【阿里原创教程1】巧用chimera1.7修复PDB缺失结构

背包旅客 · 发表于 2015-6-2 09:36:40

川大-灰太狼发表于 2013-7-16 16:54
呵呵经数据挖掘同学的提醒，仔细琢磨了下阿里的此方法，发现此方法是目前残基补全最完美的办法，完全避免 ...

灰太狼师兄，我想问一下，用这个方法生成的两个PDB文件，我该怎么评价补全结果呢？有没有相关文献支撑呀？？？先谢谢啦~~~

川大-灰太狼 · 发表于 2015-6-5 22:35:28

背包旅客发表于 2015-6-2 09:36
灰太狼师兄，我想问一下，用这个方法生成的两个PDB文件，我该怎么评价补全结果呢？有没有相关文献支撑呀 ...

补全结果的评价，就可以使用蛋白模建的评价方法，但一般而言不用评价，因为下一步要做的还可能涉及到分子力学的优化。

背包旅客 · 发表于 2015-6-10 10:55:25

川大-灰太狼发表于 2015-6-5 22:35
补全结果的评价，就可以使用蛋白模建的评价方法，但一般而言不用评价，因为下一步要做的还可能涉及到分子 ...

哦哦~~~原来这样子！谢谢大神~~~

liuchong2768 · 发表于 2015-10-29 12:56:08

下来看看

yuyi316061038 · 发表于 2016-1-15 14:48:01

赶紧过来学习一下~~~

百步穿杨 · 发表于 2018-5-22 23:03:01

学习了

liushukai · 发表于 2019-8-14 08:42:43

我记得是使用modeller也可以做。

五支折断的箭 · 发表于 2020-5-10 15:32:08

大工-阿里巴巴发表于 2014-3-30 09:13
24个太长了。。。。必须不准确~哈哈，你看看关于利用rosetta做模建时的loop构建办法http://www.ncbi.nlm.n ...

请问前辈用Chimera修复PDB缺失的结构之后，如何判断修复的准确性呢？我看前面有前辈说可以不用判断，我的由于缺失的残基可能有点多，不知道该如何判断其修复结果的准确性？是和判断采用同源建模构建出的蛋白准确性一样的方法吗？希望前辈可以指点一二

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