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[原创] 【阿里原创教程2-金属酶的对接实现】

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发表于 2012-12-30 10:17:21 | 显示全部楼层 |阅读模式

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应兰大-小兔子同学之邀,写了个金属酶在autodock里的对接实现教程,请大家多指正!

阿里原创教程2-金属酶的对接.pdf

1.33 MB, 下载次数: 728

售价: 1 金币  [记录]

AD4_parameters.dat

9.09 KB, 下载次数: 225

完全的参数文件

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很赞,支持!: 5
  发表于 2012-12-30 10:45
很赞,支持!: 5
  发表于 2012-12-30 10:28
发表于 2013-4-12 18:45:09 | 显示全部楼层
不错,但有两点疑问?
1.你的参数文件中的Mo的VDM半径以及volume是如何得到的?据我所知,mo没有试验测定的vdm半径,而volume也基本是通过试验拟合的
2.对于1FIQ来说,Mo应该不能简单的以价态(+5,+7等)表示,而应该用部分电荷来表示。因为Mo中心太靠近活性位点啦,如果以价态表示,静电相互作用的夸大和误差会影响对接结果的,不知对否?望释疑
发表于 2015-3-2 21:25:43 | 显示全部楼层

亲爱的阿里学长,我是一名新手,结合着您的教程和.dat参数文件,做出了结果,我用的酶是您教程中举例用的1FIQ,配体是Febuxostat,我使用chimera去除了其他配体,用chemoffice画的febuxostat,mm2力场优化;得出的最小结合能为-21.21kcal/mol,但是Ki=285.84am(attomolar),但我在Binding Database中查到的它的ki单位是nm,这个am感觉太不真实了,我把受体的pdbqt中的电荷设置为FES中Fe2.00,S-2.00,MOS中Mo6.00,S-2.00,但我看这个.pdbqt中其他原子的电荷似乎都不是原电荷,不知道怎么办,可以帮帮我吗?
发表于 2015-3-2 20:10:09 | 显示全部楼层
亲爱的阿里学长,我是一名新手,结合着您的教程和.dat参数文件,做出了结果,我用的酶是您教程中举例用的1FIQ,配体是Febuxostat,我使用chimera去除了其他配体,用chemoffice画的febuxostat,mm2力场优化;得出的最小结合能为-21.21kcal/mol,但是Ki=285.84am(attomolar),但我在Binding Database中查到的它的ki单位是nm,这个am感觉太不真实了,我把受体的pdbqt中的电荷设置为FES中Fe2.00,S-2.00,MOS中Mo6.00,S-2.00,但我看这个.pdbqt中其他原子的电荷似乎都不是原电荷,不知道怎么办,可以帮帮我吗?
发表于 2012-12-30 10:22:56 | 显示全部楼层
楼主,能否再做个水参与作用的autodock对接,那个力场文件,问作者要了没回音啊!
发表于 2012-12-30 10:24:34 | 显示全部楼层
{:soso_e179:}辛苦了!好东东!
发表于 2012-12-30 10:34:10 | 显示全部楼层
{:soso_e195:}
 楼主| 发表于 2012-12-30 10:35:46 | 显示全部楼层
 楼主| 发表于 2012-12-30 10:36:01 | 显示全部楼层
wanghanlu 发表于 2012-12-30 10:24
辛苦了!好东东!

谢谢hanlu姐~哈哈
 楼主| 发表于 2012-12-30 10:36:50 | 显示全部楼层
川大-小王 发表于 2012-12-30 10:22
楼主,能否再做个水参与作用的autodock对接,那个力场文件,问作者要了没回音啊! ...

AD实在不适合做含水分子的对接~你要做的话最好用另一个免费的对接软件FITTED,上网搜索一下吧~哈哈
发表于 2012-12-30 10:45:38 | 显示全部楼层
狂顶,学习猛男~
 楼主| 发表于 2012-12-30 10:57:43 | 显示全部楼层
dejunchem 发表于 2012-12-30 10:45
狂顶,学习猛男~

昨天答应小兔子了~哈哈
发表于 2012-12-30 21:08:32 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2012-12-30 10:35
小草妹妹好!你也多努力发发好帖子哈~哈哈~对接版以后还是靠你和小新呢! ...

阿里学长。。。嗯,我需要问一个问题哦。。。不管Map Type 设没设Mo,在grid 计算中douhuisuanMo,但没设最后不会给出Mo的Map文件,那这两个有什么不同吗?。。。貌似又问很傻的问题了。。
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