Pymol 使用小技巧1-提取蛋白的序列

川大-灰太狼

其实很简单：
1、win下打开Pymol，导入蛋白FGFR.pdb。
2、在输入行（上下都行）输入以下命令，

[code=Python width=600px]save fgfr.fasta
[/code]

如果只导出A链的序列，则输入下面命令，

[code=Python width=600px]save fgfr_A.fasta, chain A
[/code]
这样在你的pymol文件夹，或者打开的pdb文件夹里面就会自动生成一个.fasta的文件，它就是你想提取到的蛋白序列了。

川大-灰太狼

qian430 发表于 2013-8-29 08:54

                               
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太郎哥，咱是你粉丝啦

呵呵，谢谢支持！互粉哈，嘿嘿！

璐璐

太郎兄，我用linux下的pymol将pdb转换序列文件的时候，输入上面的命令，怎么不行啊

川大-灰太狼

璐璐 发表于 2013-9-12 14:22

                               
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太郎兄，我用linux下的pymol将pdb转换序列文件的时候，输入上面的命令，怎么不行啊 ...

怎么会有错呢：） 我刚在我的linux下面用了， 命令没有错哈！请检查你的pymol安装是否正确，我的pymol是1.6版的。

璐璐

川大-灰太狼 发表于 2013-9-12 14:53

                               
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怎么会有错呢：） 我刚在我的linux下面用了， 命令没有错哈！请检查你的pymol安装是否正确，我的pymol是1 ...

嗯，估计是版本的问题了

大工-阿里巴巴

璐璐 发表于 2013-9-12 14:58

                               
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嗯，估计是版本的问题了

win7系统，Pymol1.3木有问题，璐璐看看自己的系统和pymol版本，再试试