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楼主: 墨竹晓风

[原创] ligplus的安装与使用(显示配体-受体2维相互作用图)

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发表于 2013-3-28 23:23:55 | 显示全部楼层

windows下的,以前安装完了,我也很顺利的可以看图了,可是后来突然出现了9楼所述的问题出现unable to create log file in tempory directory,我怎么重新下载都不成,然后就出现了填写那个路径后才成功的结果
发表于 2013-4-14 11:28:30 | 显示全部楼层
请教一下ligpot压缩包解压缩到C盘后怎么打不开ligplot.exe?ligplot和ligplus是一回事吧?
发表于 2013-4-14 13:33:25 | 显示全部楼层
自己做的分子对接得到pdb文件,用plotplus打开进行run时什么结果都没有,是什么原因,用pymol是能看到明显的氢键作用
发表于 2013-4-14 21:39:30 | 显示全部楼层
已经成功解决,确实是个好软件,就是与直接用pymol打开显示氢键距离有差别,希望大家给建议
 楼主| 发表于 2013-4-15 09:51:52 | 显示全部楼层
tanxijuan 发表于 2013-4-14 21:39
已经成功解决,确实是个好软件,就是与直接用pymol打开显示氢键距离有差别,希望大家给建议 ...

嗯,有时候会有这种问题,因为好像是计算H键的规则有点不同
发表于 2013-4-16 08:20:26 | 显示全部楼层
越用越觉得里面有很多问题了,不知道你们对于多环的ligand对接得到的pdb是怎么前处理,ligplus就是无法创建logfile,针对同样配体在PDB数据库下载蛋白后,发现该配体可以顺利显示,所以不知道自己对接的结果出了什么问题?求赐教
 楼主| 发表于 2013-4-16 08:54:19 | 显示全部楼层
tanxijuan 发表于 2013-4-16 08:20
越用越觉得里面有很多问题了,不知道你们对于多环的ligand对接得到的pdb是怎么前处理,ligplus就是无法创建 ...

估计是原子style的问题。你用的是什么对接软件?对接之后是怎么处理的?
发表于 2013-4-18 08:27:54 | 显示全部楼层
autodock 4.2, 对接后把它们保存成pdbqt格式,然后借助openbabel转成pdb形式,因为一些简单分子这样是可以用ligplus显示的,环多一点就不行了,所以请教一下,该怎么处理呢?
发表于 2013-8-23 17:25:48 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2012-11-4 18:30
把TMP文件夹的设置改在非C盘所在的地方即可!

我用autodock对接之后生成了一个pdb文件,再怎么跟原来受体的pdb文件合成一个pdb文件,一方便用这个软件查看呀?谢谢
发表于 2013-12-26 17:05:06 | 显示全部楼层
墨,我把pdb导入ligplus后,自动就给出一些关键残基,但是和我能量分解得到的关键残基不一样,少了几个。怎么才能设置显示更多自己想要的残基呢?mannual没有找到方法耶
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