ADT(MGLTools)和autodock 在Linux下的安装

天理-小新

大家对于audodock及autodocktools的安装问题及运行错误问题，就发到本帖子中，以方便大家以后参阅，谢谢%￥
在此建议大家使用linux系统安装运行autodock和ADT因为:
1、win下的运行速度比linux下的运行速度慢
2、win下运行容易出错，第一次可能在win下运行成功，第二次可能生存的dlg文件很大，win下的autodock 不停的运行下去。
对于linux系统的audodock和ADT的安装如下（有关win下安装的我就不写了，我不推荐）：
一、autodock的安装
1、到官网下载autodocksuite-4.2.1-i86Linux2.tar.gz软件包
2、解压 tar xvzf autodocksuite-4.2.1-i86Linux2.tar.gz
3、cd i86Linux2
4、mv autogrid4 /usr/local/bin
   mv autodock4 /usr/local/bin
二、安装autodocktools：
1、下载 MGLTools-1.5.4-Linux-x86-Install (41MB)，
2、 执行 chmod +x  MGLTools-1.5.4-Linux-x86-Install
3、双击 MGLTools-1.5.4-Linux-x86-Install 图标，一直默认点击下去就可成功安装
4、如果是centos版本的linux系统，直接在 应用程序中MGLTools-1.5.4点击打开就可以了。
5、centos或者其它linux版本系统，可添加环境变量：export PATH="/？？？/？？？/MGLTools-1.5.4/bin:"$PATH，其中，？？？/？？？/为指向
MGLTools-1.5.4的路径。

xufund

谢谢！回去试试！

永在追赶

您好，我就是这样安装的呀。
安装过程为：
系统是ubuntu12.0的
1、下载 MGLTools-1.5.4-Linux-x86-Install (41MB)，
2、 执行 chmod u+x  ./MGLTools-1.5.4-Linux-x86-Install
3、双击 MGLTools-1.5.4-Linux-x86-Install 图标，一直默认点击下去就可成功安装
安装路径为：/home/***/MGLTools-1.5.4
安装完后，再桌面上产生了三个文件依次为：PMV-1.5.4-desktop.desktop、vision-1.5.4-desktop.desktop、ADT-1.5.4-desktop.desktop，双击桌面的文件，都出现“untrusted application launcher”，麻烦问下这是怎么回事呀？
谢谢你了

天理-小新

永在追赶 发表于 2013-8-19 18:52

                               
登录/注册后可看大图

您好，我就是这样安装的呀。
安装过程为：
系统是ubuntu12.0的

加个环境变量，直接在终端输入adt

暗地纯白

请问，1、执行chmod的目的是什么？
2、一直默认安装之后桌面没有显示快捷方式是怎么回事？
3、环境变量这个设置，具体操作是直接在命令行输入您以上的命令吗？可以理解为在MGLTools-1.5.4/bin的一个目录吗？

川大-灰太狼

暗地纯白 发表于 2013-12-24 12:06

                               
登录/注册后可看大图

请问，1、执行chmod的目的是什么？
2、一直默认安装之后桌面没有显示快捷方式是怎么回事？
3、环境变量这个 ...

1、chmod 是linux系统的命令，是改变文件的权限，chmod +x 文件名 表示允许用户执行该文件。
2、MGLTools安装后没有出现桌面快捷方式，一种方法可以在菜单里面找到，还有一种可以自己建立快捷方式。
3、环境变量也是Linux系统的，主要是用来自动指定命令和软件运行调用的文件。

综上所述，你其实应该是windows系统用户，对Linux系统了解太少，如果想继续深入做模拟，需要了解Linux。从Windows系统的使用习惯转换为Linux，你会觉得有很大的乐趣。

暗地纯白

永在追赶 发表于 2013-8-19 18:52

                               
登录/注册后可看大图

您好，我就是这样安装的呀。
安装过程为：
系统是ubuntu12.0的

你在楼主小新提示下安装好没有，这个环境变量具体的命令是？

川大-灰太狼

永在追赶 发表于 2013-8-19 18:52

                               
登录/注册后可看大图

您好，我就是这样安装的呀。
安装过程为：
系统是ubuntu12.0的

untrusted application launcher 说明你的系统提示你这些应用软件图标不被信任。因此你需要关闭Selinux

关闭SELinux的方法：
修改/etc/selinux/config文件中的SELINUX="" 为 disabled ，然后重启。
如果不想重启系统，使用命令setenforce 0
注：
setenforce 1 设置SELinux 成为enforcing模式
setenforce 0 设置SELinux 成为permissive模式
在lilo或者grub的启动参数中增加：selinux=0,也可以关闭selinux

#---------------------------------------------------------------
查看selinux状态：
/usr/bin/setstatus -v
如下：
SELinux status:                 enabled
SELinuxfs mount:                /selinux
Current mode:                   permissive
Mode from config file:          enforcing
Policy version:                 21
Policy from config file:        targeted
  
getenforce/setenforce查看和设置SELinux的当前工作模式

暗地纯白

请问 mv autogrid4 /usr/local/bin
   mv autodock4 /usr/local/bin
这一步是不是跟win7下创建包含有配体受体的一个文件夹，然后把autogrid4 、autodock4 移动到这个文件夹里面的意思是不是一样？

川大-灰太狼

暗地纯白 发表于 2013-12-30 10:57

                               
登录/注册后可看大图

请问 mv autogrid4 /usr/local/bin
   mv autodock4 /usr/local/bin
这一步是不是跟win7下创建包含有配体受 ...

mv 是移动文件的命令。
mv autogrid4 /usr/local/bin 则是把autogrid4移动到 /usr/local/bin 这个文件夹，这个文件夹在Linux系统中比较有特点，相当于windows的桌面快捷方式。如果你把执行文件放这里，则可以在终端直接输入 autogrid4 就执行autogrid4这个程序了。
mv autodock4 /usr/local/bin  同样的意思。