对接基础问题汇总

浪模拟 · 发表于 2014-9-17 21:29:20

taniyalee 发表于 2014-9-17 18:40
谢谢回答~能推荐一个确定pocket或者关键催化位点的软件吗？

这个我也不懂，以前用过fpocket（软件名）可以预测蛋白质口袋，moe（软件名）可以有几种策略找寻可能的蛋白结合位点。

木言悠 · 发表于 2014-9-18 09:19:20

大工-阿里巴巴发表于 2014-9-16 09:00
问题4的回答：援引至群友UZH-桃太郎
对接结果的评价可以通过对共晶结构的redock来实现。一般认为，如果软件 ...

这个评价方法有什么文献支持吗有的话能共享一下吗

taniyalee · 发表于 2014-9-22 08:34:09

这个贴子没人了么。。。

浪模拟 · 发表于 2014-10-11 12:56:08

就这样沉了

shouzhangxin · 发表于 2015-1-20 15:08:21

你好，请教一下在配体 pdb文件产生pdbqt文件时配体中出现化学键断裂的问题是什么原因？配体pdb文件是从gaussview中通过重新保存为pdb文件的，这样做是否妥当？谢谢！

shouzhangxin · 发表于 2015-4-8 17:25:08

您好，我知道您是模拟这方面的高手，我想向您请教个问题：我在做autodock时金属离子的电荷应该加多少呢？以及金属原子导致的边上非金属原子的电荷也为零，应该加多少呢？诚挚请教，谢谢！！！

zhouyuewolf · 发表于 2015-12-1 11:18:27

您好，请问在ubuntu系统的linux中运行官网中autodock的示例，没有自动生成glg文件。问什么，如何重新指引路径

jjw1017 · 发表于 2016-3-16 15:24:08

请问在运行autogrid的时候，autogrid的运行框一闪而过，就结束了。没有successful 的提示是怎么回事，应该怎么做

杨梓煜 · 发表于 2017-1-4 17:29:35

您好，老师让我做分子对接，我们这没人做个，我想知道我首先需要下载哪几个软件啊？用autodock对接。万分感谢

w825936053 · 发表于 2017-3-21 14:14:34

想问一下 Parameter File（参数文件，上一步骤准备好的AutoGrid参数文件）以及Log File（程序运行记录文件）程序一般情况都能自动设置好，如须修改点击相应的Browse按钮选择正确的文件即可。我的没有log file文件

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