【阿里原创教程2-金属酶的对接实现】

大工-阿里巴巴

应兰大-小兔子同学之邀，写了个金属酶在autodock里的对接实现教程，请大家多指正！

wongyouki

亲爱的阿里学长，我是一名新手，结合着您的教程和.dat参数文件，做出了结果，我用的酶是您教程中举例用的1FIQ，配体是Febuxostat，我使用chimera去除了其他配体，用chemoffice画的febuxostat,mm2力场优化；得出的最小结合能为-21.21kcal/mol，但是Ki=285.84am(attomolar),但我在Binding Database中查到的它的ki单位是nm,这个am感觉太不真实了，我把受体的pdbqt中的电荷设置为FES中Fe2.00,S-2.00,MOS中Mo6.00,S-2.00,但我看这个.pdbqt中其他原子的电荷似乎都不是原电荷，不知道怎么办，可以帮帮我吗？

pinkorris

不错，但有两点疑问？
1.你的参数文件中的Mo的VDM半径以及volume是如何得到的？据我所知，mo没有试验测定的vdm半径，而volume也基本是通过试验拟合的
2.对于1FIQ来说，Mo应该不能简单的以价态（+5，+7等）表示，而应该用部分电荷来表示。因为Mo中心太靠近活性位点啦，如果以价态表示，静电相互作用的夸大和误差会影响对接结果的，不知对否？望释疑

wongyouki

亲爱的阿里学长，我是一名新手，结合着您的教程和.dat参数文件，做出了结果，我用的酶是您教程中举例用的1FIQ，配体是Febuxostat，我使用chimera去除了其他配体，用chemoffice画的febuxostat,mm2力场优化；得出的最小结合能为-21.21kcal/mol，但是Ki=285.84am(attomolar),但我在Binding Database中查到的它的ki单位是nm,这个am感觉太不真实了，我把受体的pdbqt中的电荷设置为FES中Fe2.00,S-2.00,MOS中Mo6.00,S-2.00,但我看这个.pdbqt中其他原子的电荷似乎都不是原电荷，不知道怎么办，可以帮帮我吗？

川大-小王

楼主，能否再做个水参与作用的autodock对接，那个力场文件，问作者要了没回音啊！

wanghanlu

{:soso_e179:}辛苦了！好东东！

小草

{:soso_e195:}

大工-阿里巴巴

小草 发表于 2012-12-30 10:34

                               
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小草妹妹好！你也多努力发发好帖子哈~哈哈~对接版以后还是靠你和小新呢！

大工-阿里巴巴

wanghanlu 发表于 2012-12-30 10:24

                               
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辛苦了！好东东！

谢谢hanlu姐~哈哈

大工-阿里巴巴

川大-小王 发表于 2012-12-30 10:22

                               
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楼主，能否再做个水参与作用的autodock对接，那个力场文件，问作者要了没回音啊！ ...

AD实在不适合做含水分子的对接~你要做的话最好用另一个免费的对接软件FITTED,上网搜索一下吧~哈哈

dejunchem

狂顶，学习猛男~

大工-阿里巴巴

dejunchem 发表于 2012-12-30 10:45

                               
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狂顶，学习猛男~

昨天答应小兔子了~哈哈

小草

大工-阿里巴巴 发表于 2012-12-30 10:35

                               
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小草妹妹好！你也多努力发发好帖子哈~哈哈~对接版以后还是靠你和小新呢！ ...

阿里学长。。。嗯，我需要问一个问题哦。。。不管Map Type 设没设Mo，在grid 计算中douhuisuanMo，但没设最后不会给出Mo的Map文件，那这两个有什么不同吗？。。。貌似又问很傻的问题了。。