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[Pymol] pymol 显示pdbqt文件的方法

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发表于 2012-11-16 17:21:14 | 显示全部楼层 |阅读模式

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由于pdbqt并不是标准的分子文件格式,里面没有价键等信息,所以在用pymol 显示pdbqt 时也会出错, 如:你执行命令h_add,或是set valence, 1时会发现有些双键变成单键。用这样的图肯定不符合发表文章的要求。怎么办呢?

我先抛砖引玉吧,还是用openbabel,再转换格式的时候,我尝试了转成mol2,pdb等格式,但是对于个别分子均不太理想,后来尝试了转成sdf文件格式,OK,没问题。但是这个方法有一个缺陷,就是执行h_add命名后会出错,并不能加氢,还好极性氢本来就有,所以非极性的氢无所谓了。

PS:以上方法是针对小分子的,蛋白大家就直接用PDB格式的就好!

楼下的继续,还有没有更好的方法?
发表于 2012-11-17 20:54:42 | 显示全部楼层
我一般使用viewlite这款免费软件将pdbqt转化成pdb格式的
 楼主| 发表于 2012-11-18 09:54:03 | 显示全部楼层
发表于 2012-11-18 11:48:31 | 显示全部楼层
木有问题啊~~~哈哈~可以加氢,更正一下这个软件叫viewer lite
 楼主| 发表于 2012-11-18 13:52:34 | 显示全部楼层
本帖最后由 hinry_jay 于 2012-11-18 13:56 编辑
大工-阿里巴巴 发表于 2012-11-18 11:48
木有问题啊~~~哈哈~可以加氢,更正一下这个软件叫viewer lite

太好了,谢谢分享!不过好像现在只能下载30天的试用版,你那儿安装文件还有吗?能共享一下吗?
发表于 2012-11-19 13:24:31 | 显示全部楼层
我不知道你是什么错误,我以pymol xx.pdbqt 执行命令后,小分子没有报错,并且可以加氢或remove氢。没有出现错误,知道你的pymol是安装的是win版本的还是linux版本的,也不知道你的pymol的版本号
发表于 2012-11-19 13:37:31 | 显示全部楼层
本帖最后由 天理-小新 于 2012-11-19 13:51 编辑

大分子我也试过了,也可以读入,也不会报错,只不过大分子中的苯环显示的颜色为白色,改变不了颜色。其实pdbqt文件转化为pdb文件,很简单,pdbqt文件只不过比pdb文件多了点原子类型和电荷而已。用linux命令,cut就可以搞定,根本不用什么软件。用linux命令cut将pdbqt文件转化为pdb文件后,加氢什么的,都没错,与原来的pdb文件叠合后能完全重合。
 楼主| 发表于 2012-11-19 22:15:11 | 显示全部楼层
天理-小新 发表于 2012-11-19 13:37
大分子我也试过了,也可以读入,也不会报错,只不过大分子中的苯环显示的颜色为白色,改变不了颜色。其实pd ...

我装的是win版的pymnol,1.3的。如果是直接在win里改pdbqt,是不是可以直接编辑pdbqt文件,应该删掉哪些内容呢?
发表于 2012-11-19 23:24:53 | 显示全部楼层
其实你把你生成的pdbqt文件和原来的pdb文件用文本编辑器打开,对比下就知道了,主要是原子类型和电荷去掉
 楼主| 发表于 2012-11-20 08:22:14 | 显示全部楼层
天理-小新 发表于 2012-11-19 23:24
其实你把你生成的pdbqt文件和原来的pdb文件用文本编辑器打开,对比下就知道了,主要是原子类型和电荷去掉 ...

好的,我试试!
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