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- 涵海思源
- 您好，我想请教一下用ligplot做的二维平面图怎么转换成png或tiff格式的图片？谢谢。
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- 噗噗打大猫
- YASARA View 我下载了，为啥没有simulation， 在菜单栏里
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- 2012年9月4日
- 前辈，您好，我想问一下，我用pymol做了一个七肽的三维结构，这个三维结构原本应该有一个折叠，但是我不知道怎么才能实现这个折叠
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- wx_Gog8kttG
- 阿里大神，你好，我想请教一下，我有一个40几个氨基酸的多肽片段，我想模拟金属离子，比如铁离子在该多肽片段溶液中两者的相互作用，可以通过什么样的方法实现呀，谢谢大神！
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- MerryKing
- 你好，想请教一下，关于modeller同源建模时，.ali文件中怎么加入核酸（有缺失）、配体、离子呢？相对应的.py文件该怎么设置呢？谢谢大神~
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- JJVincent
- 阿里师兄，您好，想请教您一个问题： 我的蛋白的psf文件已经有了，小分子的psf文件利用swissparam生成了并有相关的top文件。蛋白和小分子的复合物利用Autodock Vina生成。但是复合物生成不了psf文件，可能是top文件里面没有小分子信息。先请问能利用现有的这些文件形成复合物的psf文件用于NAMD跑动力学吗？我还不懂怎么编写top文件，正在学习，希望师兄能指点一下，谢谢，打扰了 ... ...
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- 骋幻美
- 阿里大神，前辈您好，感谢您能在百忙之中看到我的留言！最近在用 APBS for VMD做分子表面电势图时总是出现 output files missing or unreadable，您能告诉我怎么解决吗？
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- 四月雨滴
- 阿里大神，前辈您好，感谢您能在百忙之中看到我的留言！我想做一个核酸与小分子的对接，不知道什么软件可以做？哪里有这个教程呢？我看到大部分都是做蛋白的啊！还有你们是不是都是学计算机的啊！我一个没碰过计算机的完全看不懂啊，感觉好难啊，谢谢您了！
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- 1041743697
- 阿里大神，前辈您好，感谢您能在百忙之中看到我的留言！ 小弟在用autodock软件时，一直无法生成gpf文件，导致autogrid运行时总不成功,并且总有如下的提示语， Exception in Tkinter callback Traceback (most recent call last): File "D:\360Downloads\af\lib\lib-tk\Tkinter.py", line 1403, in __call__ return self.func(*args) File "D:\360Downloads\af\lib\site-packages\mglutil\gui\InputForm\Tk\gui.py", line 1251, in read_cb f = open(newfile ... ...
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- 甜沏
- 请问moduller在windows系统下就是安装后无法正常使用，授权管理员运行结果还是拒绝访问怎么办？。。求解答（ps：是DUT的学长么？）
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- 牧狼人
- 阿里大神您好，我有一个酶用autodock对接的时候，在最后显示相互作用的时候老是error： Traceback (most recent call last) File Fautodocklibsite-packagesViewerFrameworkVF.py, line 898, in tryto result = command( args, kw ) File Fautodocklibsite-packagesAutoDockToolsautoanalyzeCommands.py, line 3087, in doit self.build() File Fautodocklibsite-packagesAutoDockToolsautoanalyzeCommands.py, line 2912, in build self.i ... ...
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- wuxiczy
- 阿里大神 我有一个同源建模总是建不好 我是个新手 建模对象是一种金属酶 腈水合酶 用过DS easymodeller等 可是建模完了活性中心就和模板不一样了 原始的活性中心含有钴离子 钴离子还结合着两个氧化的半胱氨酸 残基 建模结束活性中心结构就不在了 模板来源于晶体库 PDB ID：3QXE 模板序列HDHHHDGYQAPPEDIALRVKALESLLIEKGLVDPAAMDLVVQTYEHKVGPRNGAKVVAKAWVDPAYKARLLADGTAGIAELGFSGVQGEDMVILENTPAVHNVFVCTL X S X YPWPTLGLPPAWYKAAPYRSRMVSDPRGVLAEFGLVIPANKEIRVWDTTAELRYM ... ...
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- 286430138
- 你好，大神！有个问题请教下。我用pymol做好图后，背景白色，氨基酸标记为黑色，可是ray后氨基酸标记变成了暗色。请问怎么能使ray后的氨基酸标记仍然是黑色呢？谢谢哈
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- 大工-阿里巴巴
- 68093966
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- 断桥残雪
- 阿里大神，求指导，给个qq群加入谢谢！
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- 阿里师兄，我重新编译autodock遇到了问题。错误提示: read_parameter_library.cc: 在函数‘void setup_parameter_library(FILE*, int, const char*, Unbound_Model, Linear_FE_Model*)’中: read_parameter_library.cc:221:39: 错误：‘param_string_4_1’在此作用域中尚未声明 const char *const *param_string = param_string_4_1; // default &nb ... ...
