对接基础问题汇总

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-9-16 08:52:04

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在群里有很多背景不是生物相关的朋友对于对接存在着诸多基础知识的问题，希望可以在该贴中跟帖提问。提问所涉及的问题不包括软件的具体操作，而是针对对接的通用问题。如下：
1. 蛋白质的活性位点如何确定？
2.怎么寻找到文献上所说的XXX蛋白的晶体结构？
3.针对特定的XXX蛋白有多个结构，具体选择的时候有何标准？
4. 对接软件的准确程度的评价标准为何？
欢迎大家在该贴中提问和回答

浪模拟 · 发表于 2014-9-17 16:59:58

taniyalee 发表于 2014-9-17 12:25
求123的回答~

1. 蛋白质的活性位点如何确定？
有很多找寻pocket的软件，如果是对接的话可以不用选择活性位点，可以直接对整个蛋白质进行对接，当然计算量比较大。
2.怎么寻找到文献上所说的XXX蛋白的晶体结构？
这个是不是我没有看懂问题，当你知道蛋白的名字之后不是可以直接在PDB数据库里面直接搜索吗？
3.针对特定的XXX蛋白有多个结构，具体选择的时候有何标准？
怎么又多个结构，求教？

浪模拟 · 发表于 2014-9-16 15:06:45

已经发帖提问了，还是问一下{:soso_e183:}
1，在设置dpf文件时，ADT: Docking>>search parameters>>GA>>number of ga run = 10 ,这里number of ga run 为什么要运行10次？
2，在运行 autogrid4 和 autodock4 时（ADT中），在设置路径后，下方会有一个长方框显示Nice Level ，这个Nice Level是什么意思？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-9-16 09:00:37

问题4的回答：援引至群友UZH-桃太郎
对接结果的评价可以通过对共晶结构的redock来实现。一般认为，如果软件对于特定的配体redock之后rmsd值小于2A则认为对接的效果较好。

taniyalee · 发表于 2014-9-16 10:03:14

配体分子如何构建？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-9-16 10:29:40

taniyalee 发表于 2014-9-16 10:03
配体分子如何构建？

配体分子可以直接利用chem3d构建并优化

taniyalee · 发表于 2014-9-17 12:25:14

求123的回答~

jianchen7882 · 发表于 2014-9-17 17:23:57

浪模拟发表于 2014-9-17 16:59
1. 蛋白质的活性位点如何确定？
有很多找寻pocket的软件，如果是对接的话可以不用选择活性位点，可以 ...

应该是同一个蛋白质，但是测得的时间，分辨率以及或者结合的配体之类的不同因而产生的多个PDBID

taniyalee · 发表于 2014-9-17 18:40:18

浪模拟发表于 2014-9-17 16:59
1. 蛋白质的活性位点如何确定？
有很多找寻pocket的软件，如果是对接的话可以不用选择活性位点，可以 ...

谢谢回答~能推荐一个确定pocket或者关键催化位点的软件吗？

taniyalee · 发表于 2014-9-17 18:42:44

我是小菜鸟，还想问个问题，希望大神不吝赐教。
如何比较两个相似蛋白（酶）的催化口袋的亲疏水性以及空间位阻？

PS：开始接触分子模拟，每天都遇到各种问题，好忧伤~

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