关于分子动力学结果Cross-correlation analysis的问题

璐璐 · 发表于 2013-12-24 10:49:56

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蛋白质或酶的残基相关性分析用的什么软件啊？
比如这个公式：
The cross-correlation matrix, Cij, which reﬂects the ﬂuctuations in the coordinates of the C atoms relative to their average positions.
所做的图形如下：

amber中有分析相关性的，我用matrix correl 分析，然后用gnuplot拟合得到的数据，amber自带的相关性分析得到的数据范围为0~1，公式不是图中所示，怎么才能用这个公式分析呢，还是有其他专门的软件或程序啊？

璐璐 · 发表于 2014-9-18 16:07:34

心如止水-工大发表于 2014-9-18 10:27
阿里兄，DCCM怎么得到的？看manual命令看不懂啊，我是在amber下模拟得到的轨迹，命令是什么呢？ ...

命令为：
trajin prod.mdcrd #轨迹文件
reference initial.pdb #参考pdb
rms reference @CA
matrix correl name dccm3 @CA out dccm3.dat
我是这样算的

ljy3278 · 发表于 2016-6-14 16:16:16

whl2dxl 发表于 2014-4-21 08:34
阿里师兄，写了一个小程序，初步的想法是把gromacs中g_covar 生成的 covar.dat文件转换成DCCM的矩阵表示 ...

您好,我最近想根据得到的GMX covar.dat来计算DCCM，看到您之前的代码，但是运行之后，out.dat里面为空，什么都没有。
请问您有这个代码的最新版本吗？谢谢！

璐璐 · 发表于 2016-5-27 16:20:34

背包旅客发表于 2016-4-13 21:39
楼主，我想请教一下，您用这个命令能做出图中的负相关图咩？？我也想做这样的图！可是用GROMACS做出的负 ...

体系不同，相关作用也是不同的，我用的软件是amber，命令是amber中的命令，没用gromacs做过这样的图呀。origin可以调节颜色的啊，你可以调整下

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-12-28 10:50:25

其它不敢说。。这个图应该是用origin做出来的。。。

璐璐 · 发表于 2013-12-29 10:04:31

这origin也可以！功能好强大，过两天再好好看看amber

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-12-29 10:45:16

璐璐发表于 2013-12-29 10:04

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这origin也可以！功能好强大，过两天再好好看看amber

我前两天用YASARA做的Cross-correlation analysis,结果生成的矩阵就是origin做的图，和这个很类似~哈哈

璐璐 · 发表于 2013-12-30 15:19:58

嗯，是滴，我也用origin做出来了这个图，之前还在网上查的说用gnuplot，那个好麻烦，现在就剩amber命令的问题了，谢谢阿里师兄

fenzimoni · 发表于 2014-1-5 12:08:54

大工-阿里巴巴发表于 2013-12-29 10:45

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我前两天用YASARA做的Cross-correlation analysis,结果生成的矩阵就是origin做的图，和这个很类似~哈哈

...

阿里兄，请问origin怎么做这种图的？？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-1-5 12:12:10

fenzimoni 发表于 2014-1-5 12:08

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阿里兄，请问origin怎么做这种图的？？

新建matrix，就是建立一个矩阵，然后把AMBER或者跟GMX或者YASARA得到的DCCM的结果复制进去，就可以啦

fenzimoni · 发表于 2014-1-6 09:28:48

大工-阿里巴巴发表于 2014-1-5 12:12

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新建matrix，就是建立一个矩阵，然后把AMBER或者跟GMX或者YASARA得到的DCCM的结果复制进去，就可以啦 ...

再问一下，DCCM指的是什么？cross-correlation？？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-1-6 10:41:25

fenzimoni 发表于 2014-1-6 09:28

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再问一下，DCCM指的是什么？cross-correlation？？

Dynamic Cross Correlation Map

fenzimoni · 发表于 2014-1-6 15:07:06

大工-阿里巴巴发表于 2014-1-6 10:41

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Dynamic Cross Correlation Map

非常感谢！！

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