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[原创] 对接基础问题汇总

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发表于 2014-9-17 21:29:20 | 显示全部楼层
taniyalee 发表于 2014-9-17 18:40
谢谢回答~能推荐一个确定pocket或者关键催化位点的软件吗?

这个我也不懂,以前用过fpocket(软件名)可以预测蛋白质口袋,moe(软件名)可以有几种策略找寻可能的蛋白结合位点。
发表于 2014-9-18 09:19:20 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2014-9-16 09:00
问题4的回答:援引至群友UZH-桃太郎
对接结果的评价可以通过对共晶结构的redock来实现。一般认为,如果软件 ...

这个评价方法有什么文献支持吗 有的话能共享一下吗
发表于 2014-9-22 08:34:09 | 显示全部楼层
这个贴子没人了么。。。
发表于 2014-10-11 12:56:08 | 显示全部楼层
就这样沉了
发表于 2015-1-20 15:08:21 | 显示全部楼层
你好,请教一下在配体 pdb文件产生pdbqt文件时 配体中出现化学键断裂的问题是什么原因?配体pdb文件是从gaussview中通过重新保存为pdb文件的,这样做是否妥当?谢谢!
发表于 2015-4-8 17:25:08 | 显示全部楼层
您好,我知道您是模拟这方面的高手,我想向您请教个问题:我在做autodock时金属离子的电荷应该加多少呢?以及金属原子导致的边上非金属原子的电荷也为零,应该加多少呢?诚挚请教,谢谢!!!
发表于 2015-12-1 11:18:27 | 显示全部楼层
您好,请问在ubuntu系统的linux中运行官网中autodock的示例,没有自动生成glg文件。问什么,如何重新指引路径
发表于 2016-3-16 15:24:08 | 显示全部楼层
请问在运行autogrid的时候,autogrid的运行框一闪而过,就结束了。没有successful 的提示是怎么回事,应该怎么做
发表于 2017-1-4 17:29:35 | 显示全部楼层
您好,老师让我做分子对接,我们这没人做个,我想知道我首先需要下载哪几个软件啊?用autodock对接。万分感谢
发表于 2017-3-21 14:14:34 | 显示全部楼层
想问一下 Parameter File(参数文件,上一步骤准备好的AutoGrid参数文件)以及Log File(程序运行记录文 件)程序一般情况都能自动设置好,如须修改点击相应的Browse按钮选择正确的文件即可。我的没有log file文件
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