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【阿里原创教程1】巧用chimera1.7修复PDB缺失结构

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发表于 2012-12-20 16:47:57 | 显示全部楼层 |阅读模式

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大家在做对接或者MD时,有木有遇到过晶体结构中有部分区域,尤其是环状结构的缺失呢?这是因为在晶体解析中,部分柔性较高的loop结构难以得到准确的测定造成的。那么我们如何解决这一普遍存在的问题呢?经过笔者摸索,发现在最新的chimera1.7中可以完美的解决这一问题。做了一个简要的教程请大家指教! 巧用chimera1.7进行晶体结构缺失部分的修补.pdf (317.43 KB, 下载次数: 196, 售价: 3 金币)

本帖被以下淘专辑推荐:

发表于 2015-6-2 09:36:40 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2013-7-16 16:54
呵呵 经数据挖掘同学的提醒,仔细琢磨了下阿里的此方法,发现此方法是目前残基补全最完美的办法,完全避免 ...

灰太狼师兄,我想问一下,用这个方法生成的两个PDB文件,我该怎么评价补全结果呢?有没有相关文献支撑呀???先谢谢啦~~~
发表于 2015-6-5 22:35:28 | 显示全部楼层
背包旅客 发表于 2015-6-2 09:36
灰太狼师兄,我想问一下,用这个方法生成的两个PDB文件,我该怎么评价补全结果呢?有没有相关文献支撑呀 ...

补全结果的评价,就可以使用蛋白模建的评价方法,但一般而言不用评价,因为下一步要做的还可能涉及到分子力学的优化。
发表于 2015-6-10 10:55:25 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2015-6-5 22:35
补全结果的评价,就可以使用蛋白模建的评价方法,但一般而言不用评价,因为下一步要做的还可能涉及到分子 ...

哦哦~~~原来这样子!谢谢大神~~~
发表于 2012-12-20 16:52:29 | 显示全部楼层
感谢阿里巴巴版主
发表于 2012-12-20 16:54:40 | 显示全部楼层
UPUPUP...........
发表于 2012-12-20 16:56:32 | 显示全部楼层
不错,比之前方便多了
发表于 2012-12-20 16:59:04 | 显示全部楼层
哈哈,把帖子给掏起来

                               
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发表于 2012-12-20 17:50:02 | 显示全部楼层
谢谢阿里的分享,顶起
发表于 2012-12-20 19:10:11 | 显示全部楼层
阿里兄辛苦了。
发表于 2012-12-20 21:32:36 | 显示全部楼层
再穷不能穷教育。一定要顶起来。谢谢分享
发表于 2013-1-24 10:54:47 | 显示全部楼层
感谢感谢!!
发表于 2013-7-16 16:54:01 | 显示全部楼层
呵呵 经数据挖掘同学的提醒,仔细琢磨了下阿里的此方法,发现此方法是目前残基补全最完美的办法,完全避免了商软可能对残基识别错误的问题。
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