面写的不太懂

大兵先生

lrf1980 发表于 2014-12-29 20:20
给你举我说的命令的例子吧，你去pdb下载蛋白质文件4DXD，用pymol打开。4DXD这个蛋白质有两个配体，一个叫 ...

懂了，谢谢啊

gongyufeng

感谢分享！

ohyes

那如果本身不含配体只有两个相互作用的蛋白呢？