ligplus的安装与使用（显示配体-受体2维相互作用图）

大工-阿里巴巴

暗地纯白 发表于 2014-2-24 10:36

                               
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我用TER分开之后打开还是提示没有对接的配体，求解？

估计是PDB结构本身的问题，可以尝试用商业软件，比如DS，schrodinger, MVD等等载入对接完成后的结构，再输出PDB试试

暗地纯白

大工-阿里巴巴 发表于 2014-2-24 13:34

                               
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估计是PDB结构本身的问题，可以尝试用商业软件，比如DS，schrodinger, MVD等等载入对接完成后的结构，再 ...

我是通过hex protein docking得到的复合物pdb结构，打开它如下图
合成的这个复合物居然没有显示出A链、H链等等。

大工-阿里巴巴

暗地纯白 发表于 2014-2-24 15:35

                               
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我是通过hex protein docking得到的复合物pdb结构，打开它如下图
合成的这个复合物居然没有显示出A链、H ...

对的，果断用别的软件另存一下，再载入ligplus

暗地纯白

大工-阿里巴巴 发表于 2014-2-24 17:18

                               
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对的，果断用别的软件另存一下，再载入ligplus

我用DS另存为pdb之后再载入ligplus，还是显示没有配体，我对比DS前，发现在pdb文件的后面多了N1+、H、C、O等一列，可是载入还是显示没有配体，跟pdb数据库里下载的蛋白对比，pdb里面有H、L链等，可是我合成的这个复合物没有H、L链。自己添加上去，DS打开就是乱七八糟的结构。该如何才能让其在ligplus上显示（据说ligplus是用于蛋白跟小分子，而我的蛋白-蛋白似乎不能用，是这样吗？）

大工-阿里巴巴

暗地纯白 发表于 2014-2-25 10:30

                               
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我用DS另存为pdb之后再载入ligplus，还是显示没有配体，我对比DS前，发现在pdb文件的后面多了N1+、H、C、 ...

当然不是，ligplus既可以显示蛋白-蛋白，也可以显示蛋白-配体，但是在Ligplus的界面处需要选择，有个叫ligplot,还有个叫dimplot

暗地纯白

大工-阿里巴巴 发表于 2014-2-25 10:55

                               
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当然不是，ligplus既可以显示蛋白-蛋白，也可以显示蛋白-配体，但是在Ligplus的界面处需要选择，有个叫li ...

是的，有一个是dimplot，但是它上面说的选择区域是（比如：1-300 A & 1-100H）但是我通过DS另存为pdb之后，它里面没有显示A链和H链，这样上面选择区域的这一步，该如何选择？

墨竹晓风

暗地纯白 发表于 2014-2-25 11:03

                               
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是的，有一个是dimplot，但是它上面说的选择区域是（比如：1-300 A & 1-100H）但是我通过DS另存为pdb之后 ...

把前面的残基重命名为A链，后面的残基重命名为H链。

暗地纯白

墨竹晓风 发表于 2014-2-26 08:09

                               
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把前面的残基重命名为A链，后面的残基重命名为H链。

谢谢，问题已经解决，太感谢了

墨竹晓风

暗地纯白 发表于 2014-2-26 10:30

                               
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谢谢，问题已经解决，太感谢了

是用什么方案解决的呢？

暗地纯白

墨竹晓风 发表于 2014-2-27 09:26

                               
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是用什么方案解决的呢？

如你所言，添加链