关于分子动力学结果Cross-correlation analysis的问题

whl2dxl · 发表于 2014-4-18 09:07:29

大工-阿里巴巴发表于 2014-1-5 12:12

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新建matrix，就是建立一个矩阵，然后把AMBER或者跟GMX或者YASARA得到的DCCM的结果复制进去，就可以啦 ...

阿里师兄，GMX怎样生成这个矩阵啊，我用那个g_covar -xpma做的，生成一张这样类似的图

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-4-18 10:57:39

whl2dxl 发表于 2014-4-18 09:07

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阿里师兄，GMX怎样生成这个矩阵啊，我用那个g_covar -xpma做的，生成一张这样类似的图 ...

你的结果文件可以用txt打开不？打开之后如果是矩阵的形式，直接导入origin即可

whl2dxl · 发表于 2014-4-21 08:34:33

大工-阿里巴巴发表于 2014-4-18 10:57

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你的结果文件可以用txt打开不？打开之后如果是矩阵的形式，直接导入origin即可 ...

阿里师兄，写了一个小程序，初步的想法是把gromacs中g_covar 生成的 covar.dat文件转换成DCCM的矩阵表示，然后用画图软件画出来就好了。
因为接触生物方向不多，不知道得到的是不是跟想的一样，期待大家使用，发现其中的错误，提出意见。先谢谢了。

program dat2matrix
implicit none
!
! ********** WRITEN BY ALLEN.WHL, 04/19/2014 ************
! Convert "covar.dat" created by g_covar to DCCM matrix
!
integer i1, i2, i3, natoms, textline
real*8, allocatable :: valuex(:,:,:), valuey(:,:,:), valuez(:,:,:), valueT (:,:), valueT1 (:,:)
character*30 :: inputfile
print*, " enter input-file name "
read(*, *) inputfile
open (13, file="out.dat")
open (12,file=inputfile,status='old')
do while (.true.)
read(12,*,end=100)
textline = textline+1
enddo
100 continue
rewind(12)
natoms = int(sqrt(textline/3.0d0))
allocate (valuex(natoms,3,natoms), valuey(natoms,3,natoms), valuez(natoms,3,natoms), valueT (natoms,natoms), &
valueT1 (natoms,natoms))
do i1 = 1, natoms
do i2 = 1, natoms
valueT (i1, i2) = 0.0d0
valueT1 (i1, i2) = 0.0d0
end do
end do
do i1 = 1, natoms
do i2 = 1, 3
do i3 = 1, natoms
read(12, *) valuex(i1, i2, i3), valuey(i1, i2, i3), valuez(i1, i2, i3)
end do
end do
end do
do i1 = 1, natoms
do i3 = 1, natoms
valueT (i1, i3) = valueT (i1, i3) + valuex(i1, 1, i3) + valuey(i1, 2, i3) + valuez(i1, 3, i3)
end do
end do
do i1 = 1, natoms
do i2 = 1, natoms
if (i1 == i2) valueT1 (i1, i2) = 1.0d0
if (i1 /= i2) valueT1 (i1, i2) = valueT (i1, i2)/ dsqrt(valueT (i1, i1)) /dsqrt(valueT (i2, i2))
end do
end do
do i1 = 1, natoms
write(13, *) (valueT1 (i1, i2), i2 = 1, natoms)
end do
end

复制代码

心如止水-工大 · 发表于 2014-9-18 10:22:42

amber下怎么得到DCCM？没有搜到命令啊，模拟得到你的轨迹是dcd格式的

心如止水-工大 · 发表于 2014-9-18 10:27:48

大工-阿里巴巴发表于 2014-1-6 10:41
Dynamic Cross Correlation Map

阿里兄，DCCM怎么得到的？看manual命令看不懂啊，我是在amber下模拟得到的轨迹，命令是什么呢？

璐璐 · 发表于 2014-9-18 16:07:34

心如止水-工大发表于 2014-9-18 10:27
阿里兄，DCCM怎么得到的？看manual命令看不懂啊，我是在amber下模拟得到的轨迹，命令是什么呢？ ...

命令为：
trajin prod.mdcrd #轨迹文件
reference initial.pdb #参考pdb
rms reference @CA
matrix correl name dccm3 @CA out dccm3.dat
我是这样算的

心如止水-工大 · 发表于 2014-9-23 16:29:06

璐璐发表于 2013-12-29 10:04
这origin也可以！功能好强大，过两天再好好看看amber

请问这种图你是怎么做的呢？amber下有计算dccm的脚本（命令）吗? 我现在得到了轨迹，可是不知怎么来分析cross-correlation....

璐璐 · 发表于 2014-9-23 16:38:09

心如止水-工大发表于 2014-9-23 16:29
请问这种图你是怎么做的呢？amber下有计算dccm的脚本（命令）吗? 我现在得到了轨迹，可是不知怎么来分析c ...

origin可以做，具体怎么做你可以再看下教程，好像不难，我还是以前做的，另外gnuplot也可以

心如止水-工大 · 发表于 2014-9-24 14:11:02

璐璐发表于 2014-9-23 16:38
origin可以做，具体怎么做你可以再看下教程，好像不难，我还是以前做的，另外gnuplot也可以 ...

谢谢啦，之前那个帖子没看到，已经会做！

背包旅客 · 发表于 2016-4-13 21:39:21

璐璐发表于 2014-9-18 16:07
命令为：
trajin prod.mdcrd #轨迹文件
reference initial.pdb #参考pdb

楼主，我想请教一下，您用这个命令能做出图中的负相关图咩？？我也想做这样的图！可是用GROMACS做出的负相关图颜色好淡！不能用！

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