Ubuntu下安装Gaussian 03

magicdragon

1.首先在超级用户中进行操作。即安装Ubuntu时所使用的用户。

准备好Gaussian 03的压缩包并解压，将其中的两个*.so的库文件（只记得其中一个是util.so，另一个忘了，貌似是叫lib***.so的）复制到/usr/lib和/usr/local/lib目录下面。注意要将其权限改为777，以使所有用户可用。不进行这一步操作的话，运行g03时也会有错误信息提示，到时自然知道将哪个库文件添加到系统中。

再将g03文件夹整个移至 /opt 目录下。

这一步的目的是使gaussian能够被其他用户调用，用处在后面会显现。

[code=Bash width=600px]tar zxvf gaussian03-Linux.tar.gz

cd g03

sudo cp util.so /usr/lib/util.so

sudo cp util.so /usr/local/lib/util.so

sudo cp libXXXX.so /usr/lib/libXXXX.so

sudo cp libXXXX.so /usr/local/lib/libXXX.so

cd ..

sudo mv g03 /opt/g03

cd /usr/lib

sudo chmod 777 util.so

sudo chmod 777 libXXXX.so

cd /usr/local/lib

sudo chmod 777 util.so

sudo chmod 777 libXXXX.so[/code]

2. 新建一个用户组，你可以命名为comp或其他名字，再新建一个用户名comp（或其他名字）。 这个用户组用以专门调用高斯软件。以后可以将需要与高斯联用的软件都用这个用户调用。高斯比较小器啊，你要是所有的用户都能用这个软件的话，他就不干了，会告诉你一个"world accessible"的错误。

以上过程可以在系统图形界面下在系统设置中操作。也可以使用命令，详细可以百度google，我没试过。。。

3. 将g03及其目录下所有文件及子目录的所有者更改为comp用户组中的comp:

[code=Bash width=600px]cd /opt

sudo chown -R comp:comp g03   #注：这个命令中，冒号之前是用户组，冒号之后是用户名。不加R参数的话，只会对文件夹的所有者进行变更，而文件夹中的文件和子文件夹的所有者并不变。[/code]

4. 来解决一个“著名”的问题。

有时运行高斯会出现这样的错误信息：

Erroneous write during file extend. write -1 instead of 4096

Probably out of disk space.

Write error in NtrExt1: Bad address

Segmentation fault

为解决这个问题，作如下操作：

[code=Bash width=600px]sudo su #使用超级用户

gedit /etc/rc.local[/code]

在其中添加如下内容：

[code=Bash width=600px]echo 0 > /proc/sys/kernel/randomize_va_space[/code]

保存并退出后，运行

[code=Bash width=600px]sh /etc/rc.local

exit  #退出超级用户[/code]

这时用 more /proc/sys/kernel/randomize_va_space 命令可以看到输出内容为0，说明修改成功。

5. 切换到comp用户下，完成最后的一些设置。包括对软件的设置和环增变量的设置。

[code=Bash width=600px]cd /opt/g03

chmod u+x g03 *.exe #为g03和所有的*.exe文件设置可执行权限。

cd ~

gedit .bashrc[/code]

向文本的最后添加如下字段：

[code=Bash width=600px]# Gaussian 03

export g03root=/opt

export GAUSS_EXEDIR=$g03root/

export GAUSS_SCRDIR=/media/7E4E4DCB4E4D7CC1/LinuxTemp

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATHg03root

export PATH=$PATHg03root

source $g03root/g03/bsd/g03.profile[/code]

注：非注释的第三行为设置scratch的目录，一般是在g03目录下新建一个scratch目录。我因为留给ubuntu的空间极小，只剩2G，就将这个scatch目录换成了原来的windows目录下的一个LinuxTemp文件夹。

网络上搜索到的结果都是将g03root设置为/opt/g03，但是我的情况下设置为/opt才行。各位视自己的系统的情况而定，可以根据调用g03时出现的目录错误提示修改这里的内容。

6. 调试。进行g03/tests/com目录下，有许多.com文件，都是gaussian的运行实例。

运行g03 test000.com test000.log，完成后查看test000.log文件查看输出，若一切正常，则说明gaussian可以正常使用，安装完成。

另外，我用ubuntu 11.04 和12.04分别测试了一下，发现11.04相对而言稳定一些

墨竹晓风

看着有点复杂，对于安装出问题的同志可以参考下这个安装方法，应该是比较好。谢谢
另外，对于很多软件在ubuntu11.04相对而言稳定一些，建议11.04

xufund

很详细。谢谢分享