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涵海思源 2020-6-21 14:56: 您好，我想请教一下用ligplot做的二维平面图怎么转换成png或tiff格式的图片？谢谢。

噗噗打大猫 2020-3-31 12:32: YASARA View 我下载了，为啥没有simulation，在菜单栏里

2012年9月4日 2018-4-27 20:42: 前辈，您好，我想问一下，我用pymol做了一个七肽的三维结构，这个三维结构原本应该有一个折叠，但是我不知道怎么才能实现这个折叠

wx_Gog8kttG 2018-1-10 19:39: 阿里大神，你好，我想请教一下，我有一个40几个氨基酸的多肽片段，我想模拟金属离子，比如铁离子在该多肽片段溶液中两者的相互作用，可以通过什么样的方法实现呀，谢谢大神！

MerryKing 2017-12-20 09:26: 你好，想请教一下，关于modeller同源建模时，.ali文件中怎么加入核酸（有缺失）、配体、离子呢？相对应的.py文件该怎么设置呢？谢谢大神~

JJVincent 2017-7-27 17:50: 阿里师兄，您好，想请教您一个问题：
我的蛋白的psf文件已经有了，小分子的psf文件利用swissparam生成了并有相关的top文件。蛋白和小分子的复合物利用Autodock Vina生成。但是复合物生成不了psf文件，可能是top文件里面没有小分子信息。先请问能利用现有的这些文件形成复合物的psf文件用于NAMD跑动力学吗？我还不懂怎么编写top文件，正在学习，希望师兄能指点一下，谢谢，打扰了

骋幻美 2017-5-20 22:41: 阿里大神，前辈您好，感谢您能在百忙之中看到我的留言！最近在用 APBS for VMD做分子表面电势图时总是出现 output files missing or unreadable，您能告诉我怎么解决吗？

四月雨滴 2016-8-16 15:15: 阿里大神，前辈您好，感谢您能在百忙之中看到我的留言！我想做一个核酸与小分子的对接，不知道什么软件可以做？哪里有这个教程呢？我看到大部分都是做蛋白的啊！还有你们是不是都是学计算机的啊！我一个没碰过计算机的完全看不懂啊，感觉好难啊，谢谢您了！

1041743697 2016-7-29 12:02: 阿里大神，前辈您好，感谢您能在百忙之中看到我的留言！
  小弟在用autodock软件时，一直无法生成gpf文件，导致autogrid运行时总不成功,并且总有如下的提示语， Exception in Tkinter callback
Traceback (most recent call last):
  File "D:\360Downloads\af\lib\lib-tk\Tkinter.py", line 1403, in __call__
return self.func(*args)
  File "D:\360Downloads\af\lib\site-packages\mglutil\gui\InputForm\Tk\gui.py", line 1251, in read_cb
f = open(newfile, 'r')
IOError: [Errno 2] No such file or directory: ''
由于小弟初学这款软件，遇到这个问题有些不知所措，所以想请您给指点下迷津！多谢多谢！

甜沏 2016-4-30 15:26: 请问moduller在windows系统下就是安装后无法正常使用，授权管理员运行结果还是拒绝访问怎么办？。。求解答（ps：是DUT的学长么？）

牧狼人 2016-4-6 21:44: 阿里大神您好，我有一个酶用autodock对接的时候，在最后显示相互作用的时候老是error：
Traceback (most recent call last)
  File Fautodocklibsite-packagesViewerFrameworkVF.py, line 898, in tryto
result = command( args, kw )
  File Fautodocklibsite-packagesAutoDockToolsautoanalyzeCommands.py, line 3087, in doit
self.build()
  File Fautodocklibsite-packagesAutoDockToolsautoanalyzeCommands.py, line 2912, in build
self.intDescr = InteractionDescriptor(lig, macro, percentCutoff)
  File Fautodocklibsite-packagesMolKitinteractionDescriptor.py, line 49, in __init__
self.build(detect_pi=detect_pi)
  File Fautodocklibsite-packagesMolKitinteractionDescriptor.py, line 60, in build
self.buildCloseContactAtoms(percentCutoff)             #
  File Fautodocklibsite-packagesMolKitinteractionDescriptor.py, line 69, in buildCloseContactAtoms
self.macro_atoms, percentCutoff=percentCutoff)
  File Fautodocklibsite-packagesMolKitdistanceSelector.py, line 106, in select
bigC = Numeric.resize(c, (lenC, lenC, 3))
  File Fautodocklibsite-packagesnumpycorefromnumeric.py, line 615, in resize
a = concatenate( (a,)n_copies)
MemoryError

