【阿里原创教程2-金属酶的对接实现】

luarence · 发表于 2020-4-25 19:40:15

阿里学长，厉害，最近正好在研究这个蛋白，一直在寻找这个问题的解答，但是还有一个问题，一直找不到解答，回复中很久之前都有人在询问，但没得到理想的回答，希望阿里学长能够解答，就是例如这个蛋白里Mo原子电荷应该要改为多少呢，不只有Mo，还有S原子，就是该蛋白中每个原子应有的电荷应该如何查询呢？

琦锅锅_XI7es · 发表于 2020-4-26 21:31:57

请问一下，含有金属的配体化合物，也是直接转换为pdbqt格式加相应电荷量，就可以直接对接么？我试着对接，好像不行，是按照文件里一样的方式处理小分子么

琦锅锅_XI7es · 发表于 2020-4-26 21:49:04

luarence 发表于 2020-4-25 19:40
阿里学长，厉害，最近正好在研究这个蛋白，一直在寻找这个问题的解答，但是还有一个问题，一直找不到解答， ...

这个网站有相应电荷量的帖子

AxuanXXXX · 发表于 2020-12-28 14:45:47

luarence 发表于 2020-4-25 19:40
阿里学长，厉害，最近正好在研究这个蛋白，一直在寻找这个问题的解答，但是还有一个问题，一直找不到解答， ...

我想请教一下前辈这个问题您是否解决的我也是遇到这个问题卡了很久。谢谢！

土豆人 · 发表于 2021-1-15 17:50:45

wongyouki 发表于 2015-3-2 21:25
亲爱的阿里学长，我是一名新手，结合着您的教程和.dat参数文件，做出了结果，我用的酶是您教程中举例用的1 ...

请问这个问题解决了吗？我也遇到这个问题了，不太知道怎么弄呢？

keke · 发表于 2021-3-18 19:31:22

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