【阿里原创教程2-金属酶的对接实现】

Bohr · 发表于 2013-8-2 15:57:17

谢谢，学习了

hahajing · 发表于 2013-10-28 23:02:01

{:soso_e179:}好东西！

autoliu · 发表于 2014-10-28 22:30:04

pinkorris 发表于 2013-4-12 18:45
不错，但有两点疑问？
1.你的参数文件中的Mo的VDM半径以及volume是如何得到的？据我所知，mo没有试验测定的 ...

我也想知道，求解惑呀

wongyouki · 发表于 2015-3-2 20:10:09

亲爱的阿里学长，我是一名新手，结合着您的教程和.dat参数文件，做出了结果，我用的酶是您教程中举例用的1FIQ，配体是Febuxostat，我使用chimera去除了其他配体，用chemoffice画的febuxostat,mm2力场优化；得出的最小结合能为-21.21kcal/mol，但是Ki=285.84am(attomolar),但我在Binding Database中查到的它的ki单位是nm,这个am感觉太不真实了，我把受体的pdbqt中的电荷设置为FES中Fe2.00,S-2.00,MOS中Mo6.00,S-2.00,但我看这个.pdbqt中其他原子的电荷似乎都不是原电荷，不知道怎么办，可以帮帮我吗？

wongyouki · 发表于 2015-3-2 21:25:43

亲爱的阿里学长，我是一名新手，结合着您的教程和.dat参数文件，做出了结果，我用的酶是您教程中举例用的1FIQ，配体是Febuxostat，我使用chimera去除了其他配体，用chemoffice画的febuxostat,mm2力场优化；得出的最小结合能为-21.21kcal/mol，但是Ki=285.84am(attomolar),但我在Binding Database中查到的它的ki单位是nm,这个am感觉太不真实了，我把受体的pdbqt中的电荷设置为FES中Fe2.00,S-2.00,MOS中Mo6.00,S-2.00,但我看这个.pdbqt中其他原子的电荷似乎都不是原电荷，不知道怎么办，可以帮帮我吗？

wuxiczy · 发表于 2015-5-31 22:28:47

楼主你好我的酶活性中心是钴离子使用您的.dat文件autogrid运行没问题但运行AutoDock有问题运行AutoDock是已经把第一行改成那个.dat文件

atom138 · 发表于 2015-7-24 10:43:17

好东西啊，顶起来!!!!!

秋老虎 · 发表于 2015-10-24 13:38:54

学习！！！

arix · 发表于 2015-12-3 09:33:03

新手路过看看.

angelo95 · 发表于 2018-7-19 14:06:43

谢谢大神分享

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