vina 虚拟筛选log文件的分析的脚本

数据挖掘

由于附件中不能上传pl文件，你把后缀的doc去掉。
脚本中已经包含了使用方法，vina筛选不明白的地方可以联系我。


[code=Perl width=600px]#!/usr/bin/perl -w
use strict;
print "author: chenzhaoqiang;qq 744891290\n\n";
# 0 1 2 3

if(@ARGV<4)
{
print "usage: perl anly_log.pl -dir e:/log/ -output e:/result.txt
in the dir of log to save xxx.log
function: to anlyse the vina result : extract the best vina docking score
the result format is:
ligandname score
to deal with the log may have three case ：
1 empty (in ./test/cmc_3d_9927.pdbqt.log)；
2 no docking score(cmc_3d_2277.pdbqt.log);
3 success docking(cmc_3d_1394.pdbqt.log)\n";

#print $ARGV[0]," -dir", $ARGV[1],"e:/log/";
}
opendir(DR,$ARGV[1])|| die "can find the dir of log";
my @files=readdir(DR);

if(@files<=2)
{
print "errir :this log dir is empty\n";
}

=pod
#to debug
print $#files,"\n";
print $files[0],$files[1],$files[2],"\n";
=cut
=pod
shift @files;
shift @files;

print $#files,"\n";
print $files[0];
=cut


###########################################
#put energy to hash table

my %hash;
shift @files;
shift @files;
foreach my $file(@files)
{
my $filepath=$ARGV[1].$file;
open FH,$filepath or die "in the log dir can't find the file $file";
my @text=<FH>;
close(FH);

if(@text>=28)
{
#print $text[14]," ",$text[27],"\n";
if($text[14]=~/will\s+be\s+(\S+)/)
{
my $ligandname=$1;
if($text[27]=~/^\s+\d+\s+(\S+)/)
{
$hash{$ligandname}=$1;
}


}
else
{
print "error: the log file is not standard!!!\n";
}

}
}


###################################################
#sort by the energy
if(@ARGV==4)
{


open FF,">$ARGV[3]";


foreach my $key(sort {$hash{$a}<=>$hash{$b}} keys %hash)
{
print FF "$key $hash{$key}\n";
}
print "congratulation!!! successs^^\n";
}
else
{
print "error ,in the command you should follow the format
usage: perl anly_log.pl -dir e:/log/ -output e:/result.txt\n";
} [/code]


      

phenylazide

大神，我用上面的脚本试了，一直出现 ”error: the log file is not standard!!! ”。不知道是哪里出问题了，请求帮忙分析下。

我用的是autodock_vina_1_1_2_win32.msi，所生成的log文件 中总共是34行，一般有9个pose。log文件示例如下：


“”“”
#################################################################
# If you used AutoDock Vina in your work, please cite:          #
#                                                               #
# O. Trott, A. J. Olson,                                        #
# AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking    #
# with a new scoring function, efficient optimization and       #
# multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010)  #
# 455-461                                                       #
#                                                               #
# DOI 10.1002/jcc.21334                                         #
#                                                               #
# Please see http://vina.scripps.edu for more information.      #
#################################################################

Reading input ... done.
Setting up the scoring function ... done.
Analyzing the binding site ... done.
Using random seed: 493456392
Performing search ... done.
Refining results ... done.

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -7.2      0.000      0.000
   2         -7.1      1.044      1.769
   3         -7.0      2.642      5.304
   4         -6.7      1.898      4.831
   5         -6.6      1.568      2.499
   6         -6.5      3.472      7.128
   7         -6.5      3.442      5.705
   8         -6.3      3.435      5.350
   9         -6.3      3.827      5.811
Writing output ... done.
“”“”“”

数据挖掘

xufund 发表于 2016-4-27 22:06
谢谢分享。请问如何判断对接结果好还是不好的标准是什么？也就是说结合能一般大于多少算好？除了看结合能外 ...

找个阳性化合物做个对照。一般-10；结合模式

xufund

数据挖掘 发表于 2016-5-30 12:58
找个阳性化合物做个对照。一般-10；结合模式

谢谢回答。能具体说一下您编写的脚本怎么使用吗？linux新手，啥也不懂

victory_liu

做个记号，学习一下

popelrain888

不错 学习一下 谢谢分享

jingyue

非常感谢，学习一下

xufund

谢谢分享。请问如何判断对接结果好还是不好的标准是什么？也就是说结合能一般大于多少算好？除了看结合能外，还要看哪些指标？阈值说多少

数据挖掘

xufund 发表于 2016-5-30 22:09
谢谢回答。能具体说一下您编写的脚本怎么使用吗？linux新手，啥也不懂

从log文件中提取打分的

phenylazide

linux 下面，用grep命令一下就出来了.