是什么原因啊？每次都这样显示不了相互作用，求解决，谢谢！！！

wuxiczy 2016-3-2 08:57: 阿里大神我有一个同源建模总是建不好
我是个新手建模对象是一种金属酶腈水合酶用过DS easymodeller等可是建模完了活性中心就和模板不一样了原始的活性中心含有钴离子钴离子还结合着两个氧化的半胱氨酸残基建模结束活性中心结构就不在了
模板来源于晶体库 PDB ID：3QXE
模板序列HDHHHDGYQAPPEDIALRVKALESLLIEKGLVDPAAMDLVVQTYEHKVGPRNGAKVVAKAWVDPAYKARLLADGTAGIAELGFSGVQGEDMVILENTPAVHNVFVCTLXSXYPWPTLGLPPAWYKAAPYRSRMVSDPRGVLAEFGLVIPANKEIRVWDTTAELRYMVLPERPAGTEAYSEEQLAELVTRDSMIGTGLPTQP/MNGIHDTGGAHGYGPVYREPNEPVFRYDWEKTVMSLLPALLANGNFNLDEFRHSIERMGPAHYLEGTYYEHWLHVFENLLVEKGVLTATEVATGKAASGKTATPVLTPAIVDGLLSTGASAAREEGARARFAVGDKVRVLNKNPVGHTRMPRYTRGKVGTVVIDHGVFVTPDTAAHGKGEHPQHVYTVSFTSVELWGQDASSPKDTIRVDLWDDYLEPA
加粗的X为活性中心两个被氧化的半胱氨酸残基CSD

目标序列只是想在模板序列上突变一个氨基酸步骤就是用的easymodeller 输入目标序列然后输入模板pdb文件比对建模结果活性中心的钴离子和CSD的配位结合的整个结构就散了和原始pdb中的不一样了

求阿里大神指导~谢谢阿里大神~

286430138 2016-1-29 13:29: 你好，大神！有个问题请教下。我用pymol做好图后，背景白色，氨基酸标记为黑色，可是ray后氨基酸标记变成了暗色。请问怎么能使ray后的氨基酸标记仍然是黑色呢？谢谢哈

大工-阿里巴巴 2015-1-2 17:45: 68093966

断桥残雪 2014-12-29 21:44: 阿里大神，求指导，给个qq群加入谢谢！

253642075 2014-12-22 16:39: 阿里师兄，我重新编译autodock遇到了问题。错误提示:
read_parameter_library.cc: 在函数‘void setup_parameter_library(FILE*, int, const char*, Unbound_Model, Linear_FE_Model*)’中:
read_parameter_library.cc:221:39: 错误：‘param_string_4_1’在此作用域中尚未声明
   const char *const *param_string = param_string_4_1; // default
                                    ^
read_parameter_library.cc:223:22: 错误：‘param_string_4_0’在此作用域中尚未声明
      param_string=param_string_4_0;
                  ^
make[1]: *** [autodock4-read_parameter_library.o] 错误 1
make[1]: 离开目录“/root/src/autodock”
make: *** [all] 错误 2

按您之前的方法也不能解决（方法如下）。
1.下载4.2.3的源代码！一定是4.2.3，不要下4.2.5的！
2.解压到任何文件夹下，打开Autodock这个子文件夹，修改两个参数，1是constants.h里的max_tree和max_tor,分别改成32和128，保存
随后打开找到autocomm.h文件，修改其中的LINE_LEN 均改为1028，保存。
运行
./configure
make
得到autodock4的binary文件
编译autogrid4
cd /home/xxxx/autogrid (autogrid所在文件夹)
./configure
make
此步得到两个编译好的binary执行文件，分别为autodock4和autogrid4执行文件，至此，编译顺利结束。
随后打开ADT需要输入编译的autodock4和autogrid4的路径，找到这两个文件即可。
阿里哥！怎么弄？帮帮忙吧.

lrf1980 2014-11-16 17:55: 大工-阿里巴巴: 您好，感觉您的ID很眼熟诶哈哈~~~加进群里了吗？
我的qq加进群里了，35201303，前段时间被盗，所以，为了避免在群里发一些错误信息，所以麻烦把这个qq移除出群。等我弄好了，我在重新申请加入群里。：）

逗点猪 2013-11-16 11:06: 阿里师兄，我用了上次你建议的flexpepdock服务器，status显示的是failed，不知道是蛋白结构错误（我的受体蛋白不是球状结构），还是没对接上的意思，请指教~

逗点猪 2013-11-12 18:56: 你好，我想做蛋白和七肽的对接，想请教下有没有在线的服务器，如何不能在线对接，不知道AutoDock是否可以实现？非常感谢~

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