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[AutoDock&Vina] 【阿里原创教程2-金属酶的对接实现】

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发表于 2013-1-8 21:13:28 | 显示全部楼层
{:soso_e120:}在阿里哥的教导下,成功完成对接。但是有两个问题:1这个参数文件哪里搞到的?2 Gasteiger那步需要它给受体赋予电荷吗?我的文献里面它受体用的gasteiger电荷,但是有些资料说什么全原子电荷,要保留电荷。不太懂。请您指教。
发表于 2013-3-24 11:56:50 | 显示全部楼层
很好的 不错 学习下
发表于 2013-4-2 17:04:08 | 显示全部楼层
好帖!阿里这小伙真是上进
发表于 2013-4-9 13:10:19 | 显示全部楼层
学习一下!楼主辛苦了!多谢!
发表于 2013-4-12 18:45:09 | 显示全部楼层
不错,但有两点疑问?
1.你的参数文件中的Mo的VDM半径以及volume是如何得到的?据我所知,mo没有试验测定的vdm半径,而volume也基本是通过试验拟合的
2.对于1FIQ来说,Mo应该不能简单的以价态(+5,+7等)表示,而应该用部分电荷来表示。因为Mo中心太靠近活性位点啦,如果以价态表示,静电相互作用的夸大和误差会影响对接结果的,不知对否?望释疑
发表于 2013-4-17 20:56:21 | 显示全部楼层
autodock的教程太少了,这个确实很需要
发表于 2013-4-30 23:47:28 | 显示全部楼层
支持一下,好东西
发表于 2013-7-7 09:28:27 | 显示全部楼层
辛苦了。谢谢分享
发表于 2013-7-14 22:17:01 | 显示全部楼层
很棒,我会的
发表于 2013-7-15 16:41:35 | 显示全部楼层
谢谢分享
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