ligplus的安装与使用（显示配体-受体2维相互作用图）

tanxijuan · 发表于 2013-4-14 11:28:30

请教一下ligpot压缩包解压缩到C盘后怎么打不开ligplot.exe？ligplot和ligplus是一回事吧？

tanxijuan · 发表于 2013-4-14 13:33:25

自己做的分子对接得到pdb文件，用plotplus打开进行run时什么结果都没有，是什么原因，用pymol是能看到明显的氢键作用

tanxijuan · 发表于 2013-4-14 21:39:30

已经成功解决，确实是个好软件，就是与直接用pymol打开显示氢键距离有差别，希望大家给建议

墨竹晓风 · 发表于 2013-4-15 09:51:52

tanxijuan 发表于 2013-4-14 21:39

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已经成功解决，确实是个好软件，就是与直接用pymol打开显示氢键距离有差别，希望大家给建议 ...

嗯，有时候会有这种问题，因为好像是计算H键的规则有点不同

tanxijuan · 发表于 2013-4-16 08:20:26

越用越觉得里面有很多问题了，不知道你们对于多环的ligand对接得到的pdb是怎么前处理，ligplus就是无法创建logfile，针对同样配体在PDB数据库下载蛋白后，发现该配体可以顺利显示，所以不知道自己对接的结果出了什么问题？求赐教

墨竹晓风 · 发表于 2013-4-16 08:54:19

tanxijuan 发表于 2013-4-16 08:20

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越用越觉得里面有很多问题了，不知道你们对于多环的ligand对接得到的pdb是怎么前处理，ligplus就是无法创建 ...

估计是原子style的问题。你用的是什么对接软件？对接之后是怎么处理的？

tanxijuan · 发表于 2013-4-18 08:27:54

autodock 4.2, 对接后把它们保存成pdbqt格式，然后借助openbabel转成pdb形式，因为一些简单分子这样是可以用ligplus显示的，环多一点就不行了，所以请教一下，该怎么处理呢？

jianchen7882 · 发表于 2013-8-23 17:25:48

大工-阿里巴巴发表于 2012-11-4 18:30

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把TMP文件夹的设置改在非C盘所在的地方即可！

我用autodock对接之后生成了一个pdb文件，再怎么跟原来受体的pdb文件合成一个pdb文件，一方便用这个软件查看呀？谢谢

墨竹晓风 · 发表于 2013-12-27 10:34:52

qian430 发表于 2013-12-26 17:05

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墨，我把pdb导入ligplus后，自动就给出一些关键残基，但是和我能量分解得到的关键残基不一样，少了几个。怎 ...

这个我也没有试过呢，等我研究下哈

暗地纯白 · 发表于 2014-2-24 10:36:29

墨竹晓风发表于 2012-11-4 23:46

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检查PDB文件，首先受体和配体用TER隔开，其次配体的名称不能与残基名称相同 ...

我用TER分开之后打开还是提示没有对接的配体，求解？

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