【阿里原创教程1】巧用chimera1.7修复PDB缺失结构

大工-阿里巴巴 · 发表于 2012-12-20 16:47:57

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大家在做对接或者MD时，有木有遇到过晶体结构中有部分区域，尤其是环状结构的缺失呢？这是因为在晶体解析中，部分柔性较高的loop结构难以得到准确的测定造成的。那么我们如何解决这一普遍存在的问题呢？经过笔者摸索，发现在最新的chimera1.7中可以完美的解决这一问题。做了一个简要的教程请大家指教！

五支折断的箭 · 发表于 2020-5-10 15:32:08

大工-阿里巴巴发表于 2014-3-30 09:13
24个太长了。。。。必须不准确~哈哈，你看看关于利用rosetta做模建时的loop构建办法http://www.ncbi.nlm.n ...

请问前辈用Chimera修复PDB缺失的结构之后，如何判断修复的准确性呢？我看前面有前辈说可以不用判断，我的由于缺失的残基可能有点多，不知道该如何判断其修复结果的准确性？是和判断采用同源建模构建出的蛋白准确性一样的方法吗？希望前辈可以指点一二

背包旅客 · 发表于 2015-6-2 09:36:40

川大-灰太狼发表于 2013-7-16 16:54
呵呵经数据挖掘同学的提醒，仔细琢磨了下阿里的此方法，发现此方法是目前残基补全最完美的办法，完全避免 ...

灰太狼师兄，我想问一下，用这个方法生成的两个PDB文件，我该怎么评价补全结果呢？有没有相关文献支撑呀？？？先谢谢啦~~~

川大-灰太狼 · 发表于 2015-6-5 22:35:28

背包旅客发表于 2015-6-2 09:36
灰太狼师兄，我想问一下，用这个方法生成的两个PDB文件，我该怎么评价补全结果呢？有没有相关文献支撑呀 ...

补全结果的评价，就可以使用蛋白模建的评价方法，但一般而言不用评价，因为下一步要做的还可能涉及到分子力学的优化。

墨竹晓风 · 发表于 2012-12-20 16:52:29

感谢阿里巴巴版主

笑容 · 发表于 2012-12-20 16:54:40

UPUPUP...........

dejunchem · 发表于 2012-12-20 16:59:04

哈哈，把帖子给掏起来

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海洋 · 发表于 2012-12-20 17:50:02

谢谢阿里的分享，顶起

浙工大--话家 · 发表于 2012-12-20 19:10:11

阿里兄辛苦了。

xufund · 发表于 2012-12-20 21:32:36

再穷不能穷教育。一定要顶起来。谢谢分享

茜茜 · 发表于 2013-1-24 10:54:47

感谢感谢！！

川大-灰太狼 · 发表于 2013-7-16 16:54:01

呵呵经数据挖掘同学的提醒，仔细琢磨了下阿里的此方法，发现此方法是目前残基补全最完美的办法，完全避免了商软可能对残基识别错误的问题。

蜉蝣于天地 · 发表于 2013-7-22 15:51:27

想请教下，如果是说下到的PDB蛋白文件中缺少金属离子，这个要通过什么加上去呢，怎样确定加的位置？

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