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楼主: 墨竹晓风

[原创] ligplus的安装与使用(显示配体-受体2维相互作用图)

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 楼主| 发表于 2013-12-27 10:34:52 | 显示全部楼层

这个我也没有试过呢,等我研究下哈
发表于 2014-2-24 10:36:29 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2012-11-4 23:46
检查PDB文件,首先受体和配体用TER隔开,其次配体的名称不能与残基名称相同 ...

我用TER分开之后打开还是提示没有对接的配体,求解?
发表于 2014-2-24 13:34:29 | 显示全部楼层
暗地纯白 发表于 2014-2-24 10:36
我用TER分开之后打开还是提示没有对接的配体,求解?

估计是PDB结构本身的问题,可以尝试用商业软件,比如DS,schrodinger, MVD等等载入对接完成后的结构,再输出PDB试试
发表于 2014-2-24 15:35:41 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2014-2-24 13:34
估计是PDB结构本身的问题,可以尝试用商业软件,比如DS,schrodinger, MVD等等载入对接完成后的结构,再 ...

我是通过hex protein docking得到的复合物pdb结构,打开它如下图
合成的这个复合物居然没有显示出A链、H链等等。
1.jpg
发表于 2014-2-24 17:18:45 | 显示全部楼层
暗地纯白 发表于 2014-2-24 15:35
我是通过hex protein docking得到的复合物pdb结构,打开它如下图
合成的这个复合物居然没有显示出A链、H ...

对的,果断用别的软件另存一下,再载入ligplus
发表于 2014-2-25 10:30:53 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2014-2-24 17:18
对的,果断用别的软件另存一下,再载入ligplus

我用DS另存为pdb之后再载入ligplus,还是显示没有配体,我对比DS前,发现在pdb文件的后面多了N1+、H、C、O等一列,可是载入还是显示没有配体,跟pdb数据库里下载的蛋白对比,pdb里面有H、L链等,可是我合成的这个复合物没有H、L链。自己添加上去,DS打开就是乱七八糟的结构。该如何才能让其在ligplus上显示(据说ligplus是用于蛋白跟小分子,而我的蛋白-蛋白似乎不能用,是这样吗?)
发表于 2014-2-25 10:55:36 | 显示全部楼层
暗地纯白 发表于 2014-2-25 10:30
我用DS另存为pdb之后再载入ligplus,还是显示没有配体,我对比DS前,发现在pdb文件的后面多了N1+、H、C、 ...

当然不是,ligplus既可以显示蛋白-蛋白,也可以显示蛋白-配体,但是在Ligplus的界面处需要选择,有个叫ligplot,还有个叫dimplot
发表于 2014-2-25 11:03:57 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2014-2-25 10:55
当然不是,ligplus既可以显示蛋白-蛋白,也可以显示蛋白-配体,但是在Ligplus的界面处需要选择,有个叫li ...

是的,有一个是dimplot,但是它上面说的选择区域是(比如:1-300 A & 1-100H)但是我通过DS另存为pdb之后,它里面没有显示A链和H链,这样上面选择区域的这一步,该如何选择?
 楼主| 发表于 2014-2-26 08:09:07 | 显示全部楼层
暗地纯白 发表于 2014-2-25 11:03
是的,有一个是dimplot,但是它上面说的选择区域是(比如:1-300 A & 1-100H)但是我通过DS另存为pdb之后 ...

把前面的残基重命名为A链,后面的残基重命名为H链。
发表于 2014-2-26 10:30:11 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2014-2-26 08:09
把前面的残基重命名为A链,后面的残基重命名为H链。

谢谢,问题已经解决,太感谢了
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