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[AutoDock&Vina] 【阿里原创教程2-金属酶的对接实现】

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发表于 2013-7-15 16:41:35 | 显示全部楼层
谢谢分享
发表于 2013-8-2 15:57:17 | 显示全部楼层
谢谢,学习了
发表于 2013-10-28 23:02:01 | 显示全部楼层
{:soso_e179:}好东西!
发表于 2014-10-28 22:30:04 | 显示全部楼层
pinkorris 发表于 2013-4-12 18:45
不错,但有两点疑问?
1.你的参数文件中的Mo的VDM半径以及volume是如何得到的?据我所知,mo没有试验测定的 ...

我也想知道,求解惑呀
发表于 2015-3-2 20:10:09 | 显示全部楼层
亲爱的阿里学长,我是一名新手,结合着您的教程和.dat参数文件,做出了结果,我用的酶是您教程中举例用的1FIQ,配体是Febuxostat,我使用chimera去除了其他配体,用chemoffice画的febuxostat,mm2力场优化;得出的最小结合能为-21.21kcal/mol,但是Ki=285.84am(attomolar),但我在Binding Database中查到的它的ki单位是nm,这个am感觉太不真实了,我把受体的pdbqt中的电荷设置为FES中Fe2.00,S-2.00,MOS中Mo6.00,S-2.00,但我看这个.pdbqt中其他原子的电荷似乎都不是原电荷,不知道怎么办,可以帮帮我吗?
发表于 2015-3-2 21:25:43 | 显示全部楼层

亲爱的阿里学长,我是一名新手,结合着您的教程和.dat参数文件,做出了结果,我用的酶是您教程中举例用的1FIQ,配体是Febuxostat,我使用chimera去除了其他配体,用chemoffice画的febuxostat,mm2力场优化;得出的最小结合能为-21.21kcal/mol,但是Ki=285.84am(attomolar),但我在Binding Database中查到的它的ki单位是nm,这个am感觉太不真实了,我把受体的pdbqt中的电荷设置为FES中Fe2.00,S-2.00,MOS中Mo6.00,S-2.00,但我看这个.pdbqt中其他原子的电荷似乎都不是原电荷,不知道怎么办,可以帮帮我吗?
发表于 2015-5-31 22:28:47 | 显示全部楼层
楼主你好  我的酶活性中心是钴离子  使用您的.dat文件autogrid运行没问题 但运行AutoDock有问题  运行AutoDock是已经把第一行改成那个.dat文件
a.png
发表于 2015-7-24 10:43:17 | 显示全部楼层
好东西啊,顶起来!!!!!
发表于 2015-12-3 09:33:03 | 显示全部楼层
新手路过看看.
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